Bioinformatica-Genómica.
Equipo 1.
Bioinformática-Genómica.
Implicaciones genómicas y proteómicas.
María Elena Aguilar Crisóstomo.Marilyn Marianna Castillo Avalos. Melisa Hernandez Gutierrez. José Maria Paz Otero. Ivan Alexander Villapaldo Capetillo.
Índice.
Parte A1.Implicaciones GENÓMICAS de una mutación tipo SNP en fenotipo maligno. Parte B2.Implicaciones PROTEÓMICAS de una mutación tipo SNP en fenotipo maligno. 3.Bibliografía.
Parte A: Implicaciones GENÓMICAS de una mutación tipo SNP en fenotipo maligno.
1. Sección
2. Sección
3. Sección
4. Sección
1. Localizacióndel SNP rs77056664 en el gen APC.
De color verde se encuentra el marcador indicando la posición de rs77056664, (SNP), dentro de la secuencia de APC.
En esta imagen puede verse el gen APC, dentro del exon 15 del cromosoma 5. Esta delimitado por marcadores Fwd y Rev.
2. El núcleotido que cambia cuando esta presente la mutación SNP rs77056664.
3. Escriba la secuencia (nucleótidos) de amplificación desde el primer hAPCFwd hasta la donde se encontraría la SNP rs77056664.
AGTAGAAGTGGTCAGCCTCAAAAGGCTGCCACTTGCAAAGTTTCTTCTATTAACCAA...Siendo alguien sano no deberia parar, pero en este caso, si se presenta el cambio C->T es aquí donde deberia terminar. Afecta al carboxilo de la proteína, lo que traduce se truncara y no hara su función. De lo contrario, si es un cambio de C->A lo que pasa es que se cambia de aminoácido en la traducción; seguira el rumbo normal, pero en vez de producir una Glutamina se intercambiara por una Lisina.
4. Escriba la secuencia de amplificación (los núcleotidos) desde el primer hAPCFwd hasta la donde se encontraría la SNP rs77056664 en dos escenarios:
Secuenciación alineada:CRC:AGTAGAAGTGGTCAGCCTCAAAAGGCTGCCACTTGCAAAGTTTCTTCTATTAACTAA ->Codón de paro = proteína trunca. ->Presencia de SNP rs77056664 CRC:AGTAGAAGTGGTCAGCCTCAAAAGGCTGCCACTTGCAAAGTTTCTTCTATTAACAAA... -> AAA = Lisina. -> Presencia de SNP rs77056664: la proteína seguira su curso normal, pero podría haber una variación en el desempeño de su función. Sano:AGTAGAAGTGGTCAGCCTCAAAAGGCTGCCACTTGCAAAGTTTCTTCTATTAACCAA... -> CAA = Glutamina. -> La proteína puede seguir su curso normal y funcionar como inhibidor.
Parte B:Implicaciones PROTEÓMICAS de una mutación tipo SNP en fenotipo maligno.
1. Sección
2. Sección
3. Sección
1. Qué sucederá con la secuencia de aminoácidos de la proteína APC cuando esté presente la mutación puntual SNP rs77056664
Una secuencia de paro, como la mutación puntual SNP rs77056664, detiene la síntesis de una proteína al actuar como una señal de "fin" durante la traducción del ARN mensajero (ARNm) a proteínas.
Sin embargo, cuando ocurre una mutación puntual como el SNP rs77056664 en un codón que normalmente no es una secuencia de paro, la situación cambia drásticamente. Esta mutación puede convertir un codón que codifica un aminoácido específico en un codón de paro. Como resultado, en lugar de agregar un aminoácido a la cadena en crecimiento, la maquinaria de traducción reconoce este codón mutado como una señal para detener la síntesis de proteínas. Esto da como resultado una proteína truncada o inactiva, ya que la síntesis se interrumpe prematuramente.
2. Comparativo Paciente CRC vs Paciente Sano
3. Conclusiones
El SNP rs77056664 (polimorfismo de un solo nucleotido) encontrado en el cromosoma 5, especificamente en su exón 15 cambia un nucleótido G por uno A, afectando el gen que codifica para la proteína APC. Por lo que se obtiene un condón de paro prematuro y como resultado da una proteína APC trunca, que no puede cumplir su función como regulador negativo que controla concentraciones de Beta-catenina. Lo que causa la entrada excesiva de B-catenina al nucleo activando factores de transcripción y así aumentando el crecimiento y proliferación de células colorrectales. Al perder al supresor principal de las B-cateninas , empiza la aparición de pólipos adenomatosos en el tracto digestivo, en especial en el cólon. Debido a esta mutación en la proteína APC inicia un descontrol en el ciclo celular que posteriormente lleva a cáncer.
Referencias.
1.- Zhu, L. (2021). APC Promoter Methylation in Gastrointestinal Cancer. Frontiers. https://www.frontiersin.org/journals/oncology/articles/10.3389/fonc.2021.653222/full.
2.- Christie, M. (2012). Different APC genotypes in proximal and distal sporadic colorectal cancers suggest distinct WNT/β-catenin signalling thresholds for tumourigenesis. Oncogene. https://www.nature.com/articles/onc2012486
3.- Aichsson, A. (Ed.). (2020). APC Mutations Are Not Confined to Hotspot Regions in Early-Onset Colorectal Cancer (Vol. 12, Número 12). MDPI.
4.-(S/f). Nature.com. Recuperado el 4 de septiembre de 2023, de https://www.nature.com/articles/onc2012486
5.-Bellolio R, F., Álvarez, K., V., Fuente L, M. D. la, León G, F., Fullerton M, D. A., Soto D, G., Carvallo de SQ, P., & López-Köstner, F. (2006). Cáncer colorrectal hereditario: análisis molecular de los genes APC y MLH1. Revista Medica de Chile, 134(7), 841–848. https://doi.org/10.4067/s0034-98872006000700006
gracias
Con la herramientas de la pagina podemos ver que el SNP de nuestra zona de interes puede ser el cambio entre la Citosina por una Timina o Adenina.
Cuadro comparativo de APC.
Lo que debemos comprender.
La presencia de mutaciones APC se selecciona para lograr genotipos 'funcionales', interdependientes dirigidos a dominios críticos para la regulación de β-catenina. Esto nos dice que las mutaciones somáticas de APC en el cáncer colorrectal se seleccionan para producir un nivel 'adecuado' de señalización WNT/β-catenina suficiente para el desarrollo tumoral. La modulación de los niveles de señalización WNT/β-catenina podría tener efectos antitumorales, lo que da la posibilidad de desarrollar inhibidores de esta vía. Podriamos relacionarlo a la parte A del trabajo de la siguiente manera: ->En caso que el cambio de Citosina a Timina va a provocar que el APC no sea funcional ya que el aminoácido va a ser muy chico y afecta al carboxilo final, lo que truncaria el producto final. ->En cambio si la Citosina cambia por una Adenina, genera un cambio de aminoácido que afectara la función general, que podría ser para bien o para mal; deberia investigarse a fondo para ver su impacto en la traducción de la proteina final. (Para ver su impacto en Wnt/b-catenina)
¿Cuál es la importancia de la región de agrupación de mutaciones (MCR) en el gen APC en el cáncer colorrectal?
El MCR en el gen APC es una región crítica implicada en la regulación de la señalización WNT/β-catenina y está frecuentemente mutado en el cáncer colorrectal. Comprender la importancia del MCR puede proporcionar información sobre los mecanismos moleculares que subyacen a la tumorigénesis, (generación de tumores), colorrectal y guiar el desarrollo de terapias dirigidas; esto seria un benefico que ahorraria malestares al paciente.
¿Qué características clínico-patológicas se asocian a la presencia de mutaciones APC en el cáncer colorrectal esporádico?
4. Diferenciación moderada: Los tumores con mutaciones APC tienen más probabilidades de presentar una histología bien o moderadamente diferenciada.5. Histología no mucinosa: Las mutaciones APC se asocian con histología no mucinosa de los tumores colorrectales. 6. Estado de estabilidad de microsatélites (MSS): Los tumores con mutaciones APC tienen más probabilidades de presentar un estado estable de microsatélites.
1. Edad más joven: Los pacientes con mutaciones APC tienden a ser más jóvenes en el momento del diagnóstico.2. Sexo masculino: Las mutaciones APC se encuentran más comúnmente en pacientes varones. 3. Localización del tumor en colon distal y/o recto: Las mutaciones APC se observan con mayor frecuencia en tumores localizados en el colon distal y el recto.
¿Cómo difieren los genotipos preferidos de APC entre los cánceres colorrectales proximales y distales?
Estas diferencias en los genotipos más comunes de APC indican distintos umbrales de señalización WNT/β-catenina para la proliferación de tumoraciones, (polipos), colorrectales proximales y distales. Dichas diferencias puede aportar información sobre los mecanismos moleculares de distintas regiones del colon y el recto, explicando la aparición de tumoraciones.
PRESENTACIÓN MEDICINA ADN
Maria Aguilar
Created on September 2, 2023
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Bioinformatica-Genómica.
Equipo 1.
Bioinformática-Genómica.
Implicaciones genómicas y proteómicas.
María Elena Aguilar Crisóstomo.Marilyn Marianna Castillo Avalos. Melisa Hernandez Gutierrez. José Maria Paz Otero. Ivan Alexander Villapaldo Capetillo.
Índice.
Parte A1.Implicaciones GENÓMICAS de una mutación tipo SNP en fenotipo maligno. Parte B2.Implicaciones PROTEÓMICAS de una mutación tipo SNP en fenotipo maligno. 3.Bibliografía.
Parte A: Implicaciones GENÓMICAS de una mutación tipo SNP en fenotipo maligno.
1. Sección
2. Sección
3. Sección
4. Sección
1. Localizacióndel SNP rs77056664 en el gen APC.
De color verde se encuentra el marcador indicando la posición de rs77056664, (SNP), dentro de la secuencia de APC.
En esta imagen puede verse el gen APC, dentro del exon 15 del cromosoma 5. Esta delimitado por marcadores Fwd y Rev.
2. El núcleotido que cambia cuando esta presente la mutación SNP rs77056664.
3. Escriba la secuencia (nucleótidos) de amplificación desde el primer hAPCFwd hasta la donde se encontraría la SNP rs77056664.
AGTAGAAGTGGTCAGCCTCAAAAGGCTGCCACTTGCAAAGTTTCTTCTATTAACCAA...Siendo alguien sano no deberia parar, pero en este caso, si se presenta el cambio C->T es aquí donde deberia terminar. Afecta al carboxilo de la proteína, lo que traduce se truncara y no hara su función. De lo contrario, si es un cambio de C->A lo que pasa es que se cambia de aminoácido en la traducción; seguira el rumbo normal, pero en vez de producir una Glutamina se intercambiara por una Lisina.
4. Escriba la secuencia de amplificación (los núcleotidos) desde el primer hAPCFwd hasta la donde se encontraría la SNP rs77056664 en dos escenarios:
Secuenciación alineada:CRC:AGTAGAAGTGGTCAGCCTCAAAAGGCTGCCACTTGCAAAGTTTCTTCTATTAACTAA ->Codón de paro = proteína trunca. ->Presencia de SNP rs77056664 CRC:AGTAGAAGTGGTCAGCCTCAAAAGGCTGCCACTTGCAAAGTTTCTTCTATTAACAAA... -> AAA = Lisina. -> Presencia de SNP rs77056664: la proteína seguira su curso normal, pero podría haber una variación en el desempeño de su función. Sano:AGTAGAAGTGGTCAGCCTCAAAAGGCTGCCACTTGCAAAGTTTCTTCTATTAACCAA... -> CAA = Glutamina. -> La proteína puede seguir su curso normal y funcionar como inhibidor.
Parte B:Implicaciones PROTEÓMICAS de una mutación tipo SNP en fenotipo maligno.
1. Sección
2. Sección
3. Sección
1. Qué sucederá con la secuencia de aminoácidos de la proteína APC cuando esté presente la mutación puntual SNP rs77056664
Una secuencia de paro, como la mutación puntual SNP rs77056664, detiene la síntesis de una proteína al actuar como una señal de "fin" durante la traducción del ARN mensajero (ARNm) a proteínas.
Sin embargo, cuando ocurre una mutación puntual como el SNP rs77056664 en un codón que normalmente no es una secuencia de paro, la situación cambia drásticamente. Esta mutación puede convertir un codón que codifica un aminoácido específico en un codón de paro. Como resultado, en lugar de agregar un aminoácido a la cadena en crecimiento, la maquinaria de traducción reconoce este codón mutado como una señal para detener la síntesis de proteínas. Esto da como resultado una proteína truncada o inactiva, ya que la síntesis se interrumpe prematuramente.
2. Comparativo Paciente CRC vs Paciente Sano
3. Conclusiones
El SNP rs77056664 (polimorfismo de un solo nucleotido) encontrado en el cromosoma 5, especificamente en su exón 15 cambia un nucleótido G por uno A, afectando el gen que codifica para la proteína APC. Por lo que se obtiene un condón de paro prematuro y como resultado da una proteína APC trunca, que no puede cumplir su función como regulador negativo que controla concentraciones de Beta-catenina. Lo que causa la entrada excesiva de B-catenina al nucleo activando factores de transcripción y así aumentando el crecimiento y proliferación de células colorrectales. Al perder al supresor principal de las B-cateninas , empiza la aparición de pólipos adenomatosos en el tracto digestivo, en especial en el cólon. Debido a esta mutación en la proteína APC inicia un descontrol en el ciclo celular que posteriormente lleva a cáncer.
Referencias.
1.- Zhu, L. (2021). APC Promoter Methylation in Gastrointestinal Cancer. Frontiers. https://www.frontiersin.org/journals/oncology/articles/10.3389/fonc.2021.653222/full.
2.- Christie, M. (2012). Different APC genotypes in proximal and distal sporadic colorectal cancers suggest distinct WNT/β-catenin signalling thresholds for tumourigenesis. Oncogene. https://www.nature.com/articles/onc2012486
3.- Aichsson, A. (Ed.). (2020). APC Mutations Are Not Confined to Hotspot Regions in Early-Onset Colorectal Cancer (Vol. 12, Número 12). MDPI.
4.-(S/f). Nature.com. Recuperado el 4 de septiembre de 2023, de https://www.nature.com/articles/onc2012486
5.-Bellolio R, F., Álvarez, K., V., Fuente L, M. D. la, León G, F., Fullerton M, D. A., Soto D, G., Carvallo de SQ, P., & López-Köstner, F. (2006). Cáncer colorrectal hereditario: análisis molecular de los genes APC y MLH1. Revista Medica de Chile, 134(7), 841–848. https://doi.org/10.4067/s0034-98872006000700006
gracias
Con la herramientas de la pagina podemos ver que el SNP de nuestra zona de interes puede ser el cambio entre la Citosina por una Timina o Adenina.
Cuadro comparativo de APC.
Lo que debemos comprender.
La presencia de mutaciones APC se selecciona para lograr genotipos 'funcionales', interdependientes dirigidos a dominios críticos para la regulación de β-catenina. Esto nos dice que las mutaciones somáticas de APC en el cáncer colorrectal se seleccionan para producir un nivel 'adecuado' de señalización WNT/β-catenina suficiente para el desarrollo tumoral. La modulación de los niveles de señalización WNT/β-catenina podría tener efectos antitumorales, lo que da la posibilidad de desarrollar inhibidores de esta vía. Podriamos relacionarlo a la parte A del trabajo de la siguiente manera: ->En caso que el cambio de Citosina a Timina va a provocar que el APC no sea funcional ya que el aminoácido va a ser muy chico y afecta al carboxilo final, lo que truncaria el producto final. ->En cambio si la Citosina cambia por una Adenina, genera un cambio de aminoácido que afectara la función general, que podría ser para bien o para mal; deberia investigarse a fondo para ver su impacto en la traducción de la proteina final. (Para ver su impacto en Wnt/b-catenina)
¿Cuál es la importancia de la región de agrupación de mutaciones (MCR) en el gen APC en el cáncer colorrectal?
El MCR en el gen APC es una región crítica implicada en la regulación de la señalización WNT/β-catenina y está frecuentemente mutado en el cáncer colorrectal. Comprender la importancia del MCR puede proporcionar información sobre los mecanismos moleculares que subyacen a la tumorigénesis, (generación de tumores), colorrectal y guiar el desarrollo de terapias dirigidas; esto seria un benefico que ahorraria malestares al paciente.
¿Qué características clínico-patológicas se asocian a la presencia de mutaciones APC en el cáncer colorrectal esporádico?
4. Diferenciación moderada: Los tumores con mutaciones APC tienen más probabilidades de presentar una histología bien o moderadamente diferenciada.5. Histología no mucinosa: Las mutaciones APC se asocian con histología no mucinosa de los tumores colorrectales. 6. Estado de estabilidad de microsatélites (MSS): Los tumores con mutaciones APC tienen más probabilidades de presentar un estado estable de microsatélites.
1. Edad más joven: Los pacientes con mutaciones APC tienden a ser más jóvenes en el momento del diagnóstico.2. Sexo masculino: Las mutaciones APC se encuentran más comúnmente en pacientes varones. 3. Localización del tumor en colon distal y/o recto: Las mutaciones APC se observan con mayor frecuencia en tumores localizados en el colon distal y el recto.
¿Cómo difieren los genotipos preferidos de APC entre los cánceres colorrectales proximales y distales?
Estas diferencias en los genotipos más comunes de APC indican distintos umbrales de señalización WNT/β-catenina para la proliferación de tumoraciones, (polipos), colorrectales proximales y distales. Dichas diferencias puede aportar información sobre los mecanismos moleculares de distintas regiones del colon y el recto, explicando la aparición de tumoraciones.