Tarea P3S3
Jaime Edid Kalach José Pablo Tame Véliz Valentina Vital González Jersai Jassiel Perez Mancilla
Índice
2. Localización de Primers
1. Gen c-MYC
3. Tamaño del amplificado de mRNA
5. Melt Curve
4. PCR en Tiempo Real
Referencias
Gen Humano c-MYC
Ubicado en el Cromosoma 8
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/4609
Localización de los primers FWD y REV
Este gen tiene 3 exones El primer FWD está localizado en el segundo exón El primer REV está localizado en el tercer exón
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/4609
FWD: GGATTCTCTGCTCTCCTCGAC REV: GACTCTGACCTTTTGCCAGG
Tamaño del amplificado de mRNA
El amplificado de mRNA es de 177 pares de bases (pb). Es un amplificado pequeño ya que, a pesar de que hay un intrón muy grande en el gen, el mRNA ya no tiene intrones y solo contiene los exones codificantes.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
PCR en tiempo real (qpcr)
La visualización de una qPCR es por medio de una gráfica. Eje X - Número de ciclos Eje Y - Cantidad de luz emitida por el agente intercalante (fluoróforo). El CT o Cycle Threshold es el número de ciclos que tomó para que se pueda detectar la luz emitida por los fluoróforos. Entre más bajo es el CT, mayor expresión del gen c-MYC en este caso
Understanding qpcr results - iric. (n.d.). https://genomique.iric.ca/resources/files/Understanding_qPCR_results
Melt Curve en qpcr
La "melting curve" en una qPCR es un análisis que se realiza después de las corridas de la qPCR para saber la sensibilidad de la fluorescencia dada por el SYBR Green. Debido a que el colorante intercalante es inespecífico, se debe asegurar de que se unió específicamente a la sección que se quiere amplificar (amplicón)
Staff, B. T. B. (2022, November 7). Trust your SYBR GREEN QPCR data. Behind the Bench. https://www.thermofisher.com/blog/behindthebench/trust-your-sybr-green-qpcr-data/
Referencias
Staff, B. T. B. (2022, November 7). Trust your SYBR GREEN QPCR data. Behind the Bench. https://www.thermofisher.com/blog/behindthebench/trust-your-sybr-green-qpcr-data/ Understanding qpcr results - iric. (n.d.). https://genomique.iric.ca/resources/files/Understanding_qPCR_results U.S. National Library of Medicine. (n.d.-a). Myc Myc proto-oncogene, bHLH transcription factor [Homo Sapiens (human)] - gene - NCBI. National Center for Biotechnology Information. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/4609 U.S. National Library of Medicine. (n.d.). Primer Designing Tool. National Center for Biotechnology Information. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
Melting Curve - Análisis
Para asegurarse que el colorante intercalante se unió únicamente a una cadena doble de DNA, se calienta lentamente de aproximadamente 65 grados a 95 grados Celcius. Al irse desnaturalizando el DNA por la temperatura, se va emitiendo menos fluorescencia. Cuando se ve una sola línea en la gráfica, es muy probable que se haya unido correctamente a una sola doble hélice.
EINSTEIN PRESENTATION
Jaime Edid
Created on November 7, 2023
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Tarea P3S3
Jaime Edid Kalach José Pablo Tame Véliz Valentina Vital González Jersai Jassiel Perez Mancilla
Índice
2. Localización de Primers
1. Gen c-MYC
3. Tamaño del amplificado de mRNA
5. Melt Curve
4. PCR en Tiempo Real
Referencias
Gen Humano c-MYC
Ubicado en el Cromosoma 8
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/4609
Localización de los primers FWD y REV
Este gen tiene 3 exones El primer FWD está localizado en el segundo exón El primer REV está localizado en el tercer exón
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/4609
FWD: GGATTCTCTGCTCTCCTCGAC REV: GACTCTGACCTTTTGCCAGG
Tamaño del amplificado de mRNA
El amplificado de mRNA es de 177 pares de bases (pb). Es un amplificado pequeño ya que, a pesar de que hay un intrón muy grande en el gen, el mRNA ya no tiene intrones y solo contiene los exones codificantes.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
PCR en tiempo real (qpcr)
La visualización de una qPCR es por medio de una gráfica. Eje X - Número de ciclos Eje Y - Cantidad de luz emitida por el agente intercalante (fluoróforo). El CT o Cycle Threshold es el número de ciclos que tomó para que se pueda detectar la luz emitida por los fluoróforos. Entre más bajo es el CT, mayor expresión del gen c-MYC en este caso
Understanding qpcr results - iric. (n.d.). https://genomique.iric.ca/resources/files/Understanding_qPCR_results
Melt Curve en qpcr
La "melting curve" en una qPCR es un análisis que se realiza después de las corridas de la qPCR para saber la sensibilidad de la fluorescencia dada por el SYBR Green. Debido a que el colorante intercalante es inespecífico, se debe asegurar de que se unió específicamente a la sección que se quiere amplificar (amplicón)
Staff, B. T. B. (2022, November 7). Trust your SYBR GREEN QPCR data. Behind the Bench. https://www.thermofisher.com/blog/behindthebench/trust-your-sybr-green-qpcr-data/
Referencias
Staff, B. T. B. (2022, November 7). Trust your SYBR GREEN QPCR data. Behind the Bench. https://www.thermofisher.com/blog/behindthebench/trust-your-sybr-green-qpcr-data/ Understanding qpcr results - iric. (n.d.). https://genomique.iric.ca/resources/files/Understanding_qPCR_results U.S. National Library of Medicine. (n.d.-a). Myc Myc proto-oncogene, bHLH transcription factor [Homo Sapiens (human)] - gene - NCBI. National Center for Biotechnology Information. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/4609 U.S. National Library of Medicine. (n.d.). Primer Designing Tool. National Center for Biotechnology Information. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/
Melting Curve - Análisis
Para asegurarse que el colorante intercalante se unió únicamente a una cadena doble de DNA, se calienta lentamente de aproximadamente 65 grados a 95 grados Celcius. Al irse desnaturalizando el DNA por la temperatura, se va emitiendo menos fluorescencia. Cuando se ve una sola línea en la gráfica, es muy probable que se haya unido correctamente a una sola doble hélice.