Tarea 1. Práctica 2.

Luciano de la Torre, Aderly Irlanda Estrada, Jerónimo Ibarra, Emily Narváez y Ana Sofía Quezada

Práctica 2Tarea 1. Obtener el CDS de B-Catenina

¿Qué información nos da la secuencia del transcrito?

Imagen del CDS de b-Catenina

ÍNDICE

Gen B Catenina marcando exones

Imagen del transcrito que codifica para b-Catenina

Frase

La secuencia completa del CDS de b-Catenina como texto

¿Qué significan las siglas "CDS" de un transcrito?

Se utilizó la base de datos NIH para obtener la imagen de B-Catenina, se enucentran los exones marcados

Gen B-Catenina

En la imagen podemos observar los exones separados y ka difertente forma en la que pueden recombinar para hacer la proteina. En rojo podemos ver la isoforma 1 de la proteina beta - catenina.

Transcrito que codifica para b-catenina

Marcado en café se enucentra el CDS que codifica para b-catenina.

CDS que codifica para

B-Catenina

Las siglas CDS de un transcrito se refieren a la "secuencia codificante" (sequence coding).Es la región que contiene la información para poder traducirse en una proteían funcional; es la parte que codifica la secuencia de aminoácidos de una proteína en específico.

¿Qué significan las siglas CDS de un transcrito?

181 atggct actcaagctg atttgatgga 241 gttggacatg gccatggaac cagacagaaa agcggctgtt agtcactggc agcaacagtc 301 ttacctggac tctggaatcc attctggtgc cactaccaca gctccttctc tgagtggtaa 361 aggcaatcct gaggaagagg atgtggatac ctcccaagtc ctgtatgagt gggaacaggg 421 attttctcag tccttcactc aagaacaagt agctgatatt gatggacagt atgcaatgac 481 tcgagctcag agggtacgag ctgctatgtt ccctgagaca ttagatgagg gcatgcagat 541 cccatctaca cagtttgatg ctgctcatcc cactaatgtc cagcgtttgg ctgaaccatc 601 acagatgctg aaacatgcag ttgtaaactt gattaactat caagatgatg cagaacttgc 661 cacacgtgca atccctgaac tgacaaaact gctaaatgac gaggaccagg tggtggttaa 721 taaggctgca gttatggtcc atcagctttc taaaaaggaa gcttccagac acgctatcat 781 gcgttctcct cagatggtgt ctgctattgt acgtaccatg cagaatacaa atgatgtaga 841 aacagctcgt tgtaccgctg ggaccttgca taacctttcc catcatcgtg agggcttact 901 ggccatcttt aagtctggag gcattcctgc cctggtgaaa atgcttggtt caccagtgga 961 ttctgtgttg ttttatgcca ttacaactct ccacaacctt ttattacatc aagaaggagc 1021 taaaatggca gtgcgtttag ctggtgggct gcagaaaatg gttgccttgc tcaacaaaac 1081 aaatgttaaa ttcttggcta ttacgacaga ctgccttcaa attttagctt atggcaacca 1141 agaaagcaag ctcatcatac tggctagtgg tggaccccaa gctttagtaa atataatgag 1201 gacctatact tacgaaaaac tactgtggac cacaagcaga gtgctgaagg tgctatctgt 1261 ctgctctagt aataagccgg ctattgtaga agctggtgga atgcaagctt taggacttca 1321 cctgacagat ccaagtcaac gtcttgttca gaactgtctt tggactctca ggaatctttc 1381 agatgctgca actaaacagg aagggatgga aggtctcctt gggactcttg ttcagcttct 1441 gggttcagat gatataaatg tggtcacctg tgcagctgga attctttcta acctcacttg 1501 caataattat aagaacaaga tgatggtctg ccaagtgggt ggtatagagg ctcttgtgcg 1561 tactgtcctt cgggctggtg acagggaaga catcactgag cctgccatct gtgctcttcg 1621 tcatctgacc agccgacacc aagaagcaga gatggcccag aatgcagttc gccttcacta 1681 tggactacca gttgtggtta agctcttaca cccaccatcc cactggcctc tgataaaggc 1741 tactgttgga ttgattcgaa atcttgccct ttgtcccgca aatcatgcac ctttgcgtga 1801 gcagggtgcc attccacgac tagttcagtt gcttgttcgt gcacatcagg atacccagcg 1861 ccgtacgtcc atgggtggga cacagcagca atttgtggag ggggtccgca tggaagaaat 1921 agttgaaggt tgtaccggag cccttcacat cctagctcgg gatgttcaca accgaattgt 1981 tatcagagga ctaaatacca ttccattgtt tgtgcagctg ctttattctc ccattgaaaa 2041 catccaaaga gtagctgcag gggtcctctg tgaacttgct caggacaagg aagctgcaga 2101 agctattgaa gctgagggag ccacagctcc tctgacagag ttacttcact ctaggaatga 2161 aggtgtggcg acatatgcag ctgctgtttt gttccgaatg tctgaggaca agccacaaga 2221 ttacaagaaa cggctttcag ttgagctgac cagctctctc ttcagaacag agccaatggc 2281 ttggaatgag actgctgatc ttggacttga tattggtgcc cagggagaac cccttggata 2341 tcgccaggat gatcctagct atcgttcttt tcactctggt ggatatggcc aggatgcctt 2401 gggtatggac cccatgatgg aacatgagat gggtggccac caccctggtg ctgactatcc 2461 agttgatggg ctgccagatc tggggcatgc ccaggacctc atggatgggc tgcctccagg 2521 tgacagcaat cagctggcct ggtttgatac tgacctgtaa

Secuancia completa del CDS de B-Catenina

En el cuadrado rojo se encuentra la secuencia del CDS de b-Catenina escrita en texto

• En el caso de un transcripto codificante la secuencia demuestra los aminoácidos que formarán una proteína.
• Demuestra regiones no codificantes que pueden tener señales en la regulación de la expresión y estabilidad.
• Se pueden observar elementos regulatorios como los promotores y enhancers para la expresión.
• En algunos casos se pueden observar patrones diversos del splicing alternativo, esto puede generar una variación en la generación de proteínas.
• También se pueden observar marcas epigenéticas (como la metilación, modificación de histonas, etc), estas también pueden llegar a afectar la expresión.

¿Qué información nos da la secuencia del transcrito?

• NIH. (n.d.). Homo sapiens catenin beta 1 (CTNNB1), transcript variant 1, mRNA - Nucleotide - NCBI. Nih.gov. Retrieved September 17, 2023, from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001904.4?report=genbank
• Transcripción. (s. f.). Genome.gov. Recuperado 17 de septiembre de 2023, de https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Transcripcion
• Nhgri. (2019). Transcriptoma. Genome.gov. Recuperado 17 de septiembre de 2023, de https://www.genome.gov/es/about-genomics/fact-sheets/Transcriptoma
• Valdespino-Gómez, V. M. (2013, 1 noviembre). Organización estructural y funcional del genoma humano: variación en el número de copias predisponentes de enfermedades degenerativas. Gaceta Mexicana de Oncología. https://www.elsevier.es/es-revista-gaceta-mexicana-oncologia-305-articulo-organizacion-estructural-funcional-del-genoma-X1665920113687258

REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS

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