Essentielles en Bactériologie - Mathilde Lescat

Les notions essentielles à connaître en BACTERIOLOGIE MEDICALE

Mathilde Lescat MCU-PH BACTERIOLOGIE Université Sorbonne Paris Nord

Objectifs pédagogiques

Connaître les caractéristiques bactériologiques essentielles des bactéries (Gram,croissance, résistances aux ATB) et en déduire la démarche diagnostic au laboratoire

Savoir identifier les sites environnementaux / commensaux dans lesquels évoluent les bactéries en dehors de toute infection

En déduire les pathologies dues à ces bactéries et prédire les traitements antibiotiques à mettre en place pour une infection due à ces bactéries

Caractéristiques de bases d'une bactérie

Microorganisme procaryote (pas de noyau) avec un chromosome +/- plasmides La plupart des bactéries sont colorables et visibles grâce à la coloration de Gram (sauf les Mycobactéries, les bactéries intra incellulaires) Caractères respiratoires variés (aérobie strict, aérobie anaérobie et anaérobie stricts) Exigences de cultures différentes (présence ou non en O2, mileux très nutritifs, suppléments en C02) (germes fragiles/ exigeants: hémophiles, méningocoque, gonocoque)

Les grandes familles de bactéries

Staphylocoques Streptocoques Enterocoques Anaérobies (Peptostreptococcus sp)

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coccis Gram +

bacilles Gram -

coccis Gram -

bacilles Gram +

Intra cellulaires

Mycobactéries

Méningocoque Gonocoque Anaérobies (Veillonella sp)

Corynebactéries Listeria monocytogenes Anaérobies (Clostridium sp)

Entérobactéries Parvobactéries (Hémophiles, HACCEK, Pasteurelle, Brucellla melitensis, Bartonella sp) Campylobacter sp aérobie stricts (Pseudomonas aeruginosa) Anaérobies (Bacteroides sp, Prevotella sp...)

Intracellulaires

Chlamydiae sp, Mycoplasma sp Legionella pneumophila Ricketsiae, Coxiella sp

Spirochètes,spiralés

Treponema pallidum Borrelia burgdorferi Leptospires Helicobacter pylori

Les grands sites commensaux

Microbiote cutané: Staphylocoques à coagulase négative, corynebactéries

Microbiote oropharyngé/nez: Streptocoques, Neisseria sp, Hémophiles, Staphylocoque doré , Chlamydiae, Mycoplasmes, Anaérobies (Veillonella sp...)

Microbiote vaginal: Lactobacilles+++, Mycoplasmes, entérobactéries et entérocoques de manière transitoire

Microbiote digestif: Estomac: Helicobacter pylori Colon Anaérobies ++++( Bacteroides sp, Clostridium sp...) Entérobactéries (E. coli) Entérocoques (Enterococcus faecalis)

Les grands sites commensaux chez les animaux

Rickettsia sp Yersinia pestis

Rickettsia sp, Borrelia sp

Pasteurella multocida, Bartonella henselae

Coxiella burnetti Brucella melitensis Escherichia coli O157:H7

Leptospires,

Chhlamydiae psitacci

Les bactéries saprophytes de l'environnement

bacilles à Gram négatif aérobie strict

Listeria monocytogenes

Legionnella pneumophila

Vibrio cholerae, Aeromonas hydrophila

Les principales infections

Infections cutanées: Staphylocoques doré, Streptcoque groupe A

Infections pulmonaires: Communautaires: Pneumocoque, Haemophilus influenzae, atypiques (Chlamydiae, Mycoplasmes, Legionelle) Nosocomiale : Entérobactéries Staphylocoque doré, Pyo

Infections génitales hautes et basses Gonocoques, Chlamydiae, Syphilis, Entérobactéries, Anaérobies (hautes+++) Infections materno foetales: E. coli, Strepto B, Listeria

Infections digestives Ulcères: Helicobacter pylori Extraintestinales: Anaérobies, entérobactéries, entérocoques Diarrhées: Salmonelles, Shigelles, Yersina enterocolytica, Campylobacter sp

Infections méningées (adulte, enfant) Pneumocoque, méningocoque, Listéria

Endocardites Streptocoques, Staphylocoques, HACCEK

Infections urinairess Entérobactéries (E. coli) entérocoques (E.faecalis), StreptoB Staphylococus saprophyticus

JO (à partir de réception pvt ou positivité de l'Hc)

Examen direct (Gram, cytologie+/-formule), mise en culture Recherche d'Ag (Pneumo, Legio, C.dif) Bio mol (CTNG, strepto B, toxine C.dif, SARM, BHRE...)

J1

J2

J3 et plus

Observation des cultures Identification d'espèce par MALDI TOF Tests complémentaires (β LACTA test ,PLP2a, carbapénémases...) Lancement des ATBg

Lecture des ATBg Tests complémentaires (carbapénémases, HCASE, CMI)

Rendu des cultures lentes (Nocardia, Actinomyces jusque 14j, légionelles, 10j) et difficiles (ex germes des infections osseuses en 14j) Identification d'espèce par 16S

Délai de rendu des diagnostics directs

Exception pour les Hc: Id possible pour BGN et S. aureus

Rendu définitif des ATBg pour la plupart des Hc Rendu définitif des ECBU si négatif

Rendu définitif des hémocultures négatives : 5 jours

Rendu définitif de nombreux prélèvements (PV, cutanés, pulmonaires, hygiène...) si négatif

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Exemple avec un ECBU

JO à partir de la réception du prélèvement au laboratoire

Examen direct (Gram, leucocytes) puis mise en culture

J1

J2

J3

Rendu des cultures negatives ou Lancement des ATB si ECBU+

Rendu de la plupart des ECBU + Lecture des ATB Tests complémentaires (bio mol, Ag)

Rendu éventuels des recherches complémentaires de résistances aux antibiotique

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Exemple avec une hémoculture

Jour de la positivité de l'Hc= JO Labo

Examen direct (Gram) Pour les BGN: Identification d'espèce et recherche de résistance aux C3G par β LACTA test Pour les CGP type staph, identification par coagulases : + possible en 2h Lancement des cultures et ATBg

Observation des cultures : identification des espèces et lancement des ATBg pour bactéries de cultures polymicrobiennes Rendu des ATBg pour la majorité des Hc qui sont monomicrobiennes

Lecture des ATB des cultures polymicrobiennes et ou anaérobies

J2 Labo

J1 Labo

JO du pvt

J5 du prélèvement Rendu définitif des hémocultures négatives (15j pour les suspicions de germes à croissance lentes)

Positivité possible à partir de 5-6h d'incubation minimum

Incubation dans un automate sans ED

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Les diagnotics indirects

Sérologies

• Bartonella sp
• Borrelia burgdorferi
• Brucella sp
• Chlamydia pneumoniae
• Coxiella burnetti
• Legionnella pneumophila
• Leptospira sp
• Mycoplasma pneumoniae
• Risckettsia sp
• Treponema pallidum

Dosage d'interféron

• IGRA (Quantiféron ou TB spot)

Les grandes familles d'ATB

Les grandes résistances aux antibiotiques

Nouvelles cibles, ou modification de cibles existantes

Destruction de l'ATB

Diminution de la concentrationde l'ATB

Modification de la cible

Enzymes

Efflux, Impermeabilité

Epidémiologie de l'antiobiorésistance en France des principales bactéries d'intérêt médical

Les BMR (bactéries multi résistantes)

les SARMs

les Pyos multi R les Acinetobacter baumanii multiR

les Enterobactéries productrices de BLSE

les Enterobactéries productrices de carbapénémases

les ERV

Les BMR

les EBLSE

• Entérobactéries productrices de BLSE
• touchent les espèces E. coli +++ et Klebsiella pneumoniae, Enterobacter cloacae....
• dépistage rectal
• hydrolyse des Blactamines par acquisition plasmidique de gènes codant pour BLSE (CTX-M++, TEM, SHV)
• dépistage rapide par BlactaTest (sur culture ou hémoculture positive)
• résistances à toutes les Blactamines sauf carbapénèmes et céfoxitine, association avec résistance aux FQ et aminosides
• dans le cas d'infection grave, nécessité de traiter par carbapénèmes à réévaluer +++

Les BMR

• dispersion chez Entérobactéries, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumanii
• seules les entérobactéries font partie des BHRe
• dépistage rectal
• hydrolyse des Blactamines par acquisition plasmidique de gènes codant pour carba (OXA-48, KPC, NDM-1, IMP, VIM)
• dépistage rapide par biologie moléculaire (Cepheid)
• résistances à toutes les Blactamines, association avec résistance aux FQ et aminosides
• dans le cas d'infection grave, nécessité de traiter par carbapénèmes + colistine, à réévaluer +++

les bactéries productrices de carbapénémases

Les BMR

les ERV

• Entérocoques résistants résistants à la vancomycine
• appartiennent aux BHRe (Bactéries Hautement Résistantes émergentes)
• touche les espèces E. faecium +++ et E. faecalis
• dépistage rectal
• modification de la cible par ajout des gènes vanA et vanB
• dépistage rapide par biologie moléculaire (Cepheid)
• dans le cas d'infection grave, nécessité de traiter par linezolide

Les principaux traitements en 1ère intention

Infections cutanéees Amoxiciiline, Amoxicilline-clavulanate

Infections pulmonaires: Com: Amoxicilline-clavulanate, amoxicilline, C3G, Macrolide Nosoc: Tazocilline

Infections génitales hautes et basses Basse: tetracycline, macrolide, FQ (CT) C3G (gono) Haute: C3 + flagyl + tetracycline Infections materno foetales: C3G, amoxicilline

Infections digestives Amoxicilline-clavulanate, C3G+flagyl, Tazocilline

Infections méningées (adulte, enfant) C3G, vancomycine, amoxicilline

Endocardites C3G, Amoxicilline+ aminoside

Infections urinaires Basse: Fosfomycine, sulfamethoxazole, FQ Haute: C3G, FQ

Focus sur les bactéries fréquentes et/ou graves