RS PubMed

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Etape 6

PubMed

PubMed est la base de données de référence en sciences médicales et biomédicales. Consultez le guide d'utilisation pour comprendre les bases de la recherche dans PubMed :

• Le MESH : un thésaurus de référence pour la recherche de mots-clés
• Le MESH database
• HeTOP
• La recherche simple
• La recherche avancée

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Etape 6

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ETAPE 5

ETAPE 4

ETAPE 3

ETAPE 1

ETAPE 2

Utiliser la recherche avancée pour composer son équation de recherche

Chercher ses mots clés issus du langage naturel + MESH à l'aide des outils associés

Utiliser les filtres de recherches pour trier ses résultats

Lire et bien comprendre son sujet

Lire et analyser les résultats

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Etape 6

Méthode 1 / Construire son équation avec le builder Question de recherche : Réadptation cardiaque basée sur l'exercice pour les adultes atteints de fibrillation auriculaire.

1. On interroge chaque concept à l'aide de l'index Mesh correspondant
2. On associe les concepts entre eux avec le bouton ADD qui active les opérateurs booléens
3. L'équation se met en forme dans le Query box
4. On lance la recherche avec le bouton Search

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Etape 6

Pour accéder à toutes les autres références qui ne sont pas indexées avec le MeSH, il sera également souhaitable de compléter sa recherche avec des mots clés issus du vocabulaire/langage libre (en anglais) ainsi que des expressions trouvées dans la littérature. Cette démarche étant assez complexe, il est conseillé d’utiliser la recherche avancée pour composer son équation de recherche de façon plus intuitive, en s'appuyant sur l'index Title/Abstract par exemple.

Le principe majeur de la démarche est donc de composer des équations de recherche en combinant des index en fonction de sa recherche. La recherche avancée permet de s'appuyer sur les 41 index proposés. Parmi les plus utilisés, citons l'index [MeSH], l'index [Title Abstract] ou encore l'index [Text Word].

Dans PubMed, une part importante d’articles est indexée avec le thésaurus MeSH. Ce sous-ensemble correspond à la base Medline. La recherche à partir des mots-clés MeSH permet une grande pertinence dans les résultats C'est pourquoi il est indispensable de mener sa recherche avec l'index MeSH.

Liste de tous les index/tags :

Thésaurus et bases de données :

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Etape 6

Etape 3

• L'arborescence MeSH comprend 16 catégories.
• Chacune de ces catégories est organisée en une arborescence de descripteurs [MeSH Headings], qui peut comprendre jusqu'à treize niveaux de hiérarchie.

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Les Opérateurs booléens

Etape 6

L'opérateur AND permet de croiser au minimum 2 éléments. C'est l'intersection qui borne le champ de recherche. Ex : Tabagisme ET grossesse => La recherche porte sur des articles traitant à la fois du tabagisme et de la grossesse.

AND

L'opérateur OR permet l'addition de 2 ou plusieurs éléments. Ex : Tabagisme OU grossesse => La recherche porte sur des articles traitant soit du tabagisme, soit de la grossesse, soit les deux.

OR

AND

L'opérateur NOT permet d'exclure un élément du champ de la recherche. Ex : Grossesse NOT adolescent => La recherche porte sur la grossesse en excluant les articles concernant la grossesse chez les adolescentes.

AND

NOT

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Etape 6

Méthode 2 / Construire son équation avec le bouton Add to history Question de recherche : Réadptation cardiaque basée sur l'exercice pour les adultes atteints de fibrillation auriculaire.

• Le bouton Add to history permet d'enregistrer chaque étape de la recherche dans l'historique de recherche.
• A l'aide des opérateurs booléens du menu Actions, on construit progressivement son équation de recherche.

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Etape 6

Méthode 2 / Construire son équation avec le bouton Add to history (suite)

1. On interroge chaque concept à l'aide de l'index Mesh correspondant.
2. On étend systématiquement sa recherche avec tous les synonymes correspondants (index Title / abstract) au terme Mesh.
3. On rassemble tous les termes Mesh (index Mesh) et synonymes (index Title / abstract) avec l'opérateur OR dans un seul ensemble qui correspond à un concept.
4. On associe chacun de ces ensembles avec l'opérateur AND ou NOT (bouton Actions).
5. On lance la recherche avec le bouton Search

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Etape 6

Le menu Details permet :

• De voir les détails de votre recherche et s'assurer de la validité/pertinence de l'équation.
• Si je laisse l'index All fields, l'Automatic term Mapping va systématiquement chercher dans différents index et scinder les termes de recherche > Cardiac , Rehabilitation, "Cardiac rehabilitation"...
• Aussi, cet index de recherche n'est pas pertinent.
• Il est préférable de choisir l'index Title/Abstract pour un terme issu du vocabulaire libre ou un synonnyme Mesh.

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Etape 6

PubMed

Pour aller plus loin :

• Lecture des résultats
• La méthode PICO
• My NCBI
• Single Citation Matcher

Un thésaurus est un lexique spécifique à une base de données. Il regroupe les différents synonymes de chaque notion médicale sous un mot-clé unique (descripteur), avec lequel les références sont indexées. Chercher dans une base à l'aide du thésaurus permet donc une recherche à la fois plus précise et plus simple. Pour PubMed, vous pouvez trouver les descripteurs MeSH sur le site HeTOP : "libellé préféré". Trois index possibles :

> mot-clé principal > qualificatif > mot-clé