tarea 3

Bioinformática Genómica

Tarea 3 Melissa Davidson - 00471212 Ana Casanueva - 00473286 Sofía Mendoza - 00475722 Karen Pinedo - 00480415

Start

Localización SNP rs77056664

Nucleótido que cambia

Implicaciones Genómicas

Secuencia de Amplificación de hAPCFwd hasta SNP rs77056664

Alineamiento de Secuenciación

Transcrito del gen APC

Implicaciones Proteómicas

Proteína APC Paciente Sano

Proteína APC Paciente CRC

Proliferación Celular

Conclusiones

Referencias Bibliográficas

Localización del SNP rs77056664 en el Gen APC

Ubicación exacta del SNP rs77056664 dentro del gen APC en el exón 15

En un paciente con la mutación SNP rs77056664 se cambia el nucleótido original C (Citosina) por T (Timina)

Este SNP se encuentra en una región del gen conocida como MCR (Mutation Cluster Region).Esta región es la misma del APC que interviene con las funciones dependientes de B-catenina.

Secuencia de Amplificación

Los nucleótidos dentro de los corchetes verdes es el oligonucleótido Rev del gen APC

El nucleótido señalado en azul es el cual puede sufrir la mutación y es el SNP rs77056664

Los nucleótidos dentro de los corchetes rojos es el oligonucleótido Fwd del gen APC

Los codones no subrayados junto con los subrayados son el aminoácido que codifican

La secuencia codificante es la que se encuentra subrayada en color rosa

Secuencia de Amplificación desde hAPCFwd hasta SNP rs77056664G C T G C C A C T T G C A A A G T T T C T T C T A T T A A C

Alineamiento de Secuenciación

Secuencia desde hAPCFwd hasta SNP rs77056664

Paciente Sano

G C T G C C A C T T G C A A A G T T T C T T C T A T T A A C C A A G A A A C A A T A G C T G C C A C T T G C A A A G T T T C T T C T A T T A A C T A A G A A A C A A T A

Paciente CRC

Transcrito del Gen APC

Paciente Sano

G C T G C C A C T T G C A A A G T T T C T T C T A T T A A C C A A G A A A C A A T A C G A C G G U G A A C G U U U C A A A G A A G A U A A U U G G U U C U U U G U U A U

Gen

Transcrito del Gen

Paciente CRC

G C T G C C A C T T G C A A A G T T T C T T C T A T T A A C T A A G A A A C A A T A C G A C G G U G A A C G U U U C A A A G A A G A U A A U U G A U U C U U U G U U A U

Gen

Transcrito del Gen

Proteína APC

Paciente Sano

Proceso de traducción de la transcripción del gen APC para la proteína en un paciente sano. Se encuentra señalado el lugar donde se puede localizar el SNP rs77056664 (en este caso no se presenta).

Como resultado se obtiene la proteína "Adenomatous Polyposis Coli", reconocida por ser supresora de tumores. Estrechamente relacionada con la B-catenina en la señalización Wnt (Wingless).

Proteína APC

Paciente CRC

Proceso de traducción de la transcripción del gen APC para la proteína en un paciente que presenta la mutación SNP rs77056664. Con el nucleótido que cambia, de igual forma se ve modificado el codón. Esto genera un codón de paro y la proteína APC no termina de ser fabricada.

Como resultado se obtiene la proteína APC truncada. Esta proteína modificada se pondrá en contacto con B-catenina para la activación de oncogenes dentro del colón.

Proliferación Celular

Diagrama del funcionamiento de la proteína APC en un paciente sano y un paciente CRC.

Paciente Sano

Paciente CRC

Conclusiones

• En un paciente sano, la proteína APC (Adenomatous Polyposis Coli) interacciona con GSK-3B, junto con la axina y la B-catenina.
• B-catenina es fosforilada por la enzima GSK-3B, lo cual facilita su degradación proteolítica por medio de la ubiquitinación dentro del proteosoma.
• Debido a que el exceso de B-catenina es eliminado, este nunca viaja dentro del núcleo y no se ven activados los factores de transcripción TCF
• Convirtiendo a la proteína APC en supresora tumoral.
• En un paciente CRC, se da la mutación SNP rs77056664 lo cual al momento de traducir el ARNm en proteína, esta mutación en lugar de generar un aminoácido parte de la proteína; va a provocar un codón de paro que detendrá la formación de la proteína y creará lo que se conoce como proteína truncada.
• La proteína truncada APC generan una alteración en el complejo (GSK-3B, B-catenina y axina), por lo que la B-catenina no se ve eliminada y es acumulada en el citoplasma.
• Después viaja dentro del núcleo celular para interactuar con los factores de transcripción TCF los que activaran la expresión de oncogenes como ciclina D1 y c-Myc.
• Esto dará una proliferación exorbitante de células epiteliales del colón y se encargarán de su mutación para que pasen a ser células cancerígenas.

Referencias Bibliográficas

• Alineamiento de secuencias — Bioinformatics at COMAV 0.1 documentation. (s/f). Upv.es. Recuperado el 4 de septiembre de 2023, de https://bioinf.comav.upv.es/courses/intro_bioinf/alineamientos.html

• APC APC regulator of WNT signaling pathway [Homo sapiens (human)] - Gene - NCBI. (s/f). Nih.gov. Recuperado el 4 de septiembre de 2023, de https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/324
• Cabrera, C. M., & López-Nevot, M. A. (2005). APC e inestabilidad cromosómica en el cáncer de colon. Revista espanola de enfermedades digestivas: organo oficial de la Sociedad Espanola de Patologia Digestiva, 97(10), 738–743. https://scielo.isciii.es/scielo.php?pid=s1130-01082005001000006&script=sci_arttext&tlng=es
• Mantilla, C., Suárez Mellado, I., Duque Jaramillo, A., & Navas, M. C. (2015). Mecanismos de señalización por β-catenina y su papel en la carcinogénesis. Ces medicina, 29(1), 109–127. http://www.scielo.org.co/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0120-87052015000100010
• Via de la APC/B-Catenina. (s/f). Bases Moleculares del Cáncer. Recuperado el 4 de septiembre de 2023, de https://basessobreelcancer.weebly.com/via-de-la-apcb-catenina.html