PEPR SVA

PEPR Sélection Végétale Avancée

go!

30 M

PEPR SVA

Contexte

4 axes

Actions

Gouvernance

Contexte

Ministère français

Construction du document de cadrage

Comité scientifique

PEPR SVA

Début des activités : 01/03/2023

Systèmes agricoles durables et équipements agricoles contribuant à la transition écologique (SADEA)

428 M

2021-2026

Moyens

Objectifs

Innover pour la 3ème révolution agricole la révolution du vivant et de la connaissance au service de la souveraineté alimentaire s'appuie sur : (i) La robotique (ii) Le numérique (iii) La génétique Structurer les filières agricoles et les territoires en promouvant une approche intégrée

TRL 5-9

• Démonstrateurs territoriaux
• Accélérateur pour les PME et ETI
• Système de soutien

TRL 3-4

• AAP (Pre)Maturation
• 2 grands défis (biocontrôle, robotique)

TRL 1-4

• PEPR SVA
• PEPR AgroEcoNum

Stratégie élaborée en collaboration avec les parties prenantes dans le cadre d'une consultation publique

• 333 contributions (1) dont des associations industrielles et professionnelles (telles que Axema, RobAgri, IBMA, UFS, FNAR, FNEDT, IFIP, ANIA, coopératives agricoles, ADEPALE)
• et des entretiens qualitatifs avec des représentants d'industriels et de start-ups, des représentants du monde académique et de la recherche, des fédérations de structures sanitaires et médico-sociales, des représentants de professionnels et d'usagers, des acteurs institutionnels...

(1) 333 people responded out of the 665 who launched the questionnaire, including: 196 responses considered "institutional" (research and higher education, public bodies, technical institutes, government departments, etc.), 118 companies and cooperatives and 19 farmers.

Contexte

Construction du document de cadrage

Ministère français

Comité scientifique

PEPR SVA

Début des activités: 01/04/2023

30 M

PEPR SVA

Contexte

4 axes

Actions

Gouvernance

Les 4 axes du PEPR SVA

Axe 1

Développement d'une boîte à outils pour l'édition du génome

Axe 2

Mise à disposition de plantes à caractères nouveaux

Axe 3

Intégrer l'édition du génome dans les programmes de sélection

Étudier la dynamique de la régulation de l'édition du génome et contribuer à la conception de régimes de sélection légitimes

Axe 4

Axe 4 - Étudier la dynamique de la régulation de l'édition du génome et contribuer à la conception de régimes de sélection légitimes

Animateurs

Cadre réglementaire

• Analyse des déterminants de la construction du cadre réglementaire
• Analyse comparative de différents cadres réglementaires
• Analyse des leviers et obstacles réglementaires pour accélérer les transitions agro-écologiques.

Stratégies en matière de propriété intellectuelle

Julie Labatut

• Chargée de recherche en sciences de gestion, INRAE, Département ACT, UMR LISIS et UMR GABI
• Chercheur associé au Centre de Gestion Scientifique, Ecole des Mines de Paris
• Analyse et accompagnement des processus d'innovation en sélection animale et végétale.

• Analyse comparative des débats et de l'évolution des cadres réglementaires des droits de propriété intellectuelle
• Analyse des stratégies des acteurs publics et privés au niveau international
• Analyse des effets de la propriété intellectuelle sur les transformations structurelles du secteur des semences.

Gouvernance des ressources génétiques

• Évaluation de l'impact économique potentiel de l'édition du génome sur l'ensemble de la chaîne d'approvisionnement, de la ferme à la table.
• Analyse de l'impact de l'édition du génome à court et à long terme, en tenant compte de la diversité des exploitations et de l'ensemble des acteurs impliqués
• Analyse de la perception des produits basés sur l'innovation génétique et du comportement des consommateurs
• Construction d'un protocole d'évaluation d'impact (indicateurs, méthodologie) pour les plantes éditées dans le futur.

Pierre-Benoît Joly

• Directeur de recherche à l'INRAE, spécialiste des études sociales de la science, de la technologie et de l'innovation
• Président du centre INRAE Occitanie Toulouse
• Président du comité des questions sociétales de la SEMAE
• Membre de l'Académie des Technologies et de l'Académie de l'Agriculture de France
• Délégué régional Occitanie

Questions sociales et éthiques

• Perception des opportunités et des menaces que représente l'édition du génome pour les transitions agro-écologiques et l'adaptation au changement climatique par l'ensemble de la chaîne (du chercheur au consommateur).
• Analyse de l'image de l'édition du génome dans les médias et de son impact sur le public.
• Cartographie et analyse des controverses autour de l'édition du génome en France et à l'international.

Les 4 axes du PEPR SVA

Axe 1

Développement d'une boîte à outils pour l'édition du génome

Axe 2

Mise à disposition de plantes à caractères nouveaux

Axe 3

Intégrer l'édition du génome dans les programmes de sélection

Étudier la dynamique de la régulation de l'édition du génome et contribuer à la conception de régimes de sélection légitimes

Axe 4

30 M

PEPR SVA

Contexte

4 axes

Actions

Gouvernance

Les cinq actions du PEPR SVA

Rechercher

Communiquer

Former

Rassembler la communauté scientifique

Infrastructure nationale distribuée

Transfert des résultats

Recherche-13M€ ,

non inclus le financement des (post)-doc- 8M€)

AAP2 Fin 2027

AAP1 Fin 2024

2023-2028

2 000 000€

Fabien Nogué, INRAE Pierre-Marc -Deleaux, CNRS

24 projets financés attendus

2 600 000 €

2 600 000€

2023-2028

2 000 000€

10 projets sélectionnés

10 projets sélectionnés

Mathias Lorieux, IRD Laurence Moreau, INRAE

GARDENS

en construction

Résultats attendus

2 000 000€

• Développement de la technologie d'édition du génome
• Développement de plantes éditées adaptées aux conditions climatiques et contribuant à la transition agroécologique
• Intégration des plantes éditées dans les programmes de sélection
• Dynamique socio-économique et réglementaire entourant les plantes éditées

Fabienne Micheli, CIRAD Marc Tchamitchian, INRAE Loic Lecunf, IFV

DIALOGS

en construction

2 000 000€

Jean-Denis Faure, APT Alexandra Julien, APT

Responsable de projet

Etablissmenet coordinateur

TYPEX- Vers une édition spécifique et précise du génome végétal

Objectifs

Contexte

La fiche d'identité

WorkPackage

Problématiques

06/2023 - 05/2028 (5 ans)

2 497 691, 21€

Coordinateurs

Responsables scientifiques

Fabien Nogué, INRAE fabien.nogue@inrae.fr

Pierre-Marc Delaux, CNRS pierremarc.delaux@cnrs.fr

Partenaires

Mots clefs : Edition primaine, prime editing, édition du génome, transformation, cultures.

DIVEDIT

Augmenter la diversité génétique dans les programmes de sélection par l'utilisation de l'édition du génome

Objectifs

Contexte

La fiche d'identité

WorkPackage

Problématiques

04/2023 - 02/2028 (5 ans)

2 779 582, 93€

Coordinateur

Responsables scientifiques

Mathias Lorieux, IRD - mathias.lorieux@ird.fr

Laurence Moreau, INRAE - laurence.moreau@inrae.fr

Partenaires

Mots clefs : Edition génétique, reproduction, diversité génétique, recombinaison méiotique, barrières reproductives inter-espèces, haploïdes doubles, trans-édition.

Les cinq actions du PEPR SVA

Rechercher

Communiquer

Former

Rassembler la communauté scientifique

Infrastructure nationale distribuée

Transfert des résultats

Infrastructure national distribuée - 3,8M€

en construction

Construction

Animateur

Pierre Hilson

• Directeur de recherche INRAE à l'IJPB
• Fondateur du consortium RegenCrop
• Co-animateur du groupe "Plantes et Société" du réseau Plant Sciences de Saclay

• 4 modules

• Multi-sites

Contexte

Recherche isolée et spécifique sur des sujets liés à l'édition du génome

Objectifs

• Mettre les outils d'édition du génome à la disposition des chercheurs

• Recherche efficace en réalisant les étapes de routine plus efficacement et à moindre coût

• Transfert des résultats

• Visibilité accrue, partenariats internationaux et publics/privés

Calendrier

Mars 2024

• Appel à "dispositifs bio-sécurisés pour l'évaluation des plantes éditées".
• Mise en place du réseau

Fin 2023Cartographie des laboratoires publics de GE/plantes (questionnaire en ligne)

2025, 2026Appel pour besoins non compétitifs

Les cinq actions du PEPR SVA

Rechercher

Communiquer

Former

Rassembler la communauté scientifique

Infrastructure nationale distribuée

Transfert des résultats

Formation- 8,5M€

Formation des générations futures

Formation des générations actuelles

• Bourses pour doctorants et post-doctorants travaillant sur des projets PEPR et des modules d'infrastructure.

• Session de formation

• Formation spécifique sur l'EG dans les universités et les écoles d'ingénieurs

Exemple : 2 universités d'été, modules d'une semaine

• Accueil dans les laboratoires et modules de l'infrastructure
• Organisation des visites annuelles

Les cinq actions du PEPR SVA

Rechercher

Communiquer

Former

Rassembler la communauté scientifique

Infrastructure nationale distribuée

Transfert des résultats

Calendrier des animations

2023

2024

2025

2026

2027

2028

2029

2030

2031

Echanges avec les autres PEPR

- entre le CoPiL de SVA et d'AgroEcoNum

- entre le CoPiL de SVA et de B-Best

-Ateliers pour les coordinateurs de projet du PEPR SVA et AgroEcoNum

Echanges avec la communauté scientifique internationale

-Séminaire européen

-Séminaire hémisphére SUD

Echanges avec la communauté scientifique du PEPR

- Séminaire annuel

- Ateliers de travail trimestriels pour la co-construction des projets ciblés participatifs

- Workshop, journées d'échanges et d'atelier par thématiques

Echange avec les acteurs de la filière

Echange avec les citoyens

Les cinq actions du PEPR SVA

Rechercher

Communiquer

Former

Rassembler la communauté scientifique

Infrastructure nationale distribuée

Transfert des résultats

3 M

Transfert des résultats de la recherche

La recherche

Détection des résultats de recherche

Protection Intellectuelle

(Pré) maturation des résultats

30 M

PEPR SVA

Contexte

4 axes

Actions

Gouvernance

La gouvernance du PEPR SVA

Conseil

Décisionnel

Consultatif

Coordination et gestion

Comité de Pilotage(CoPiL)

ConseilScientifique Technologique de Programme (CSTP)

Comité interinstitutionnel de suivi

Comité des Acteurs non Académiques (CANA)

FinPour plus d'informations: https://www.pepr-selection-vegetale.fr/

Contacts

• Director of the PEPR SVA, Isabelle Litrico: isabelle.litrico-chiarelli@inrae.fr
• Program manager, Inès Toolsee: ines.toolsee@inrae.fr
• CoPiL of the PEPR SVA: copil@pepr-selection-vegetale.fr

session de formation - Exemple pour 2024

Soutien du PEPR SVA à la formation de 5 jours proposée au personnel des laboratoires publics et privés par le réseau RegenCrop sur les thèmes suivants

• Méthodes de transformation et de régénération des plantes
• et les technologies d'édition du génome des plantes.

Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des arbres et de la forêt

Orléans, INRAE

Site web

Limagrain

Clermont Ferrand,

Activités au sein du projet

• Édition du génome chez le blé

Site web

Détail de l'axe 2 - L'édition du génome au service de la transition agro-écologique

Animateurs

Réduire l'utilisation de pesticides et d'intrants non renouvelables

• Résistance aux parasites/maladies
• Optimisation de l'absorption et de l'utilisation des nutriments et de l'eau Lutte contre les mauvaises herbes
• Préservation des sols.

Laurent Laplaze

• Directeur de recherche à l'Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
• Vice-président du Conseil scientifique de l'IRD
• Développement du système racinaire, interactions sol-plante, stress abiotiques.

Améliorer l'adaptation au changement climatique

• Modulation de la phénologie
• Adaptation au stress abiotique (froid, chaleur, etc.) ; évitement des périodes de sécheresse (par exemple en favorisant un cycle de croissance court).

Améliorer les interactions plante-plante et plante-microorganisme

• Optimiser les associations de cultures (agroforesterie, mélanges d'espèces/variétés)
• Interactions plantes-microbiome.

Caractéristiques associées aux services écosystémiques

• Capture/stockage du CO2
• Amélioration de la fertilité des sols Biomasse pour la production d'énergie
• Favoriser les insectes utiles.

Gaëtan Louarn

• Directeur adjoint URP3F
• Chef du département AgroEcoSystème - Coordinateur du GOS1.

Fondements de l'infrastructure distribuée mise en place dans le cadre de ce PEPR (WP1, 2 et 3).

Mise en place d’outils et de protocoles d'édition efficaces, robustes et polyvalents, applicables à un large éventail d'espèces (WP1 et 2)

Edition d’espèces difficilement transformable (WP3)

Institut de Biologie Moléculaire des Plantes

Strasbourg, CNRS

Activités au sein du projet

• Édition du génome chez Arabidopsis

Site web

Comité des acteurs non académiques (in construction)

Rôle

Composition

• Un aperçu des besoins et de la vision de la société, qui peut guider le travail du PEPR,

• Conseils sur le transfert possible et utile des résultats du PEPR

Composé de 6 à 8 acteurs du monde socioprofessionnel : instituts techniques, agriculteurs, semenciers, associations de consommateurs, associations environnementales.

Fréquence des réunions

Tous les deux ans

Communication du PEPR SVA, 1,7M€

Les objectifs Tous les acteurs du secteur

Objectifs

Informations

• Expliquer pourquoi il est important de mener des recherches sur le GE
• Mettre en évidence l'approche réflexive de la recherche soutenue par le PEPR
• Partager les recherches et les questions actuelles sur l'édition du génome

• Construire des échanges avec tous les acteurs du secteur
• Écouter les parties prenantes et les impliquer, échanger dans les deux sens

• Se positionner (PEPR) en tant qu'acteur/référent
• Informer les décisions relatives à la GE

Echanger

Eclairer

Outils

Evénements

Site web: https://www.pepr-selection-vegetale.fr/

A construire

Protection intellectuelle

Pour les résultats de recherche retenus pour une valorisation ultérieure, la strastégie la plus adaptée pour les mettre à disposition du plus grand nombre possible d'acteurs français des filières agricoles et biotechnologiques sera mise en oeuvre.

Axe 3 - Intégrer l'édition de génomes dans les programmes de sélection

Animateurs

Comprendre et tester comment l'édition du génome peut être combinée avec d'autres techniques de sélection

• Mesurer l'effet de la combinaison de l'édition du génome avec d'autres techniques de sélection sur les caractéristiques des plantes.
• Échanger avec les acteurs de l'industrie pour identifier les possibilités d'intégration de l'édition du génome dans les programmes de sélection ;
• Identifier comment l'utilisation de plantes modifiées dans les programmes de sélection peut accélérer la transition agroécologique.

Emmanuel Guiderdoni

• Chercheur au Cirad à MontpellierThèmes de recherche :
• Ingénierie des génomes, recombinaison méiotique et reproduction

Augmenter la diversité génétique en utilisant des ressources provenant de variétés anciennes, d'ancêtres sauvages ou d'espèces apparentées

• Transférer le matériel génétique des plantes anciennes vers les plantes modernes
• Adapter les ressources phytogénétiques tropicales pour les intégrer dans le monde végétal français
• Identifier comment ces possibilités peuvent être utilisées par l'industrie de la sélection.

Alain Charcosset

• Chercheur INRAE à l'unité Génétique Quantitative et Evolution au Moulon
• Recherche sur la diversité génétique et son utilisation en sélection par des approches de génétique quantitative
• Modèle de maïs : adaptation à l'environnement et diversification de la production.

Améliorer l'efficacité des programmes de sélection grâce au développement d'outils d'édition du génome

• Développer l'édition du génome pour moduler la phase de reproduction des plantes et accélérer les processus de sélection tels que les croisements en plein champ. Évaluation des résultats par la modélisation
• Identifier les acteurs de l'industrie de la sélection en vue d'une production conjointe.

Génétique Diversité Ecophysiologie des Céréales

Clermont Ferrand, INRAE

Activités au sein du projet

• Édition du génome chez le blé

Site web

Communication du PEPR SVA, 1,7M€

Les objectifs Tous les acteurs du secteur

Objectifs

Informations

• Expliquer pourquoi il est important de mener des recherches sur le GE
• Mettre en évidence l'approche réflexive de la recherche soutenue par le PEPR
• Partager les recherches et les questions actuelles sur l'édition du génome

• Construire des échanges avec tous les acteurs du secteur
• Écouter les parties prenantes et les impliquer, échanger dans les deux sens

• Se positionner (PEPR) en tant qu'acteur/référent
• Informer les décisions relatives à la GE

Echanger

Eclairer

Outils

Evénements

Site web: https://www.pepr-selection-vegetale.fr/

A construire

Détail de l'axe 2 - L'édition du génome au service de la transition agro-écologique

Animateurs

Réduire l'utilisation de pesticides et d'intrants non renouvelables

• Résistance aux parasites/maladies
• Optimisation de l'absorption et de l'utilisation des nutriments et de l'eau Lutte contre les mauvaises herbes
• Préservation des sols.

Laurent Laplaze

• Directeur de recherche à l'Institut de Recherche pour le Développement (IRD)
• Vice-président du Conseil scientifique de l'IRD
• Développement du système racinaire, interactions sol-plante, stress abiotiques.

Améliorer l'adaptation au changement climatique

• Modulation de la phénologie
• Adaptation au stress abiotique (froid, chaleur, etc.) ; évitement des périodes de sécheresse (par exemple en favorisant un cycle de croissance court).

Améliorer les interactions plante-plante et plante-microorganisme

• Optimiser les associations de cultures (agroforesterie, mélanges d'espèces/variétés)
• Interactions plantes-microbiome.

Caractéristiques associées aux services écosystémiques

• Capture/stockage du CO2
• Amélioration de la fertilité des sols Biomasse pour la production d'énergie
• Favoriser les insectes utiles.

Gaëtan Louarn

• Directeur adjoint URP3F
• Chef du département AgroEcoSystème - Coordinateur du GOS1.

Steering Comitee

Comité de pilotage

Rôle

Composition

Composition

Role

• Isabelle Litrico, Directrice du PEPR
• Inès Toolsee, manageuse du PEPR

Animateurs de l'axe 1

• Annabelle Déjardin
• Michel Hernould

Animateurs de l'axe 2

• Laurent Laplaze
• Gaëtan Louarn

Animateurs de l'axe 3

• Emmanuel Guiderdoni
• Alain Charchosset

Animateurs de l'axe 4

• Julie Labatut
• Pierre-Benoît Joly
• Pierre Hilson, Animateurs de l'infrastructure

• Mise en œuvre de la stratégie opérationnelle et l'adapter si nécessaire
• Assurer le suivi des différentes actions
• Suivi des projets financés
• Établir des liens avec d'autres PEPR

• Organiser des événements pour assurer l'interaction avec les représentants du secteur non universitaire

• Reporting.

• Insight into society's needs and vision, which can guide PEPR's work,

• Advice on the possible and useful transfer of PEPR results.

Frequency of meetings

Every two years.

Fréquence des réunions

Tous les mois

Laboratoire d'économie appliquée de Grenoble

Grenoble, Université Grenoble Alpes

Site web

Génétique Quantitative et Évolution-Le Moulon

Gif-sur-Yvette, INRAE

Site web

Développement d’outils pour élargir la diversité génétique disponible pour la sélection

Impacts socio-économiques de l’EG sur les acteurs

Intégration de l’EG dans les schémas de sélection

L’efficacité de la sélection végétale actuelle est limitée par Temps du cycle de sélection Variabilité génétique Recombinaisons « rares » et aléatoires Jusqu’à 10 ans pour obtenir une nouvelle variété, jusqu’à 20 ans pour des espèces pérennes.

Limagrain

Clermont Ferrand,

Site web

Institut Jean Pierre Bougin

Versaille, INRAE

Activités au sein du projet

• Édition du génome chez Physcomitrium
• Transformation génétique du pois et du haricot

Site web

Lettre de mission au PDG INRAE

• La France (...) se positionne à la pointe des technologies de rupture qui seront au cœur du monde de demain.
• PEPR (...) a vocation à soutenir la recherche amont (...) Mais une partie du budget sera consacrée à des thématiques de recherche directement liées à l'essaimage ou à la création d'entreprises (...).
• Le renouvellement des méthodes de sélection variétale passera par l'utilisation technologique des Nouvelles Techniques de Sélection (NBT) en complément des outils de sélection conventionnels
• ......ces techniques,.... serviront la transition agro-écologique, l'atténuation du changement climatique et l'adaptation à celui-ci.
• Ce PEPR contribuera à la formation...

Périmètre 1 pilote : INRAE 30 M€ pour les laboratoires publics français et certains instituts techniques GE développement technologique : SDN 1 et SDN2 Appliqués aux caractères impliqués dans l'adaptation/atténuation du changement climatique ou la transition agro-écologique

Michel Hernould

• Professeur des universités, Université de Bordeaux
• Biotechnologies végétales, Agrosciences
• Physiologie végétale (CNU 66).

Animateurs

Annabelle Déjardin

• Directeur de recherche INRAE, Département ECODIV
• Responsable de l'équipe "Génomique fonctionnelle, populations et prédiction" de l'UMR BioForA
• Ingénierie du peuplier, formation du bois

Détails de l'axe 1 - Développement de l'édition du génome en vue d'une application à un large éventail d'espèces

Développer des outils d'édition du génome permettant une action ciblée sur l'ensemble du génome.

• Proposer des outils capables de cibler l'ADN à l'échelle du génome.
• Développer des outils qui entraînent une modification prédéterminée du génome.

Extension de l'application des outils aux espèces difficiles à transformer et aux génotypes d'élite

• Optimiser les protocoles de régénération existants et les étendre à toutes les espèces.
• Explorer d'autres voies de développement que la culture de tissus pour régénérer les plantes modifiées par le génome.

Génétique Diversité Ecophysiologie des Céréales

Clermont Ferrand, INRAE

Site web

Communication du PEPR SVA, 1,7M€

Les objectifs Tous les acteurs du secteur

Objectifs

Informations

• Expliquer pourquoi il est important de mener des recherches sur le GE
• Mettre en évidence l'approche réflexive de la recherche soutenue par le PEPR
• Partager les recherches et les questions actuelles sur l'édition du génome

• Construire des échanges avec tous les acteurs du secteur
• Écouter les parties prenantes et les impliquer, échanger dans les deux sens

• Se positionner (PEPR) en tant qu'acteur/référent
• Informer les décisions relatives à la GE

Echanger

Eclairer

Outils

Evénements

Site web: https://www.pepr-selection-vegetale.fr/

A construire

Augmenter la diversité des variétés des plantes disponibles pour accélérer la TAE

• Potentiel de mutation limité par les mutations naturelles

• Augmenter et accélèrer la mise à disposition de nouvelles variétés par l'édition des génomes.

Lettre de mission au PDG INRAE

• La France (...) se positionne à la pointe des technologies de rupture qui seront au cœur du monde de demain.
• PEPR (...) a vocation à soutenir la recherche amont (...) Mais une partie du budget sera consacrée à des thématiques de recherche directement liées à l'essaimage ou à la création d'entreprises (...).
• Le renouvellement des méthodes de sélection variétale passera par l'utilisation technologique des Nouvelles Techniques de Sélection (NBT) en complément des outils de sélection conventionnels
• ......ces techniques,.... serviront la transition agro-écologique, l'atténuation du changement climatique et l'adaptation à celui-ci.
• Ce PEPR contribuera à la formation...

Périmètre 1 pilote : INRAE 30 M€ pour les laboratoires publics français et certains instituts techniques GE développement technologique : SDN 1 et SDN2 Appliqués aux caractères impliqués dans l'adaptation/atténuation du changement climatique ou la transition agro-écologique

Axe 3 - Intégrer l'édition de génomes dans les programmes de sélection

Animateurs

Comprendre et tester comment l'édition du génome peut être combinée avec d'autres techniques de sélection

• Mesurer l'effet de la combinaison de l'édition du génome avec d'autres techniques de sélection sur les caractéristiques des plantes.
• Échanger avec les acteurs de l'industrie pour identifier les possibilités d'intégration de l'édition du génome dans les programmes de sélection ;
• Identifier comment l'utilisation de plantes modifiées dans les programmes de sélection peut accélérer la transition agroécologique.

Emmanuel Guiderdoni

• Chercheur au Cirad à MontpellierThèmes de recherche :
• Ingénierie des génomes, recombinaison méiotique et reproduction

Augmenter la diversité génétique en utilisant des ressources provenant de variétés anciennes, d'ancêtres sauvages ou d'espèces apparentées

• Transférer le matériel génétique des plantes anciennes vers les plantes modernes
• Adapter les ressources phytogénétiques tropicales pour les intégrer dans le monde végétal français
• Identifier comment ces possibilités peuvent être utilisées par l'industrie de la sélection.

Alain Charcosset

• Chercheur INRAE à l'unité Génétique Quantitative et Evolution au Moulon
• Recherche sur la diversité génétique et son utilisation en sélection par des approches de génétique quantitative
• Modèle de maïs : adaptation à l'environnement et diversification de la production.

Améliorer l'efficacité des programmes de sélection grâce au développement d'outils d'édition du génome

• Développer l'édition du génome pour moduler la phase de reproduction des plantes et accélérer les processus de sélection tels que les croisements en plein champ. Évaluation des résultats par la modélisation
• Identifier les acteurs de l'industrie de la sélection en vue d'une production conjointe.

Biologie intégrée pour la valorisation de la diversité des arbres et de la forêt

Orléans, INRAE

Activités au sein du projet

• Édition du génome chez le peuplier

Site web

Développement d’outils et de règles générales pour une édition primaire efficace chez les plantes.

Amélioration de l’outil d’édition primaire sur des plantes modèles (Marchantia, Psycomitrium et Arabidopsis) sur une stratégie de type « cycle DBTL » (Design, Built, Test and Learn).

Evaluation de l’édition primaire sur une large gamme d’espèces de plantes cultivées.

Test selon la stratégie de cycle DBTL de l’édition primaire améliorée sur des plantes de cultures d’intérêt pour l’agriculture française.

Extension de l’utilisation de l’édition primaire aux plantes difficilement transformables.

Développement de l’édition primaire chez des plantes pour lesquelles les techniques efficaces de transformation ne sont pas encore disponibles.

Répartition du budget du PEPR SVA (30M €)

13M€

3M€

8,5M€

1,7M€

3,8M€

Répartition du budget du PEPR SVA (30M €)

13M€

3M€

8,5M€

1,7M€

3,8M€

Comité inter-institutionnel

Rôle

Composition

Veille

• à la représentation de l'ensemble de la communauté scientifique
• au bon déroulement du programme de travail
• à la conformité aux actions annoncées
• à ce que les ajustements nécessaires soient effectués

Composée de représentants des institutions (groupements) impliquées dans la mise en place et la vie du PEPR. L'INRAE, désigné par les ministères comme pilote du PEPR, préside cette instance et assure le lien avec les ministères de tutelle du PEPR..

Fréquence de réunion

Annuellement

Institut de génétique, environnement et protection des plantes

Le Rheu, INRAE

Site web

Conseil scientifique et technologique

Composition

Rôle

Pamela Ronald, Univ Davis, USA, responsable du comité composé de:

• Bruno Desprez, Florimond-Desprez, France
• Père Puig Domenech, CSIC, Spain
• Michele Morgante, Univ Udine, Italy
• Bernadette Bensaude-Vincent, Univ Paris 1 Sorbonne, France
• Denis Couvet, FRB, France
• Hilde Neillissen, Univ Ghent, Belgium
• David Gouache, Terres Inovia Technical Institute, France

• Suivi et évaluation du programme pour l'ANR (opérateur financier)
• Recommandations, conseils tels qu'un conseil scientifique pour la gestion du PEPR

Fréquence des réunions

Tous les deux ans pour une révision du programme.

Communication du PEPR SVA, 1,7M€

Les objectifs Tous les acteurs du secteur

Objectifs

Informations

• Expliquer pourquoi il est important de mener des recherches sur le GE
• Mettre en évidence l'approche réflexive de la recherche soutenue par le PEPR
• Partager les recherches et les questions actuelles sur l'édition du génome

• Construire des échanges avec tous les acteurs du secteur
• Écouter les parties prenantes et les impliquer, échanger dans les deux sens

• Se positionner (PEPR) en tant qu'acteur/référent
• Informer les décisions relatives à la GE

Echanger

Eclairer

Outils

Evénements

Site web: https://www.pepr-selection-vegetale.fr/

A construire

Répartition du budget du PEPR SVA (30M €)

13M€

3M€

8,5M€

1,7M€

3,8M€

Biologie du Fruit et Pathologie

Bordeaux, INRAE

Activités au sein du projet

• Édition du génome chez le prunus par vecteurs viraux

Site web

Communication du PEPR SVA, 1,7M€

Les cibles Tous les acteurs du secteur

Objectifs

Informations

• Expliquer pourquoi il est important de mener des recherches sur le EG
• Mettre en évidence l'approche réflexive de la recherche soutenue par le PEPR
• Partager les recherches et les questions actuelles sur l'édition du génome

• Construire des échanges avec tous les acteurs du secteur
• Écouter les parties prenantes et les impliquer, échanger dans les deux sens

• Se positionner (PEPR) en tant qu'acteur/référent
• Informer les décisions relatives à la EG

Echanger

Eclairer

Outils

Evénements

Site web: https://www.pepr-selection-vegetale.fr/

A construire

Laboratoire de Reproduction des Plantes

Lyon, INRAE

Activités au sein du projet

• Édition du génome chez le blé

Site web

Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes

Avignon, INRAE

Activités au sein du projet

• Édition du génome chez la tomate
• Transformation génétique du Prunus

Site web

Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes

Avignon, INRAE

Site web

Le réseau science des plantes de Saclay

Saclay, INRAE

Activités au sein du projet

• Transformation du haricot

Site web

Mercier

Vix

Activités au sein du projet

• Édition du génome chez la vigne

Site web

Développer une technique pour une modification ciblée et prédertiminée pour n’importe quel site d’un génome et pour toutes espèces possibles.

L'édition par CRISPR Cas9 ne permet à ce jour que d'inactiver par mutation aléatoire un gène. (Schéma A)

Travailler sur l'edition primaire avec la nucléase Cas9 (Schéma B) Pas de cassures de l'ADN Agit à l'image d'une gomme et d'un crayon

Répartition du budget du PEPR SVA (30M €)

13M€

3M€

8,5M€

1,7M€

3,8M€

Laboratoire de Reproduction des Plantes

Lyon, INRAE

Site web

Détection des résultats

Afin de favoriser la diffusion des résultats de la recherche pour le développement de leviers opérationnels, seront assurés dans le cadre du PEPR

• Des rencontres annuelles des porteurs de projet, responsables des modules de l'infrastructure distribuée, des instituts carnot, de diverses structures d'acteurs socio-économiques pour une présentation des résultats de projets et identifier les actions à conduire pour satisfaire les besoins ;
• L'organisation de webinaires ;
• Des visites des laboratoires.

Evaluation du gain de temps et de diversité génétique par l’intégration de l’édition des génomes aux schémas de sélection.

- Evaluation du gain (temps, efficacité à court et long terme) en sélection liée à l’intégration de l’édition des génomes et de nouveaux caractères dans les schémas de sélection modernes. - Travail de simulations portant sur des espèces annuelles allogames (maÏs, tournesol), autogames (blé, pois) et pérennes (arbres forestiers et fruitiers). - Etude expérimentale et par simulation des avantages d’utiliser l’édition des génomes pour augmenter la recombinaison méiotiques (phase du cycle cellulaire) en vue d’augmenter les échanges d’allèle et de diversité lors des schémas de sélection.

Utilisation de l’édition génomique pour diminuer l’introgression d’allèles non désirés.

Améliorer la recombinaison méiotique pour augmenter la diversité intra-population et diminuer les effets indésirés

Dépassement des barrières reproductives par l’édition des génomes.

Induction de lignée inductrice d’haploïde pour fixer rapidement de nouveaux traits.

Analyse des stratégies des parties prenantes de l’édition des génomes, de propriété intellectuelle et de leur impact sur la liberté d’action des acteurs.

(Pré)-maturation des résultats

Accompagnement s'appuyant sur

• Les instruments institutionnels;
• Du partenariat privé majoritairement fédéré;
• Le Consortium Astragal, de la stratégie SADEA, les SATT... pourront financer certains projets de prématuration-maturation dont l'objectif contribuera à la mise en place de filières agricoles durables et respectueuses de l'environnement.
• Le développement de Start-up / Spin-off initié par un AAP à 3 vagues (2027, 2029, 2030) ;
• L'infrastructure dont les sites seront propices à l'incubation de spin-offs, à la formation et l'interaction entre les différents acteurs.

Accélérer les processus de sélection par l'intégration de l'EG dans les schémas de sélection actuels

Elargir la diversité génétique des cultures via le développement de l'EG

Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes méditerranénnes et tropicales

Montpellier, CIRAD

Activités au sein du projet

• Édition du génome chez le riz

Site web

Université Grenoble Alpes

Site web

Michel Hernould

• Professeur des universités, Université de Bordeaux
• Biotechnologies végétales, Agrosciences
• Physiologie végétale (CNU 66).

Animateurs

Annabelle Déjardin

• Directrice de recherche INRAE, Département ECODIV
• Responsable de l'équipe "Génomique fonctionnelle, populations et prédiction" de l'UMR BioForA
• Ingénierie du peuplier, formation du bois

Détails de l'axe 1 - Développement de l'édition du génome en vue d'une application à un large éventail d'espèces

Développer des outils d'édition du génome permettant une action ciblée sur l'ensemble du génome.

• Proposer des outils capables de cibler l'ADN à l'échelle du génome.
• Développer des outils qui entraînent une modification prédéterminée du génome.

Extension de l'application des outils aux espèces difficiles à transformer et aux génotypes d'élite

• Optimiser les protocoles de régénération existants et les étendre à toutes les espèces.
• Explorer d'autres voies de développement que la culture de tissus pour régénérer les plantes modifiées par le génome.

Le réseau science des plantes de Saclay

Saclay, INRAE

Site web

Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales

Toulouse, Université Toulouse III,

Activités au sein du projet

• Plateforme de clonage GoldenGate permettant le Clonage à haut débit et biologie synthétique
• Édition du génome chez Marchantia
• Transformation génétique de l'Eucalyptus

Site web