TAREA P1S3

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José E. Ayala, Rodrigo Escandon, Joana M. Ortiz, Juan A. Ramírez

ÍNDICE

Índice

Parte B

Parte A

Investiga qué sucederá con la secuencia de aminoácidos de la proteína APC cuando esté presente la mutación puntual SNP rs77056664.

Localización del SNP rs77056664 en el gen APC

El núcleotido que cambia cuando está presente la mutación SNP rs77056664.

Realice un esquema (dibujos) comparativo paciente CRC vs paciente sano:

• Como sería el transcrito de APC en el caso del paciente CRC
• Como sería el transcrito de APC en el caso del paciente sano
• Como sería la proteína APC en el caso del paciente CRC
• Como sería la proteína APC en el caso del paciente sano
• Como sería la proliferación celular en el caso del paciente CRC
• Como sería la proliferación celular en el caso del paciente sano

Escriba la secuencia (nucleótidos) de amplificación desde el primer hAPCFwd hasta la donde se encontraría la SNP rs77056664, en dos escenarios:

• Como sería en un paciente CRC
• Como sería en un paciente sano

Referencias

Conclusiones sobre el esquema comparativo.

Localización del SNP rs77056664 en el gen APC

Imagen 1. Se observa el gen APC humano. Se indica con color azul la posición del primer Fwd; con color rojo, el primer Rev; y con color verde el SNP de interés.

National Center For Biotechnology Information. APC regulator pf WNT signaling pathway [ Homo sapiens (human) ] [Internet]. National Institute of Health: EEUU; 2023. [citado el 2 de septiembre de 2023] Disponible en https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?Db=gene&Cmd=DetailsSearch&Term=324

El núcleotido que cambia cuando está presente la mutación SNP rs77056664.

Imagen 2. Se muestran los 2 cambios de nucleótidos cuando ocurre la mutación del SNP rs77056664, en el exón 15 del gen APC. Estas mutaciones están relacionadas con la aparición de cáncer colorrectal (CRC).

National Center For Biotechnology Information. dbSNP: Short Genetic Variations [Internet]. National Institute of Health: EEUU; 2023. [citado el 2 de septiembre de 2023] Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs74380081#clinical_significance

Escriba la secuencia (nucleótidos) de amplificación desde el primer hAPCFwd hasta la donde se encontraría la SNP rs77056664

Imagen 3 y 4. En la página NCBI, se dio click en "Tools" y luego en "Sequence View", y se buscaron los primers y SNP previamente marcados.

Paciente sano

Paciente CRC

AGTAGAAGTGGTCAGCCTCAAAAGGCTGCCACTTGCAAAGTTTCTTCTATTAACAAA ; óAGTAGAAGTGGTCAGCCTCAAAAGGCTGCCACTTGCAAAGTTTCTTCTATTAACTAA

AGTAGAAGTGGTCAGCCTCAAAAGGCTGCCACTTGCAAAGTTTCTTCTATTAACCAA

National Center For Biotechnology Information. APC regulator pf WNT signaling pathway [ Homo sapiens (human) ] [Internet]. National Institute of Health: EEUU; 2023. [citado el 2 de septiembre de 2023] Disponible en https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?Db=gene&Cmd=DetailsSearch&Term=324

Investiga qué sucederá con la secuencia de aminoácidos de la proteína APC cuando esté presente la mutación puntual SNP rs77056664.

Genoma de referencia codón CAA

• CAA ——> Glutamina

rs77056664 codón AAA

• AAA ——> Lisina

rs77056664 codón UAA

• UAA ——> Codón de paro

Imagen 5. Código genético, utilizado para identificar codones y las proteínas que codifican.

National Human Genoma Research Institute. CÓDIGO GENÉTICO [Internet]. National Institute of Health: EEUU; 2023. [citado el 2 de septiembre de 2023] Disponible en: https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Codigo-genetico

Realice un esquema (dibujos) comparativo paciente CRC vs paciente sano:

Imagen 6. Esquema comparativo entre el transcripto primario de la secuencia de interés, desde el hAPC Fwd hasta el SNP rs77056664, en un paciente con CRC y un paciente sano.

Sanabria M, et al. Vías de carcinogénesis colorrectal y sus implicaciones clínicas. Revista Colombiana de Cancerología [Internet] 2012 [consultado el 2 de septiembre de 2023] 16(3). Disponible en: https://www.revistacancercol.org/index.php/cancer/article/view/402Cruz-Bustillo D. Genética molecular del cáncer colorrectal. Revista Española de Enfermedades Digestivas [Internet] 2004 [consultado el 2 de septiembre de 203] 96(1). Disponible en: https://scielo.isciii.es/scielo.php?pid=S1130-01082004000100007&script=sci_arttext&tlng=es

Realice un esquema (dibujos) comparativo paciente CRC vs paciente sano:

Imagen 7. Esquema comparativo entre la proteína (secuencia de aminoácidos), desde el hAPC Fwd hasta el SNP rs77056664, en un paciente con CRC y un paciente sano.

Sanabria M, et al. Vías de carcinogénesis colorrectal y sus implicaciones clínicas. Revista Colombiana de Cancerología [Internet] 2012 [consultado el 2 de septiembre de 2023] 16(3). Disponible en: https://www.revistacancercol.org/index.php/cancer/article/view/402Cruz-Bustillo D. Genética molecular del cáncer colorrectal. Revista Española de Enfermedades Digestivas [Internet] 2004 [consultado el 2 de septiembre de 203] 96(1). Disponible en: https://scielo.isciii.es/scielo.php?pid=S1130-01082004000100007&script=sci_arttext&tlng=es

Realice un esquema (dibujos) comparativo paciente CRC vs paciente sano:

Imagen 8. Esquema comparativo entre la proliferación celular de un paciente con CRC y un paciente sano.

Sanabria M, et al. Vías de carcinogénesis colorrectal y sus implicaciones clínicas. Revista Colombiana de Cancerología [Internet] 2012 [consultado el 2 de septiembre de 2023] 16(3). Disponible en: https://www.revistacancercol.org/index.php/cancer/article/view/402Cruz-Bustillo D. Genética molecular del cáncer colorrectal. Revista Española de Enfermedades Digestivas [Internet] 2004 [consultado el 2 de septiembre de 203] 96(1). Disponible en: https://scielo.isciii.es/scielo.php?pid=S1130-01082004000100007&script=sci_arttext&tlng=es

Conclusiones sobre el esquema comparativo.

Partiendo de la mutación SNP rs77056664, va a ocurrir una serie de pasos que van a comenzar un proceso cancerígeno colorrectal. En el proceso del dogma central de la biología, habrán modificaciones en el proceso de transcripción y traducción. El gen APC, es aquel que sintetiza la proteína β-catenina, la cuál regula la vía Wnt y tiene papel en la adhesión celular epitelial. La vía WNT, regula la proliferación celular y expresión de células antiapoptóticas. Asimismo, la célula antiapoptótica, llamada survivina no podrá ser inactivada, y promovera la proliferación e inhibición de apoptosis. Al verse afectada esta vía y proteínas, habrá una proliferación celular descontrolada y desarrollo de cáncer.

Imagen 9. Características microscópicas de cáncer colorrectal

Sanabria M, et al. Vías de carcinogénesis colorrectal y sus implicaciones clínicas. Revista Colombiana de Cancerología [Internet] 2012 [consultado el 2 de septiembre de 2023] 16(3). Disponible en: https://www.revistacancercol.org/index.php/cancer/article/view/402Cruz-Bustillo D. Genética molecular del cáncer colorrectal. Revista Española de Enfermedades Digestivas [Internet] 2004 [consultado el 2 de septiembre de 203] 96(1). Disponible en: https://scielo.isciii.es/scielo.php?pid=S1130-01082004000100007&script=sci_arttext&tlng=es Wojciech P. Sistema Digestivo II: Tubo Digestivo. En: Wojciech P (ed.). Ross: Histología Texto y Atlas. 8 ed. Philadelphia: Wolters Kluwer; 2020. p. 608-665

Referencias

Cruz-Bustillo D. Genética molecular del cáncer colorrectal. Revista Española de Enfermedades Digestivas [Internet] 2004 [consultado el 2 de septiembre de 203] 96(1). Disponible en: https://scielo.isciii.es/scielo.php?pid=S1130-01082004000100007&script=sci_arttext&tlng=es National Center For Biotechnology Information. APC regulator pf WNT signaling pathway [ Homo sapiens (human) ] [Internet]. National Institute of Health: EEUU; 2023. [citado el 2 de septiembre de 2023] Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene?Db=gene&Cmd=DetailsSearch&Term=324 National Center For Biotechnology Information. dbSNP: Short Genetic Variations [Internet]. National Institute of Health: EEUU; 2023. [citado el 2 de septiembre de 2023] Disponible en: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/snp/rs74380081#clinical_significance National Human Genoma Research Institute. CÓDIGO GENÉTICO [Internet]. National Institute of Health: EEUU; 2023. [citado el 2 de septiembre de 2023] Disponible en: https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Codigo-genetico Sanabria M, et al. Vías de carcinogénesis colorrectal y sus implicaciones clínicas. Revista Colombiana de Cancerología [Internet] 2012 [consultado el 2 de septiembre de 2023] 16(3). Disponible en: https://www.revistacancercol.org/index.php/cancer/article/view/402 Wojciech P. Sistema Digestivo II: Tubo Digestivo. En: Wojciech P (ed.). Ross: Histología Texto y Atlas. 8 ed. Philadelphia: Wolters Kluwer; 2020. p. 608-665