Sensibilisation à la science ouverte Ecoles Doctorales EMSTU-MIPTIS-SSBCV 14 janvier 2026
Etes-vous familier(e) avec la notion de science ouverte ?
Définition de référence
« La science ouverte est la diffusion sans entrave des résultats, des méthodes et des produits de la recherche scientifique. Elle s’appuie sur l’opportunité que représente la mutation numérique pour développer l’accès ouvert aux publications et – autant que possible – aux données, aux codes sources et aux méthodes de la recherche. […] Le mouvement de la science ouverte vise à construire un écosystème dans lequel la science sera plus cumulative, plus fortement étayée par des données, plus transparente, plus rapide et d’accès universel.» (Comité pour la Science Ouverte)
Source du visuel : Vers une recommandation de l’Unesco sur la science ouverte
La science ouverte
Petit historique en quelques jalons
La "décennie pratique" : l'émergence de l'accès ouvert grâce à des initiatives de chercheurs :
- 1991 - Création d’ArXiv par Paul Ginsparg
- 2001 - Création de HAL par des chercheurs du CNRS
La "décennie politique" : des déclarations politiques posent les principes de la science ouverte :
- 2002-2003 - Les 3B (Budapest, Berlin, Bethesda) autour de la notion de libre accès
- 2012 - Déclaration de San Francisco sur l’évaluation de la recherche
La décennie opérationnelle : la "mise en oeuvre d'une véritable politique publique" :
- 2016 - Loi pour une République Numérique en France
- 2018 - Plan National pour la Science Ouverte, renouvelé en 2021.
- 2018 - Constitution de la Coalition S en Europe.
Et dans vos établissements...
- 2021 – Déclaration de politique et guide SO adoptés par le groupe INSA.
- 2022 et 2024 – L’université de Tours adopte une Charte et une Feuille de route Science Ouverte.
- 2024 – L’Université d'Orléans adopte sa Charte Science Ouverte.
Source : Odile Contat. Ouvrir la science et la partager…. Culture et recherche, 2025, Recherche Culture et politiques publiques, 148, pp.23-33. ⟨hal-05171363⟩
La science ouverte
La science ouverte, en résumé...
La science ouverte
L’open access : ouvrir les publications scientifiques
L’open access
"Le libre accès, c'est l'accès gratuit à une publication"
Open access / accès ouvert / libre accès : Accès en ligne sans restriction (ni authentification, ni embargo, ni paiement) aux publications scientifiques. (Source : Lexique de la Science Ouverte, CoSO)
Open access : mais pour quoi faire ?
L’open access
Open access : les modèles
Green Open Access - Voie Verte= diffuser ses publications en archive ouverte.
Archive ouverte = réservoir de publications scientifiques ou techniques, accessible librement et gratuitement sur internet et alimenté par auto-archivage (= auteur déposant)
- Sans aucun frais pour l’auteur comme le lecteur
- Accès à du contenu intégral
- Le dépôt dans une archive suppose que l'auteur détient des droits de diffusion sur le document déposé.
Outils pour rechercher des archives ouvertes : OpenDOARROAR
En France, le CCSD crée en 2001 HAL, premier cas d’archive ouverte nationale et pluridisciplinaire
- Une solution clé en main et interopérable pour les structures de recherche (création de portails pour les institutions, de collections pour les unités ou les projets...)
- Une plateforme souveraine, financée par l'Etat et les établissements détenteurs d'un portail.
- Dépôts archivés au CINES = pérennité
HAL-Orléans
HAL-INSA-CVL
HAL-Tours
L’open access
Open Access : les modèles
Gold Open Access - Voie Dorée= Publier nativement en Open Access chez un éditeur en payant des frais d'OA
La version publiée par l’éditeur est accessible en ligne immédiatement et gratuitement pour le lecteur. Annuaires : Problème : modèle économique majoritaire de l'auteur-payeur : l’auteur (ou son institution) paye des frais spécifiques de publication en Open Access généralement appelés Article Processing Charges (APC) pour les articles ou Book Processing Charges (BPC) pour les livres numériques (variante : Open Access Fee).
Mir@bel
DOAJ
DOAB
Consulter les montants APC payés
X coûts en augmentation constante, parfois abusifs X modèle controversé des revues hybrides X problème des éditeurs prédateurs (ex: Annals of Case Reports)
Info
Accords dits "transformants" éditeurs / institutions pour maîtriser les coûts d’APC (ex : Couperin/Elsevier).
Outils d’aide à la détection de revues et d’éditeurs prédateurs (ex : Think Check Submit).
L’open access
Open Access : les modèles
Diamond Open Access – Voie diamant= Publier nativement en Open Access chez un éditeur sans payer de frais d’OA
Modèle économique : une variante vertueuse de la voie dorée = des revues sans frais pour le lecteur comme pour le chercheur publiant = Un modèle d’édition scientifique ouverte jugé plus équilibré et soutenable, de plus en plus recommandé par les opérateurs et financeurs de la recherche. cf. Axe libre accès du Plan stratégique 2026-2030 de la Coalition S Près de 62% des revues référencées dans le DOAJ !
Modes de financement les plus courants :
Le Freemium
La subvention
L’open access
Open Access : vers une (r)évolution de la publication scientifique ?
Les negative results journals : pour publier et valoriser les résultats négatifs de la recherche, parce qu'il est important de faire connaître les résultats "qui ne valident pas ou contredisent l’hypothèse de recherche initiale, notamment ceux qui remettent en question des résultats antérieurs ou qui ouvrent de nouveaux champs d’exploration". (Source : Blog Institut Pasteur )
Les épi-revues : revues numériques en libre accès alimentées par des prépublications déposées sur des serveurs de preprints ou dans des archives ouvertes. = preprint + caution scientifique + éditorialisation
Le modèle Publish-Review-Curate : pour soumettre un manuscrit déposé sur un serveur de preprints à une révision par les pairs ouverte et de qualité, et devenir citable sans nécessairement publier chez un éditeur.
L’open access
Open Access : quels sont vos droits en tant qu’auteurs ?
Et la « stratégie de non-cession des droits » ?
« La stratégie de non-cession des droits est un outil au bénéfice des chercheuses et des chercheurs pour conserver suffisamment de droits sur leurs [publications] scientifiques et ainsi permettre leur mise à disposition en accès ouvert immédiat, quel que soit le modèle de diffusion de [l'éditeur]. » Comité pour la Science Ouverte. Portée par la Coalition S, soutenue par l’Union européenne et inscrite dans le PNSO2.
Stratégie de non Cession des Droits :le chercheur ne cède plus de manière exclusive ses droits patrimoniaux aux éditeurs de revues scientifiques.
Modèle historique de l’édition scientifique : le chercheur cède ses droits patrimoniaux à des éditeurs afin qu’ils assurent le processus de publication, de diffusion et d’exploitation commerciale des manuscrits.
Comment ça marche ?
Le chercheur avertit l’éditeur qu’une licence libre ( = contrat de libre diffusion) est appliquée au manuscrit soumis et sera appliquée à toutes ses versions successives jusqu’au manuscrit auteur accepté pour publication après relecture par les pairs. Ce dernier sera donc diffusable immédiatement en libre accès.
Pause
10:00
Open data :Ouvrir les données de la recherche
L’open data
Avez-vous une idée de ce que sont les données de la recherche ?
L’open data
Gérez-vous des données dans votre thèse ?
L’open data
A votre avis est-ce une donnée de la recherche ?
L’open data
A votre avis est-ce une donnée de la recherche ?
Fichier CSV de résultat d’une enquête SPHINX
L’open data
A votre avis est-ce une donnée de la recherche ?
Les données de la recherche, quésaco ?
Définition proposée par l'OCDE en 2007 .
“Les données de la recherche sont définies comme des enregistrements factuels (chiffres, textes, images et sons), qui sont utilisés comme sources principales pour la recherche scientifique et sont généralement reconnus par la communauté scientifique comme nécessaires pour valider les résultats de la recherche.”
L’open data
L’open data
Les données de la recherche
L’open data
Les données de recherche ne sont pas :
- Projet de document scientifique
- Programmes des travaux de recherche futurs
- Communications personnelles
Ne pas confondre données et publications
L’open data
Open Data
Loi pour une république numérique (2016) : la loi autorise la diffusion ouverte des données et leur réutilisation mais ne la rend pas obligatoire
Article 30 chapitre II :Dès lors que les données issues d'une activité de recherche financée au moins pour moitié par des dotations de l'Etat, des collectivités territoriales, des établissements publics, des subventions d'agences de financement nationales ou par des fonds de l'Union européenne ne sont pas protégées par un droit spécifique ou une réglementation particulière et qu'elles ont été rendues publiques par le chercheur, l'établissement ou l'organisme de recherche, leur réutilisation est libre."
Décret sur l’intégrité scientifique (2021) : " [les établissements] promeuvent (…) la mise à disposition des méthodes et protocoles, des données et des codes sources associés aux résultats de la recherche afin d'en garantir la traçabilité et la reproductibilité. Ils incitent à la publication des résultats de recherche dits négatifs "
« aussi ouvert que possible, aussi fermé que nécessaire » ANR
« Elle est limitée par les exceptions légitimes encadrées par la loi, par exemple en ce qui concerne le secret professionnel, les secrets industriels et commerciaux, les données personnelles ou les contenus protégés par le droit d’auteur. » 2ème PNSO, juillet 2021
L’open data
Données FAIR
Données facilement repérables par des humains et des machines via des métadonnées et des identifiants uniques et persistants (PID)
Données accessibles via des protocoles standards et ouverts, même si certaines restrictions d’accès s’appliquent (authentification, permissions)
Données structurées et formatées de manière standardisée pour pouvoir être combinées ou utilisées avec d'autres jeux de données ou outils
Données bien documentées, selon les normes disciplinaires, associées à des licences claires et conformes aux normes
Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche, Direction Générale de la Recherche et de l'Innovation, Isabelle Blanc, Données FAIR By Design, mais pourquoi faire tout ça ?, Séminaire de l'écosystème Recherche Data Gouv, 20 novembre 2024, Vandœuvre-lès-Nancy
« Principes à respecter pour garantir une utilisation optimale des données de recherche et des métadonnées associées, à la fois par les hommes et les machines ».
Penser FAIR dès la création des données
L’open data
Le cycle de vie des données
Planification
L’open data
Identifier ses données
Quelles données vais-je avoir besoin dans le cadre de ma thèse ?
Quelles méthodes vont être employées pour les obtenir ?
Audiovisuel, Collection, Jeu de données, Image, Ressource interactive, Modèle, Objet physique, Service, Logiciel, Son, Texte, workflow
Par type
Données personnelles, données couvertes par le secret professionnel, défense, ou industriel, données encadrées par des obligations contractuelles, données soumises à la propriété intellectuelle
Par régime juridique
Données d’observation, données d’enquête, données d’analyse, réutilisation de données existantes
Par mode d’obtention
Par contexte de production
Partenariat industriel, laboratoire en zone à régime restrictif…
Données sensibles, confidentielles
Par criticité
Ouvert ou fermé
Par format
L’open data
Avez-vous fait un état de l'art des données au début de votre thèse ?
L’open data
Réutiliser des données
- Pour produire une nouvelle analyse
- Pour croiser avec d’autres jeux de données,
- Pour reproduire des résultats
- Pour les agréger dans un corpus plus large
- Pour faire des économies
- Pour plus de sobriété numérique
- Respecter les licences d’utilisation
- Respecter le droit d’auteur
- Dans des publications qui font référence à des données, dans les Data Papers
- Dans des entrepôts de données thématiques ou pluridisciplinaires
L’open data
Décrire ses données et ses traitements
- Collecte/création des données
- Traitement/analyse des données
- Partage des données
- Archivage pérenne
- Métadonnées (ensemble d'informations qui servent à documenter et décrire les données)
- Vocabulaires contrôlés/thésaurus - référentiels
- Plan de nommage des fichiers
- Fichiers ReadMe décrivant les traitements
- Rendre les données compréhensibles pour les personnes extérieures au projet
- Rendre les données faciles à trouver
L’open data
Stockage / Partage / Archivage
Institut de l’Information Scientifique et Technique. (2021). DoRANum-Stockage et archivage : Stockage, partage et archivage : quelles différences ? DoRANum. https://doi.org/10.13143/5DAX-QP58
L’open data
Partager dans un entrepôt de données
- Lier les données à sa publication (DOI)
- Demandé par les financeurs et revues scientifiques
- Favoriser la réutilisation des données
- Augmenter la visibilité des travaux
- Intégrité scientifique (reproductibilité)
- Demandé par les financeurs et revues scientifiques
- Toutes les données ne sont pas partageables (données personnelles, sensibles, protégées par des brevets,
- Pratiques de la communauté scientifique
- Modèle économique (gratuit/payant)
- Types de donnés acceptés
- Attribution d’un identifiant pérenne
- Conditions de réutilisation acceptées (licences)
- Modes de visibilité offerts (totale, embargo)
- Certification / labellisation « entrepôt de confiance »
- Conjointement à la publication d’un article
- À la fin de la thèse
- Entrepôts thématiques ou institutionnels ou national "Recherche Data Gouv"
- Eviter les entrepots des étiteurs de revues scientifiques.
L’open data
Partager - licences
« Aussi ouvert que possible, aussi fermé que nécessaire* »
Les licences sont des instruments juridiques complémentaires au droit d’auteur. Elles permettent au titulaire des droits d’accorder à l’avance aux utilisateurs certains droits pour utiliser une œuvre.
- Réutilisation
- Rediffusion
- Exploitation, même commerciale
- Modification de la licence
Exemples
Licence ouverte Etalab 2.0
Licence CC-BY
Licence CC0
- Maintient des conditions de la licence d’origine
- Réutilisation sans modification
- Restriction de l’exploitation commerciale
Exemple
Licences Creative Commons
Extrait de : « Savoir utiliser les licences | SOcle : Clés pour la Science Ouverte ». Consulté le 3 octobre 2024. https://socle.univ-rennes2.fr/vos-besoins/savoir-utiliser-licences
- Licence ouverte Etalab cumulable avec licence CC BY
- Choix de la (double) licence à apprécier en fonction des entrepôts de partage et du contexte international
*Rapport de la commission européenne 2016
L’open data
Le PGD : l’incontournable pour la gestion de ses données
Le Data Management Plan ou Plan de gestion de données
Synthétique
Evolutif
Réflexion collective entre le chercheur différents experts (scientifiques, informaticiens, professionnels de l’IST, chargés de projet, juristes...)
Conservation et archivage
Informations administratives
Sécurité des données
Description des données
Aspects éthiques
Documentation, métadonnées, standards
Responsabilités et coûts
Stockage et partage
Merci HAJICON et Freepik pour les icônes !
L’open data
Un outil pour bien rédiger un PGD
Un outil en ligne d’aide à la rédaction : DMP-Opidor de l’Inist-CNRS :
- gratuit, intuitif, évolutif
- Pour rédiger un PGD à partir d’un modèle
- Pour faciliter le travail collaboratif autour de ce PGD
- Pour bénéficier de conseils pendant sa rédaction.
Tutoriel DMP Opidor
Lien
L’open data
Recherche Data Gouv : l’Atelier de la Donnée Centre Val de Loire
Info
Les services :
- Accompagnement au dépôt de jeux de données dans l'entrepôt approprié
- Plan de gestion de données (PGD)
- FAIRisation des données
- Conseils éthiques et juridiques
- Préservation et sécurité des données
- Sensibilisation et formation
Contactez nous à l’adresse : https://adcvl.pu-cvl.fr/contact/
L’open data
Ouvrir ses codes sources et logiciels selon les principes de la Science Ouverte
Codes sources et logiciels
Pensez-vous savoir à quoi correspondent les codes sources et logiciels comme produit de recherche ?
Codes sources et logiciels
Produisez-vous déjà ou pensez-vous produire des codes sources et logiciels dans le cadre de votre recherche doctorale ?
Codes sources et logiciels
Les codes sources et logiciels
« La description, dans un ou plusieurs langages informatiques, d’un processus de traitement de données que l’on souhaite faire réaliser par un ordinateur. On parle de logiciel lorsqu'un code a suffisamment d'utilité par lui-même pour qu'il soit considéré comme ayant une existence propre en termes de préservation, d'évolution et de diffusion »
Passeport pour la Science Ouverte, Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, 2022
Le "logiciel" comprend également la documentation et des potentielles données nécessaires à son bon fonctionnement
« un code [informatique] écrit par un auteur humain »
Passeport pour la Science Ouverte, Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, 2022
Codes sources et logiciels
Des exemples de productions logicielles
Archeoviz : outil de visualisation, d'exploration et la communication de données spatiales
Codes sources et logiciels
Des exemples de productions logicielles
Plugin python pour l'exploitation géographique de données intégrées au logiciel QGIS
Codes sources et logiciels
Des exemples de productions logicielles
Codes sources et logiciels
Un produit clé de la recherche
Un produit de recherche essentiel :
- pendant un projet de recherche, à la fin du projet de recherche mais aussi pour de futurs projets de recherche
- pour la reproductibilité de la recherche
- produit dans tous les domaines scientifiques dont la quantité ne cessent de croitre mais
dont l'activité est encore peu valorisée et souffre de mauvaises pratiques
Codes sources et logiciels
Mauvaises pratiques et conséquences
- Perte du code pour le ou la productrice de code, pour le laboratoire, pour l'institution et pour la recherche en général
- Perdre des productions logiciels, c'est être condamné à les reproduire, ce qui entraîne une perte de temps et d'argent pour la recherche
- Utilisation de ressources pour maintenir des outils inutilisables ou oubliés
- Code réalisé dans le cadre d’un projet, d’une thèse ou d’une expérimentation puis plus maintenu car plus d'utilité immédiate ou perte de la compétence
- Un code mal documenté est un code inutilisable
- Un code mal conservé sur des ordinateurs personnels ou des serveurs non dédiés est un code perdu
Codes sources et logiciels
L'ouverture des codes et logiciels
Solution : Inscrire ses productions de codes sources et logiciels dans une démarche d'ouverture et plus largement de Science Ouverte
Un logiciel libre, open source ou "suivant les principes de la science ouverte" implique que le logiciel peut-être :
- Un code ouvert n'est pas perdu
- Un code ouvert peut-être maintenu, amélioré et réutilisé par sa / son auteur mais aussi par la communauté
- Un code ouvert est un code reproductible
- Valorisation scientifique, Software Paper
- Valorisation économique compatible avec un code ouvert
- Valorisation économique classique par transfert de technologie
Codes sources et logiciels
Documenter son code
La documentation d’un code est essentielle, elle peut s'adresser à des publics différents (pour son/ses auteurs, ses utilisateurs et pour les contributeurs éventuels). Pas une documentation "technique" mais des éléments qui permettent de documenter un projet logiciel pour permettre son ouverture dans les meilleurs conditions. Cette documentation prend plusieurs formes :
- Une documentation "globale" du logiciel : un fichier README
- Une documentation "interne" au code source : les commentaires
- Des métadonnées sur le projet logiciel : un fichier meta.json
D'autres documents peuvent aussi être ajoutés : fichiers CONTRIBUTING (comment contribuer au code), CHANGELOG (description des évolutions majeures) et CITATION (comment citer le code dans une publication). Cet ensemble de documentation permettra à la communauté d'utiliser le logiciel mais aussi de le faire évoluer, mais le / la première bénéficiaire d’un logiciel clairement documenté est son auteur / autrice
Ressources utiles :
- Bonnes pratiques de développement - DATACC
Project
Codes sources et logiciels
Les licences logicielles
- Un logiciel est protégé par le droit d'auteur (droit patrimonial et droit moral)
- Une licence logicielle constitue un contrat entre le titulaire des droits patrimoniaux d'un logiciel et un utilisateur
- La licence définit les conditions de diffusion, de réutilisation et de citation de vos productions logicielles
- Même principe que pour les données de la recherche mais avec la notion de contamination qui s’ajoute
- Les droits patrimoniaux d'une production logicielle réalisée dans le cadre d'un doctorat ou d'une mission de recherche reviennent à l'institution employeure, il convient donc de réaliser une déclaration logicielle avant et d'obtenir l'accord de l'institution avant d'apposer une licence particulière sur un logiciel (article L.611-7-3° du Code de la propriété intellectuelle)
- Consulter les services juridiques et de valorisation de vos institutions pour être accompagné(e) sur le choix d'une licence à attacher à sa production logicielle
Ressources utiles :
- Liences de réutilisation - Data.gouv.fr
- Les logiciels de la recherche et leurs licences : trois visions sur un objet - Doranum
Codes sources et logiciels
La forge logicielle
- Un environnement de développement logiciel avec dépôt versionné de code source, des forums de discussion, un environnement de tests automatisés, etc.
- Peut aussi être utilisé pour la rédaction de documentation, rapports, ou le travail autour de jeux de donneés.
- Une forge logicielle permet la collaboration à plusieurs personne sur un même projet logiciel en ouvrant le code à des suggestions d'ajouts et de modifications tout en gardant le contrôle sur celui-ci
- Elle intègre un système d'historique très précis qui permet de garder la mémoire des développements réalisés sur un projet logiciel : le gestionnaire de versions
- Permet une sauvegarde à court / moyen terme du logiciel et la mise à disposition à l'échelle de
l'institution ou via un lien de partage
- Permet la mise en place de système d'intégration continue, de routine, de tests unitaires, ...
et est une base essentielle pour une conservation plus pérenne !
Codes sources et logiciels
La forge logicielle
- Il existe des centaines de forges différentes, certaines disparaissent d'autres sont créent régulièrement. Certaines sont portées par des entreprises privées (= forge privée) et d'autres portées par des institutions ou des collectifs (= forge institutionnelle).
- Exemples : la forge de l'Université de Tours, Forge d'Huma-Num et Forge du réseau Mathrice
- Privilégier les forges institutionnelles qui sont gratuites, ne dépendant pas d'intérêts privés ou économiques et sont plus sûres pour l'avenir à court terme des codes sources qu'elles contiennent
Un exemple de projet logiciel sur la forge institutionnelle de l'université de Tours
Codes sources et logiciels
Les limites de la forge logicielle
Une forge logicielle ne permet pas :
- D'avoir un identifiant unique et pérenne liée à une version du code
- Un accès ouvert systématique aux codes
- Une conservation à long terme des codes (exemple : fermeture de Google Code en 2016)
Besoin d'un outil pour assurer ce rôle ...
Codes sources et logiciels
L'archivage des codes avec Software Heritage et HAL
- Une archive universelle pour la conservation pérenne des logiciels qui permet :
- la conservation du code source d'un projet logiciel et de tout son historique
- L'obtention d'un identifiant unique pour identifier et pointer sur une version du code
- Le lien avec HAL et avec les autres produits de la recherche
- Intégration par dépôt direct ou moissonnage des projets publiques sur les forges logicielles
Ressources utiles :
- Déposer le code source d'un
logiciel - HAL
- Préserver et rendre identifiables les logiciels de recherche avec Software Heritage - Programming Historian
- L'archive HAL : outil pour référencer les logiciels et de les décrire en s'appuyant sur des métadonnées adaptées
- L'outil intègre un formulaire de dépôt pour renseigner un logiciel intègrant des champs spécifiques et pour lier le dépôt Software Heritage à cette notice
- Possibilité de déposer le logiciel directement sur HAL et le code sera automatiquement archivé sur Software Heritage
- Le dépôt HAL fourni également un identifiant unique qui sera utilisé préférentiellement pour citer le logiciel et le lier à d'autres produits de recherche
Codes sources et logiciels
Lier les codes aux autres produits de recherche
Le dépôt logiciel sur HAL (doublé d'un dépôt sur Software Heritage) rend les logiciels citables, partageables et diffusables ce qui permet de faire le lien avec les autres produits de la recherche : les jeux de données dans les entrepôts de données et les publications en ligne
Codes sources et logiciels
Ouvrir vos codes sources et logiciels, valoriser votre travail de recherche !
Les codes sources et logiciels peuvent être valorisés au même titre que tout autre produit de recherche Ouvrir ses codes sources et logiciels selon les principes de la Science Ouverte, c’est :
- s’assurer la paternité sur ceux-ci
- s’assurer de sa conservation et de sa maintenabilité
- s’assurer de la reproductibilité de ses résultats de recherche
- participer à l’avancée scientifique globale en permettant aux pairs de
les comprendre, de les utiliser et de le modifier
L'ouverture et la valorisation des codes sources et logiciels est un processus technique et qui peut paraître complexe : faites vous accompagner !
- Par les services juridiques et de la valorisation de vos établissements
- Par l'Atelier de la donnée Centre-Val de Loire : https://adcvl.pu-cvl.fr/contact/
Codes sources et logiciels
Conclusion
La science ouverte
Sitographie pour aller plus loin…
- Le portail science ouverte de l'Université de Tours, pour vous tenir informé de l'actualité, la stratégie et les dispositifs SO en cours à l'université.
- L'ADCVL, le service expert en région Centre Val de Loire pour obtenir de l'aide en matière de données de recherche
- Ouvrir la science, le site national de la science ouverte
- Le MOOC Science Ouverte de l'Alliance Sorbonne Université
- DoRANum, le site de référence pour se former à la bonne gestion des données de recherche
- Recherche Data Gouv, l'ecosystème national des données de recherche
Nos contacts
Rémi Ossant
Stéphanie Puel
Laurence Rageot
Chargé des codes sources et logiciels à l’ADCVL
Responsable du pôle Science Ouverte à la D-BA
Responsable de l'ADCVL
reossant@univ-tours.fr
puel@univ-tours.fr
rageot@univ-tours.fr
La science ouverte
La subvention
Le financement ou le fonctionnement de la publication (revue et/ou plate-forme) est intégralement pris en charge par une société savante, un organisme de recherche, une fondation ou une association de chercheurs. ex : revue Emerging Neurologist, financée par la Fédération Internationale des Jeunes Neurologues Francophones et l’Université Paris Cité.
Modifications réalisées sur un logiciel
Versions du logiciel en fonction de ces modifications
Source : Documentation Git (https://git-scm.com/about/branching-and-merging)
Code Meta Project
- Solution qui vise à améliorer la préservation, la découverte, la réutilisation et l'attribution des logiciels universitaires
- Création d'un fichier renseignant les métadonnées associées à un logiciel : meta.json (au format JSON-LD)
- Stocké à la racine du projet
- Permet de faire le pont entre différentes solutions de stockages de logiciels en gardant les informations sur son historique de développement
Formulaire de création d'un fichier meta.json : https://codemeta.github.io/codemeta-generator/
Site du projet : https://codemeta.github.io
OCDE (2007), OECD Principles and Guidelines for Access to Research Data from Public Funding, Éditions OCDE, Paris
https://doi.org/10.1787/9789264034020-en-fr
Les commentaires
- Permet de décrire le fonctionnement du code source : implémentation d'une classe, d'une méthode, d'une variable, etc. quand la nécessité ou le besoin de confort l'exige
- va permettre à la communauté de comprendre le fonctionnement d'un logiciel et de l'adapter à ses besoins
Sans commentaires
Avec commentaires
Le fichier README
- Point d'entrée sur le code
- Il va permettre de détailler l'objectif du logiciel, son usage, la manière de l'installer, qui peut-être contacté en cas de problème ...
- Souvent au format Markdown (.md) ou Texte (.txt) il est situé à la racine du logiciel
- Affiché automatiquement dans les forges logicielles
https://www.makeareadme.com/ propose une structure et des conseils sur la construction d'un ReadMe
Le Freemium
La publication scientifique est consultable en open access ; seuls les services annexes (téléchargement de l'article ; export vers un outil bibliographique ; statistiques de consultation…) sont payants. Ex : revues de la plateforme OpenEdition
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Sensibilisation à la science ouverte Ecoles Doctorales EMSTU-MIPTIS-SSBCV 14 janvier 2026
Etes-vous familier(e) avec la notion de science ouverte ?
Définition de référence
« La science ouverte est la diffusion sans entrave des résultats, des méthodes et des produits de la recherche scientifique. Elle s’appuie sur l’opportunité que représente la mutation numérique pour développer l’accès ouvert aux publications et – autant que possible – aux données, aux codes sources et aux méthodes de la recherche. […] Le mouvement de la science ouverte vise à construire un écosystème dans lequel la science sera plus cumulative, plus fortement étayée par des données, plus transparente, plus rapide et d’accès universel.» (Comité pour la Science Ouverte)
Source du visuel : Vers une recommandation de l’Unesco sur la science ouverte
La science ouverte
Petit historique en quelques jalons
La "décennie pratique" : l'émergence de l'accès ouvert grâce à des initiatives de chercheurs :
- 2001 - Création de HAL par des chercheurs du CNRS
La "décennie politique" : des déclarations politiques posent les principes de la science ouverte :- 2002-2003 - Les 3B (Budapest, Berlin, Bethesda) autour de la notion de libre accès
- 2012 - Déclaration de San Francisco sur l’évaluation de la recherche
La décennie opérationnelle : la "mise en oeuvre d'une véritable politique publique" :- 2016 - Loi pour une République Numérique en France
- 2018 - Plan National pour la Science Ouverte, renouvelé en 2021.
- 2018 - Constitution de la Coalition S en Europe.
Et dans vos établissements...Source : Odile Contat. Ouvrir la science et la partager…. Culture et recherche, 2025, Recherche Culture et politiques publiques, 148, pp.23-33. ⟨hal-05171363⟩
La science ouverte
La science ouverte, en résumé...
La science ouverte
L’open access : ouvrir les publications scientifiques
L’open access
"Le libre accès, c'est l'accès gratuit à une publication"
Open access / accès ouvert / libre accès : Accès en ligne sans restriction (ni authentification, ni embargo, ni paiement) aux publications scientifiques. (Source : Lexique de la Science Ouverte, CoSO)
Open access : mais pour quoi faire ?
L’open access
Open access : les modèles
Green Open Access - Voie Verte= diffuser ses publications en archive ouverte.
Archive ouverte = réservoir de publications scientifiques ou techniques, accessible librement et gratuitement sur internet et alimenté par auto-archivage (= auteur déposant)
- Sans aucun frais pour l’auteur comme le lecteur
- Accès à du contenu intégral
- Le dépôt dans une archive suppose que l'auteur détient des droits de diffusion sur le document déposé.
Outils pour rechercher des archives ouvertes : OpenDOARROAREn France, le CCSD crée en 2001 HAL, premier cas d’archive ouverte nationale et pluridisciplinaire
HAL-Orléans
HAL-INSA-CVL
HAL-Tours
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Open Access : les modèles
Gold Open Access - Voie Dorée= Publier nativement en Open Access chez un éditeur en payant des frais d'OA
La version publiée par l’éditeur est accessible en ligne immédiatement et gratuitement pour le lecteur. Annuaires : Problème : modèle économique majoritaire de l'auteur-payeur : l’auteur (ou son institution) paye des frais spécifiques de publication en Open Access généralement appelés Article Processing Charges (APC) pour les articles ou Book Processing Charges (BPC) pour les livres numériques (variante : Open Access Fee).
Mir@bel
DOAJ
DOAB
Consulter les montants APC payés
X coûts en augmentation constante, parfois abusifs X modèle controversé des revues hybrides X problème des éditeurs prédateurs (ex: Annals of Case Reports)
Info
Accords dits "transformants" éditeurs / institutions pour maîtriser les coûts d’APC (ex : Couperin/Elsevier).
Outils d’aide à la détection de revues et d’éditeurs prédateurs (ex : Think Check Submit).
L’open access
Open Access : les modèles
Diamond Open Access – Voie diamant= Publier nativement en Open Access chez un éditeur sans payer de frais d’OA
Modèle économique : une variante vertueuse de la voie dorée = des revues sans frais pour le lecteur comme pour le chercheur publiant = Un modèle d’édition scientifique ouverte jugé plus équilibré et soutenable, de plus en plus recommandé par les opérateurs et financeurs de la recherche. cf. Axe libre accès du Plan stratégique 2026-2030 de la Coalition S Près de 62% des revues référencées dans le DOAJ !
Modes de financement les plus courants :
Le Freemium
La subvention
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Open Access : vers une (r)évolution de la publication scientifique ?
Les negative results journals : pour publier et valoriser les résultats négatifs de la recherche, parce qu'il est important de faire connaître les résultats "qui ne valident pas ou contredisent l’hypothèse de recherche initiale, notamment ceux qui remettent en question des résultats antérieurs ou qui ouvrent de nouveaux champs d’exploration". (Source : Blog Institut Pasteur )
Les épi-revues : revues numériques en libre accès alimentées par des prépublications déposées sur des serveurs de preprints ou dans des archives ouvertes. = preprint + caution scientifique + éditorialisation
Le modèle Publish-Review-Curate : pour soumettre un manuscrit déposé sur un serveur de preprints à une révision par les pairs ouverte et de qualité, et devenir citable sans nécessairement publier chez un éditeur.
L’open access
Open Access : quels sont vos droits en tant qu’auteurs ?
Et la « stratégie de non-cession des droits » ?
« La stratégie de non-cession des droits est un outil au bénéfice des chercheuses et des chercheurs pour conserver suffisamment de droits sur leurs [publications] scientifiques et ainsi permettre leur mise à disposition en accès ouvert immédiat, quel que soit le modèle de diffusion de [l'éditeur]. » Comité pour la Science Ouverte. Portée par la Coalition S, soutenue par l’Union européenne et inscrite dans le PNSO2.
Stratégie de non Cession des Droits :le chercheur ne cède plus de manière exclusive ses droits patrimoniaux aux éditeurs de revues scientifiques.
Modèle historique de l’édition scientifique : le chercheur cède ses droits patrimoniaux à des éditeurs afin qu’ils assurent le processus de publication, de diffusion et d’exploitation commerciale des manuscrits.
Comment ça marche ?
Le chercheur avertit l’éditeur qu’une licence libre ( = contrat de libre diffusion) est appliquée au manuscrit soumis et sera appliquée à toutes ses versions successives jusqu’au manuscrit auteur accepté pour publication après relecture par les pairs. Ce dernier sera donc diffusable immédiatement en libre accès.
Pause
10:00
Open data :Ouvrir les données de la recherche
L’open data
Avez-vous une idée de ce que sont les données de la recherche ?
L’open data
Gérez-vous des données dans votre thèse ?
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A votre avis est-ce une donnée de la recherche ?
L’open data
A votre avis est-ce une donnée de la recherche ?
Fichier CSV de résultat d’une enquête SPHINX
L’open data
A votre avis est-ce une donnée de la recherche ?
Les données de la recherche, quésaco ?
Définition proposée par l'OCDE en 2007 .
“Les données de la recherche sont définies comme des enregistrements factuels (chiffres, textes, images et sons), qui sont utilisés comme sources principales pour la recherche scientifique et sont généralement reconnus par la communauté scientifique comme nécessaires pour valider les résultats de la recherche.”
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Les données de la recherche
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Les données de recherche ne sont pas :
Ne pas confondre données et publications
L’open data
Open Data
Loi pour une république numérique (2016) : la loi autorise la diffusion ouverte des données et leur réutilisation mais ne la rend pas obligatoire
Article 30 chapitre II :Dès lors que les données issues d'une activité de recherche financée au moins pour moitié par des dotations de l'Etat, des collectivités territoriales, des établissements publics, des subventions d'agences de financement nationales ou par des fonds de l'Union européenne ne sont pas protégées par un droit spécifique ou une réglementation particulière et qu'elles ont été rendues publiques par le chercheur, l'établissement ou l'organisme de recherche, leur réutilisation est libre."
Décret sur l’intégrité scientifique (2021) : " [les établissements] promeuvent (…) la mise à disposition des méthodes et protocoles, des données et des codes sources associés aux résultats de la recherche afin d'en garantir la traçabilité et la reproductibilité. Ils incitent à la publication des résultats de recherche dits négatifs "
« aussi ouvert que possible, aussi fermé que nécessaire » ANR
« Elle est limitée par les exceptions légitimes encadrées par la loi, par exemple en ce qui concerne le secret professionnel, les secrets industriels et commerciaux, les données personnelles ou les contenus protégés par le droit d’auteur. » 2ème PNSO, juillet 2021
L’open data
Données FAIR
Données facilement repérables par des humains et des machines via des métadonnées et des identifiants uniques et persistants (PID)
Données accessibles via des protocoles standards et ouverts, même si certaines restrictions d’accès s’appliquent (authentification, permissions)
Données structurées et formatées de manière standardisée pour pouvoir être combinées ou utilisées avec d'autres jeux de données ou outils
Données bien documentées, selon les normes disciplinaires, associées à des licences claires et conformes aux normes
Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche, Direction Générale de la Recherche et de l'Innovation, Isabelle Blanc, Données FAIR By Design, mais pourquoi faire tout ça ?, Séminaire de l'écosystème Recherche Data Gouv, 20 novembre 2024, Vandœuvre-lès-Nancy
« Principes à respecter pour garantir une utilisation optimale des données de recherche et des métadonnées associées, à la fois par les hommes et les machines ».
Penser FAIR dès la création des données
L’open data
Le cycle de vie des données
Planification
L’open data
Identifier ses données
Quelles données vais-je avoir besoin dans le cadre de ma thèse ?
Quelles méthodes vont être employées pour les obtenir ?
Audiovisuel, Collection, Jeu de données, Image, Ressource interactive, Modèle, Objet physique, Service, Logiciel, Son, Texte, workflow
Par type
Données personnelles, données couvertes par le secret professionnel, défense, ou industriel, données encadrées par des obligations contractuelles, données soumises à la propriété intellectuelle
Par régime juridique
Données d’observation, données d’enquête, données d’analyse, réutilisation de données existantes
Par mode d’obtention
Par contexte de production
Partenariat industriel, laboratoire en zone à régime restrictif…
Données sensibles, confidentielles
Par criticité
Ouvert ou fermé
Par format
L’open data
Avez-vous fait un état de l'art des données au début de votre thèse ?
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Réutiliser des données
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Décrire ses données et ses traitements
L’open data
Stockage / Partage / Archivage
Institut de l’Information Scientifique et Technique. (2021). DoRANum-Stockage et archivage : Stockage, partage et archivage : quelles différences ? DoRANum. https://doi.org/10.13143/5DAX-QP58
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Partager dans un entrepôt de données
L’open data
Partager - licences
« Aussi ouvert que possible, aussi fermé que nécessaire* »
Les licences sont des instruments juridiques complémentaires au droit d’auteur. Elles permettent au titulaire des droits d’accorder à l’avance aux utilisateurs certains droits pour utiliser une œuvre.
- Réutilisation
- Rediffusion
- Exploitation, même commerciale
- Modification de la licence
Exemples Licence ouverte Etalab 2.0 Licence CC-BY Licence CC0- Maintient des conditions de la licence d’origine
- Réutilisation sans modification
- Restriction de l’exploitation commerciale
Exemple Licences Creative CommonsExtrait de : « Savoir utiliser les licences | SOcle : Clés pour la Science Ouverte ». Consulté le 3 octobre 2024. https://socle.univ-rennes2.fr/vos-besoins/savoir-utiliser-licences
*Rapport de la commission européenne 2016
L’open data
Le PGD : l’incontournable pour la gestion de ses données
Le Data Management Plan ou Plan de gestion de données
Synthétique
Evolutif
Réflexion collective entre le chercheur différents experts (scientifiques, informaticiens, professionnels de l’IST, chargés de projet, juristes...)
Conservation et archivage
Informations administratives
Sécurité des données
Description des données
Aspects éthiques
Documentation, métadonnées, standards
Responsabilités et coûts
Stockage et partage
Merci HAJICON et Freepik pour les icônes !
L’open data
Un outil pour bien rédiger un PGD
Un outil en ligne d’aide à la rédaction : DMP-Opidor de l’Inist-CNRS :
Tutoriel DMP Opidor
Lien
L’open data
Recherche Data Gouv : l’Atelier de la Donnée Centre Val de Loire
Info
Les services :
Contactez nous à l’adresse : https://adcvl.pu-cvl.fr/contact/
L’open data
Ouvrir ses codes sources et logiciels selon les principes de la Science Ouverte
Codes sources et logiciels
Pensez-vous savoir à quoi correspondent les codes sources et logiciels comme produit de recherche ?
Codes sources et logiciels
Produisez-vous déjà ou pensez-vous produire des codes sources et logiciels dans le cadre de votre recherche doctorale ?
Codes sources et logiciels
Les codes sources et logiciels
« La description, dans un ou plusieurs langages informatiques, d’un processus de traitement de données que l’on souhaite faire réaliser par un ordinateur. On parle de logiciel lorsqu'un code a suffisamment d'utilité par lui-même pour qu'il soit considéré comme ayant une existence propre en termes de préservation, d'évolution et de diffusion »
Passeport pour la Science Ouverte, Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, 2022
Le "logiciel" comprend également la documentation et des potentielles données nécessaires à son bon fonctionnement
« un code [informatique] écrit par un auteur humain »
Passeport pour la Science Ouverte, Ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, 2022
Codes sources et logiciels
Des exemples de productions logicielles
Archeoviz : outil de visualisation, d'exploration et la communication de données spatiales
Codes sources et logiciels
Des exemples de productions logicielles
Plugin python pour l'exploitation géographique de données intégrées au logiciel QGIS
Codes sources et logiciels
Des exemples de productions logicielles
Codes sources et logiciels
Un produit clé de la recherche
Un produit de recherche essentiel :
- produit dans tous les domaines scientifiques dont la quantité ne cessent de croitre mais
dont l'activité est encore peu valorisée et souffre de mauvaises pratiquesCodes sources et logiciels
Mauvaises pratiques et conséquences
Codes sources et logiciels
L'ouverture des codes et logiciels
Solution : Inscrire ses productions de codes sources et logiciels dans une démarche d'ouverture et plus largement de Science Ouverte
Un logiciel libre, open source ou "suivant les principes de la science ouverte" implique que le logiciel peut-être :
Codes sources et logiciels
Documenter son code
La documentation d’un code est essentielle, elle peut s'adresser à des publics différents (pour son/ses auteurs, ses utilisateurs et pour les contributeurs éventuels). Pas une documentation "technique" mais des éléments qui permettent de documenter un projet logiciel pour permettre son ouverture dans les meilleurs conditions. Cette documentation prend plusieurs formes :
- Des métadonnées sur le projet logiciel : un fichier meta.json
D'autres documents peuvent aussi être ajoutés : fichiers CONTRIBUTING (comment contribuer au code), CHANGELOG (description des évolutions majeures) et CITATION (comment citer le code dans une publication). Cet ensemble de documentation permettra à la communauté d'utiliser le logiciel mais aussi de le faire évoluer, mais le / la première bénéficiaire d’un logiciel clairement documenté est son auteur / autriceRessources utiles :
- The CodeMeta
ProjectCodes sources et logiciels
Les licences logicielles
Ressources utiles :
Codes sources et logiciels
La forge logicielle
- Permet une sauvegarde à court / moyen terme du logiciel et la mise à disposition à l'échelle de
l'institution ou via un lien de partage- Permet la mise en place de système d'intégration continue, de routine, de tests unitaires, ...
et est une base essentielle pour une conservation plus pérenne !Codes sources et logiciels
La forge logicielle
Un exemple de projet logiciel sur la forge institutionnelle de l'université de Tours
Codes sources et logiciels
Les limites de la forge logicielle
Une forge logicielle ne permet pas :
Besoin d'un outil pour assurer ce rôle ...
Codes sources et logiciels
L'archivage des codes avec Software Heritage et HAL
Ressources utiles :
- Déposer le code source d'un
logiciel - HALCodes sources et logiciels
Lier les codes aux autres produits de recherche
Le dépôt logiciel sur HAL (doublé d'un dépôt sur Software Heritage) rend les logiciels citables, partageables et diffusables ce qui permet de faire le lien avec les autres produits de la recherche : les jeux de données dans les entrepôts de données et les publications en ligne
Codes sources et logiciels
Ouvrir vos codes sources et logiciels, valoriser votre travail de recherche !
Les codes sources et logiciels peuvent être valorisés au même titre que tout autre produit de recherche Ouvrir ses codes sources et logiciels selon les principes de la Science Ouverte, c’est :
- participer à l’avancée scientifique globale en permettant aux pairs de
les comprendre, de les utiliser et de le modifierL'ouverture et la valorisation des codes sources et logiciels est un processus technique et qui peut paraître complexe : faites vous accompagner !
Codes sources et logiciels
Conclusion
La science ouverte
Sitographie pour aller plus loin…
Nos contacts
Rémi Ossant
Stéphanie Puel
Laurence Rageot
Chargé des codes sources et logiciels à l’ADCVL
Responsable du pôle Science Ouverte à la D-BA
Responsable de l'ADCVL
reossant@univ-tours.fr
puel@univ-tours.fr
rageot@univ-tours.fr
La science ouverte
La subvention
Le financement ou le fonctionnement de la publication (revue et/ou plate-forme) est intégralement pris en charge par une société savante, un organisme de recherche, une fondation ou une association de chercheurs. ex : revue Emerging Neurologist, financée par la Fédération Internationale des Jeunes Neurologues Francophones et l’Université Paris Cité.
Modifications réalisées sur un logiciel
Versions du logiciel en fonction de ces modifications
Source : Documentation Git (https://git-scm.com/about/branching-and-merging)
Code Meta Project
Formulaire de création d'un fichier meta.json : https://codemeta.github.io/codemeta-generator/
Site du projet : https://codemeta.github.io
OCDE (2007), OECD Principles and Guidelines for Access to Research Data from Public Funding, Éditions OCDE, Paris
https://doi.org/10.1787/9789264034020-en-fr
Les commentaires
Sans commentaires
Avec commentaires
Le fichier README
https://www.makeareadme.com/ propose une structure et des conseils sur la construction d'un ReadMe
Le Freemium
La publication scientifique est consultable en open access ; seuls les services annexes (téléchargement de l'article ; export vers un outil bibliographique ; statistiques de consultation…) sont payants. Ex : revues de la plateforme OpenEdition