Genially sans titre

Élisa OASSEL Marie PERBETSébastien RENAUDINColin ROSEWICZChloé ROTAT

Master Cancer

2023-2024

A pan‐cancer analysis of the human tumor coagulome and its link to the tumor immune microenvironment

Zuzana Saidak · Simon Soudet · Marine Lottin · Valéry Salle · Marie‐Antoinette Sevestre · Florian Clatot · Antoine Galmiche

SOMMAIRE

1. Introduction

4. Discussion/Conclusion

2. Matériel et méthode

5. Perspective

3. Résultats

INTRODUCTION

Tumeurs solides (état pro-coagulant) → thromboembolie veineuse (TEV). → cause majeure de mortalité et de morbidité. → Varie selon la tumeur et ≠ propriété prothrombotique Cellules tumorales activent la coagulation → facteur tissulaire (TF) (gène F3). Activateur tissulaire plasminogène (tPA) + activateur plasminogène urokinase (uPA) (gènes PLAT et PLAU) Inhibition par PAI-1 et PAI-2 (gènes SERPINE1 et SERPINB2). Activité uPA ↗︎ par uPAR (gène PLAUR).Équilibre cascades procoagulantes et fibrinolytiques → coagulome.

INTRODUCTION

Lien coagulome et microenvironnement tumoral (TME) → méconnu Données génomiques de Cancer Genome Atlas (TCGA) → compréhension régulation TME. Analyse pan-cancer : examen similitudes et différences entre les altérations génomiques et cellulaires dans divers types de tumeurs. Objectif : Analyse expression et la régulation du coagulome tumoral.

MATÉRIEL ET MÉTHODE

Analyse environnement tumoral

Ontologie des gènes

Analyse expression génique

Analyse de gènes caractéristiques → étude de leur surreprésentation par RNAseq.

Méthode de comptage population cellulaire→ quantifier abondance relative de 8 populations.

6 gènes : F3, PLAT, PLAU, PLAUR, SERPINE1 et SERPINB2. → impact pathologique dans 32 tumeurs.

MATÉRIEL ET MÉTHODE

Test non apparié de Wilcoxon-Mann-Whitney Comparer les médianes de deux populations pour déterminer s'il existe une différence significative

MATÉRIEL ET MÉTHODE

Étude de la survie globale et de la survie sans maladie : → Régression des risques proportionnels de COX

MATÉRIEL ET MÉTHODE

Analyse sur R :→ Analyse statistique → Analyse de corrélation → Coefficients de corrélation de Pearson

RÉSULTATS

Différences d'expression des gènes du coagulome :→ Différence jusqu'à 250x supérieure dans l'expression médiane entre les tumeurs. Différents modèles d'expression des protéines du coagulome : → PLAU, PLAUR et SERPINE1 : cluster. Coefficient de corrélation de 0,3.

Fig.1 Coagulome gene expression in human tumors.

RÉSULTATS

Corrélation entre l'expression de l'ARNm des gènes du coagulome et le risque de développer une TEV : → Corrélation positive entre l'expression de l'ARNm F3 et l'incidence de TEV.

Fig. 2 Correlation between coagulome gene expression and the risk of VTE.

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RÉSULTATS

Analyse d'enrichissement des ensembles génétiques : → Expression du gène F3 associé à la « signalisation TNFA via NFKB » dans PAAD en majorité.4 types de cancers.→ Expression de PLAU associée à la « Transition épithélio-mésenchymateuse ».4 types de cancers

Fig. 3 Gene Ontology GSEA analysis for F3 and PLAU genes across human tumors.

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RÉSULTATS

Corrélation entre PLAU, PLAUR et SERPINE1 et infiltration tumorale. Monocytes : adénocarcinome colorectal et carcinome urothélial. Fibroblastes : aucun cancer.

Fig.4 The coagulome gene expression pattern correlates with immune cell infiltration.

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RÉSULTATS

Corrélations entre l'expression du coagulome et les gènes des molécules immunitaires PLAU → corrélation la plus forte avec PDCD1LG2 et CD276.

Fig.5 Correlation between the expression of the coagulome and genes encoding immune regulatory molecules.

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RÉSULTATS

Expression de PDCD1LG2 multipliée par plusieurs fois. Plus élevés : carcinome hépatocellulaire et le mélanome cutané.

Fig. 6 PDCD1LG2 and CD276 expression in the most frequent primary tumors, stratified according to PLAU expression.

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DISCUSSION/CONCLUSION

Différences d’expression géniques liées au coagulome tumorale.Régulations gènes pro-coagulation et pro-fibrinolyse ≠ en fonction des tumeurs . GBM et PAAD expriment fortement le gène F3 → Risque de TEV → Expression NF𝝹B et TNFɑ. Expression de PLAU/PLAUR/SERPINE1 → TME et hot tumor Immunothérapies → biomarqueurs.

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PERSPECTIVES

Potentiel de coagulation dans l'environnement tumorale, vitesse de coagulation Capacité de la tumeur à former un environnement hypercoagulable Manque de validation des conclusions Généraliser les observations Considérer le recrutement de patients à ≠ stades et ≠ traitements Appréhender les mécanismes des tumeurs Créer de nouvelles stratégies de prévention et de traitements

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MERCI

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