PROTEINE FILOGENESI

MIOGLOBINA

Proteina per il trasporto dell'ossigeno

SCOPO: stabilire i livelli di parentela filogenetica di 10 organismi diversi tramite la mioglobina

INTRODUZIONE: Le proteine sono delle macromolecole che si trovano all'interno degli organismi viventi e sono formate da catene di amminoacidi. Le proteine hanno molteplici funzioni, come trasportare l'ossigeno nel sangue, potenziare il sistema immunitario, la digestone di alcuni alimenti ecc. ecc. Attraverso le proteine possiamo anche stabilire i livelli di parentela fra gli organismi. La proteina che abbiamo scelto per questo studio è la Mioglobina, si tratta di una proteina addetta al trasporto dell'ossigeno all'interno del sangue. é una sub-unità dell'emoglobina. Infatti l'emoglobina trasporta l'ossigeno alla maggior parte del corpo, mentre la mioglobina intrappola l'ossigeno nei muscoli, per consentire alle cellule di lavorare correttamente. Per questa ricerca abbiamo usato vari siti online, come Alpha Fold, Uniprot e Phylot. Alpha Fold è un database che contiene le strutture tridimensionale di molte proteine, è stat creato da google grazie all'intelligenza artificiale. Proprio grazie all' AI si è riuscito a generare le strutture delle proteine in poco tempo. Phylot genera alberi filogenetici(un diagramma che mostra le relazioni di discendenza grazie a un elemento comune) usando le proteine presenti negli organismi. Uniprot invece è il più grande database al mondo bioinformatico con annotate tutte le sequenze proteiche di tutti gli organismi viventi e dei virus.

MATERIALI:Uniprot:https://www.uniprot.org/Phylot:https://phylot.biobyte.de/Alphafold:https://alphafold.ebi.ac.uk/ PROCEDIMENTO: - scegliere una proteina, in questo caso abbiamo scelto la Mioglobina;- Inserire il suo nome all'interno dell'database Uniprot e cercare almeno altre 9 organismi con la stessa proteina con un identità al 50%;-abbiamo creato una tabella dove abbiamo segnato il numero degli Amminoacidi, il nome della proteina, il nome della specie dell'organismo scelto e il suo codice Entry, trovati su Uniprot;(sostanzialmente il file FASTA)-riportare le strutture 3D della mioglobina dei diversi organismi su Uniprot o su Alpha Fold;-creare un albero filogenetico con Phylot e infine stabilire i rapporti di parentela fra i diversi organismi.

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RISULTATI

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TABELLA

Il codice entry è un codice che viene asseganto a ogni proteina su uni prot, quando viene immesso nella barra di ricerca di questo sito andrà sulla scheda della proteina.

MIOGLOBINA hUMAN (myoglobin)

P02144 HOMO SAPIENS-HUMAN 154 AA

SEQUENZA AMMINOACIDI

MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPGGHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFKHLKSEDEMKASEDLKKHGATVLTALGGILKKKGHHEAEIKPLAQSHATKHKIPVKYLEFISECIIQVLQSKHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDASNYKELGFQG

Gli esseri umani, sono le specie di primati più comuni e diffuse. Una grande scimmia caratterizzata dalla mancanza di pelo, dal bipedismo e dall'elevata intelligenza.

SEQUEN

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MIOGLOBINA pig (Myoglobin)

P02189 Sus scrofa (Pig) 154 AA

SEQUENZA AMMINOACIDI

MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADVAGHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFKHLKSEDEMKASEDLKKHGNTVLTALGGILKKKGHHEAELTPLAQSHATKHKIPVKYLEFISEAIIQVLQSKHPGDFGADAQGAMSKALELFRNDMAAKYKELGFQG

Il cinghiale è un mammifero artiodattilo della famiglia dei suidi.

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MIOGLOBINA potto (Myoglobin)

Perodicticus potto edwarsi(Potto) P02166 154 AA

MGLSDGEWQSVLNVWGKVEADLAGHGQEILIRLFTAHPETLEKFDKFKNLKTPDEMKASEDLKKHGVTVLTALGGILKKKGHHEAEIKPLAQSHATKHKIPVKYLEFISEAIIHVLQSKHPGDFGADAQGAMNKALELFRNDIAAKYKELGFQG

SEQUENZA AMMINOACIDI

Il potto è un primate strepsirrino della famiglia dei Lorisidi, l'unico rappresentante del genere Perodicticus.

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MIOGLOBINA olive baboon (Myoglobin)

Papio anubis (Olive baboon) P68084 154 AA

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SEQUENZA AMMINOACIDI

L'anubi è un primate della famiglia dei Cercopithecidae.

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MIOGLOBINA borean orangutangun (Myoglobin)

Pongo pygamaeus(Bornean Orangutangun) P02148 154 AA

SEQUENZA AMMINOACIDI

MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPSHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFKHLKSEDEMKASEDLKKHGATVLTALGGILKKKGHHEAEIKPLAQSHATKHKIPVKYLEFISESIIQVLQSKHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDMASNYKELGFQG

L'orango del Borneo è una scimmia ominide, endemica del Borneo.

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MIOGLOBINA agile gibbon (Myoglobin)

Hylobates agilis(Agile gibbon) P62734 154 AA

SEQUENZA AMMINOACIDI

MGLSDGEWQLVLNVWGKVEADIPSHGQEVLIRLFKGHPETLEKFDKFKHLKSEDEMKASEDLKKHGATVLTALGGILKKKGHHEAEIKPLAQSHATKHKIPVKYLEFISECIIQVLQSKHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDMASNYKELGFQG

Il gibbone agile è un primate appartenente alla famiglia degli Hylobatidae.

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MIOGLOBINA eurasian red squirrel (Myoglobin)

Sciurus Vulgaris(eurasian red squirrel) C0HKB7 154 AA

DGEWQLVLKVWGKVEADIAGHGQEVLIRLFKDHPETLEKFDKFKNLKTEDEMKASEDLKKHGSTVLGALGGILKKKGQHEAEIKPLAQSHATKHKIPVKYLEFISEAIIQVLKSKHSGDFGADAQGAMSKALELFRNDIAAKYKELGFQG

SEQUENZA AMMINOACIDI

Lo scoiattolo rosso, appartiene alla famiglia degli Sciuridae, dell'ordine dei Roditori, della classe dei Mammiferi.

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MIOGLOBINA slow loris (Myoglobin)

nycticebus coucang(slow loris) P02167 154 AA

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SEQUENZA AMMINOACIDI

vIl loris lento della Sonda è una specie di primate strepsirrino appartenente alla famiglia dei lorisidi.

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MIOGLOBINA buruchell's zebra (Myoglobin)

Equus quagga burchellii(burchell’s zebra)(equus burchelli) P68083 154 AA

MGLSDGEWQQVLNVWGKVEADIAGHGQEVLIRLFTGHPETLEKFDKFKHLKTEAEMKASEDLKKHGTVVLTALGGILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISDAIIHVLHSKHPGDFGADAQGAMTKALELFRNDIAAKYKELGFQG

SEQUENZA AMMINOACIDI

La zebra di Burchell è una sottospecie meridionale della zebra di pianura. Prende il nome dall'esploratore e naturalista britannico William John Burchell.

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MIOGLOBINA sheep (Myoglobin)

ovis aries(sheep) P02190 154 AA

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SEQUENZA AMMINOACIDI

La pecora è un mammifero della famiglia dei Bovidae.

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• ovis aries(sheep)
• Sciurus Vulgaris(eurasian red squirrel)
• Perodicticus potto edwarsi (Potto)
• nycticebus coucang(slow loris)
• Papio anubis (Olive baboon)
• Hylobates agilis(Agile gibbon)
• Pongo pygamaeus
• homo sapiens(human)

Questo albero filogenetico creato da PhyloT rappresenta i livelli di parentela che ci sono fra 9 degli organismi che abbiamo scelto per questo studio. Possiamo notare come l'albero filogenetico si divide in due rami all'inizio: questo perchè la specie dei Ovis aAries si distingue da tutte le altre. Il secondo ramo si divide a sua volta in altri due rami: nel primo ramo ci troviamo la specie dei Sciurus Vulgaris che si distingue da tutte le altre specie perchè è l'unico roditore; nel secondo ramo, che si divide in altri due rami, ci troviamo il potto e lo slow loris, che si distinguono dalle altre specie perchè fanno parte della famiglia dei Lorisidi e nel secondo ramo ci troviamo tutte le specie di scimmie che abbiamo analizzato. La specie dei Papio Anubis si distingue dalle altre perchè è l'unica specie che fa parte della famiglia dei Cercopithecidae. Invece la specie dei Hylobates agilis si distingue dall' uomo e dalla specie dei Pongo pygamaeus perchè fa parte della famiglia dei Hylobatidae. Infine possiamo capire che la specie dei Pongo pygamaeus è la piu simile alla specie umana perchè è una scimmia ominide.

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