Initiation Libmol

Exercice d'introduction à l'utilisation de Libmol

wow

Préparation aux TP et ECE de Terminale Spé SVT

Go!

Qu'est-ce que Libmol ?

Libmol est une application en ligne qui permet de visualiser et de traiter des modèles 3D de molécules.

Bien commençons !

Gardez ce genially ouvert lorsque vous manipulerez Libmol, il sera plus facile d'y revenir.

Suivez les instructions surlignées et faites de même sur Libmol. Il vous sera possible de vérifier si vous avez réussi ou non en révélant le résultat à l'aide du bouton

La barre ci-dessous indique votre progression dans cet entrainement.

1. Lancer Libmol et charger un fichier de molécules

Taper "Libmol" dans n'importe quel moteur de recherche pour accéder à l'application

Il est possible de rechercher une molécule dans la base de données de Libmol ou bien d'en charger une localement. Commençons par rechercher et charger le modèle de l'Amylase salivaire humaine.

Maintenir le clic gauche et se déplacer avec la souris permet de faire tourner la molécule. Maintenir le clic droit et se déplacer avec la souris permet de déplacer la molécule à l'écran. La molette permet de zoomer. Passer la souris sur la molécule pour avoir des infos supplémentaires.

2. Changer la représentation de la molécule

Bon, pas facile de comprendre ce que l'on a à l'écran...il s'agirait de rendre tout ça plus clair !

L'onglet "Commandes" permet de : - sélectionner directement les éléments d'une certaine catégorie (protéique, glucides, ADN/ARN, etc...) - Changer leur mode de représentation (Boules et batonnets, sphère, rubans ou squelette) - Colorer les éléments par "Chaines", "Résidus" (Acides aminés pour les protéines ou nucléotides pour ADN/ARN) ou en fonction de leur nature

L'amylase est une enzyme (protéine) qui dégrade l'amidon (polymère de glucose). Choisir de représenter l'enzyme sous la forme de Rubans bleus et les glucides en sphères jaunes.

3a. Sélectionner une partie précise de la molécule

L'onglet "Séquence" liste tous les constituants de la molécule à l'écran (la séquence peptidique pour une protéine, la séquence nuclétodique pour l'ADN et l'ARN, les molécules d'eau et autres)

Un dysfonctionnement de cette enzyme peut être provoqué par une mutation des acides aminés du site actif.

Dans l'onglet "Séquence", survoler avec la souris les différents acides aminés, sélectionner les AA n°58,59,60,62,63, 165,300 et 305. Les représenter sous forme de boules et batônnets verts

Astuce : Commencer toujours par tous déselectionner en cliquant sur "Aucun" afin de ne pas sélectionner d'élements dont on ne souhaite pas modifier la représentation

3b. Afficher/cacher une partie précise de la molécule

On ne souhaite garder à l'écran que les AA sélectionnés précedemment ainsi que la molécule de glucide

2 manières de faire :- Sélectionner dans la séquence, en plus des acides aminés du site actif, les élements nommés AGL 502 et GLC 503, puis cliquer sur "Inverser" et "Masquer" - Tout sélectionner puis déselectionner les AA 58,59,60,62,63,165,300, 305 ainsi que AGL502 et GLC3 en cliquant dessus puis choisir de "Masquer"

4. Visualiser les interactions moléculaires

On ne souhaite maintenant visualiser les liaisons hydrogènes entre le substrat (glucide) et les AA du site actif

Dans l'onglet "Interactions" Chercher dans le menu déroulant l'élément GLC 503 et "créer une nouvelle représentation", les liaisons hydrogènes apparaissent !

Il eut été possible d'identifier les AA du site actif de cette manière avant de les mettre en boules et batônnets et de les colorer en vert. Pensez-y !

5. Mesurer une distance ou un angle

Dans l'onglet "Mesure", commencer par activer la mesure des distance. Mesurer ensuite la distance qui sépare le substrat de l'Histamine 305 en cliquant sur l'oxygène O2 du GLC 503 et l'atome d'azote ND1 de l'Histamine 305.