TD: Outils de biologie moléculaire et génie génétique

TD: Outils de biologie moléculaire et génie génétique

Analyse d'articles scientifiques

SALONE Véronique

veronique.salone@univ-lorraine.fr

Séance 1 Article 1

Le pdf de l'article complet peut être téléchargé en ligne en cliquant sur le lien ci-contre ou depuis ARCHE

Déroulé de la séance

Etape 1: Former une équipe de 5 étudiants et donnez-vous un nom d'équipe

Appeller le professeur pour lui signifier la composition du groupe et son nom et passer à la suite

Déroulé de la séance

Etape 2: Devenir expert d'une figure Travail individuel (30 min)

Se répartir le travail afin que chaque membre du groupe réalise l'étude détaillée d'une figure de l'article guidé par un quizz

Liste des figures à étudier

Figure 1

CONSEILAvant d'étudier votre figure: commencer par comprendre le contexte général de l'étude en lisant les éléments clés de l'article (titre, résumé, mots-clés...)

Figure 2a

Figure 2S

[+] Info

Figure 3

Figure 5

Figure 7

Figure 1 Quiz

Let's go!

Question 1

Les auteurs de cette publication travaillent sur un organisme appellé Physcomitrella

Question 2

On appelle "organites", toutes les structures spécialisées contenues dans le cytoplasme et séparées du reste de la cellule par une membrane phospholipidique.

figure 1

Question 3

Dans une cellule, de nombreuses protéines sont adressées aux organites. C'est à dire qu'elles ont une origine nucléaire (transcription en ARNm dans le noyau, puis traduction en protéine dans le cytoplasme). Elles transitent ensuite dans l'organite grâce à un signal dit "peptide d'adressage" (ou peptide de transit).

Question 4

La protéine GFP est couramment utilisée par les biologistes.

Question 5

figure 1

Question 6

figure 1

Question 7

figure 1

Question 8

On précise que "merged" signifie que les images sont supperposées.

figure 1

Question 9

Quiz finished!

Figure 2a Quiz

Let's go!

Question 1

Les auteurs de cette publication travaillent sur un organisme appellé Physcomitrella

figure 2a

Question 2

figure 2a

Question 3

figure 2a

Question 4

figure 2a

Question 5

figure 2a

Question 6

figure 2a

Question 7

Quiz finished!

Figure 2S Quiz

Let's go!

Question 1

Question 2

Question 3

figure 2S

figure 2S

Question 4

figure 2S

Question 5

figure 2S

Question 6

Question 7

figure 2S

figure 2S

Question 8

figure 2S

Question 9

Question 10

figure 2S

Question 11

figure 2S

Question 12

figure 2S

Question 13

figure 2S

Question 14

Quiz finished!

Figure 3 Quiz

Let's go!

figure 3

Question 1

Aide

figure 3

Question 2

Question 3

figure 3

Question 4

Question 5

figure 3

Question 6

figure 3

Aide

Question 7

figure 3

Question 8

figure 3

Question 9

figure 3

Aide

Quiz finished!

Figure 5 Quiz

Let's go!

Dans la figure 5a, on présente un extrait des résultats d'hybridation sur une puce à ADN pour identifier les transcrits chloroplastiques présents ou absents chez les mutants KO.

Question 1

Dans la figure 5a, on présente un extrait des résultats d'hybridation sur une puce à ADN pour identifier les transcrits chloroplastiques présents ou absents chez les mutants KO.

Question 2

Dans la figure 5a, on présente un extrait des résultats d'hybridation sur une puce à ADN pour identifier les transcrits chloroplastiques présents ou absents chez les mutants KO.

Question 3

Dans la figure 5a, on présente un extrait des résultats d'hybridation sur une puce à ADN pour identifier les transcrits chloroplastiques présents ou absents chez les mutants KO.

Question 4

Question 5

figure 5a

Question 6

figure 5a

Question 7

figure 5b

Dans la figure 5b, les auteurs cherchent à valider les défauts d'expression des transcrits indentifiés sur puce à ADN par une méthode dite "RNA blot RNA gel blot hybridization"

Question 8

figure 5b

Dans la figure 5b, les auteurs cherchent à valider les défauts d'expression des transcrits indentifiés sur puce à ADN par une méthode dite "RNA blot RNA gel blot hybridization"

Question 9

figure 5b

Dans la figure 5b, les auteurs cherchent à valider les défauts d'expression des transcrits indentifiés sur puce à ADN par une méthode dite "RNA blot RNA gel blot hybridization"

Question 10

figure 5b

Quiz finished!

Figure 7 Quiz

Let's go!

figure 7

Question 1

Les auteurs pensent que la protéine PpPPR21 se fixe sur le transcrit bicistronique psbI-ycf12 et ont identifié des sites cibles de fixation de la protéine par des analyses bio-informatiques.

figure 7

Question 2

figure 7

Question 3

figure 7

Question 4

figure 7

Question 5

figure 7

Question 6

figure 7

Question 7

figure 7

Question 8

figure 7

Question 9

figure 7

Question 10

Quiz finished!

Déroulé de la séance

Etape 3: Restitution d’expert à expert (30 min)

Présenter votre figure aux autres membres de l'équipe et écouter en retour leur présentation

Info

Déroulé de la séance

Etape 4: Compléter le document bilan (30 min)

A demander et à rendre au professeur en fin de séance

Info

Etude de l'article 1 terminée !

L'expression des gènes chloroplastiques est :- majoritairement régulée de façon post-transcriptionnelle (épissage, édition, stabilité…) - Dépendante de protéines nucléaires qui se lient aux ARN dont les protéines PPR (pour pentatricopeptide repeat). Il existe ~150 protéines PPR chez la mousse Physcomitrella patens. problématique: Quel est le rôle de la protéine PpPPR_21 chez la mousse Physcomitrella patens ?

Wang et al., 2022; RNA biology

Figure 8. (extrait) Model of PpPPR_21 function.

Figure 5: RNA gel blot hybridization of the psbK-psbI-ycf12-trnG cluster in Physcomitrella patens. (b) Total RNA (10 µg) from WT, KO mutant mosses (Δ21-10 and Δ21-182) and complemented moss (Comp-17) was analyzed by RNA gel blot hybridization using DNA probes A (358 bp), B (315 bp), C (386 bp) and D (642 bp). The detected RNA bands are indicated as numbers 1-6 and the gels stained with ethidium bromide are shown below. RNA size markers (0.2 to 4.0 kb) are indicated on the right.

Figure 5: RNA gel blot hybridization of the psbK-psbI-ycf12-trnG cluster in Physcomitrella patens. (b) Total RNA (10 µg) from WT, KO mutant mosses (Δ21-10 and Δ21-182) and complemented moss (Comp-17) was analyzed by RNA gel blot hybridization using DNA probes A (358 bp), B (315 bp), C (386 bp) and D (642 bp). The detected RNA bands are indicated as numbers 1-6 and the gels stained with ethidium bromide are shown below. RNA size markers (0.2 to 4.0 kb) are indicated on the right.

Figure 5: RNA gel blot hybridization of the psbK-psbI-ycf12-trnG cluster in Physcomitrella patens. (a) Ratio of RNA abundance in the knockout (KO) mutants relative to the wild-type (WT) measured by a replicate microarray. Microarray data from chloroplast genome positions 57 500 to 62 500 are shown.

Figure 8. (extrait) Model of PpPPR_21 function.

Figure 5: RNA gel blot hybridization of the psbK-psbI-ycf12-trnG cluster in Physcomitrella patens. (b) Total RNA (10 µg) from WT, KO mutant mosses (Δ21-10 and Δ21-182) and complemented moss (Comp-17) was analyzed by RNA gel blot hybridization using DNA probes A (358 bp), B (315 bp), C (386 bp) and D (642 bp). The detected RNA bands are indicated as numbers 1-6 and the gels stained with ethidium bromide are shown below. RNA size markers (0.2 to 4.0 kb) are indicated on the right.

Figure 5: RNA gel blot hybridization of the psbK-psbI-ycf12-trnG cluster in Physcomitrella patens. (b) Total RNA (10 µg) from WT, KO mutant mosses (Δ21-10 and Δ21-182) and complemented moss (Comp-17) was analyzed by RNA gel blot hybridization using DNA probes A (358 bp), B (315 bp), C (386 bp) and D (642 bp). The detected RNA bands are indicated as numbers 1-6 and the gels stained with ethidium bromide are shown below. RNA size markers (0.2 to 4.0 kb) are indicated on the right.

Figure 5: RNA gel blot hybridization of the psbK-psbI-ycf12-trnG cluster in Physcomitrella patens. (a) Ratio of RNA abundance in the knockout (KO) mutants relative to the wild-type (WT) measured by a replicate microarray. Microarray data from chloroplast genome positions 57 500 to 62 500 are shown.