seconde biodiversité des allèles coccinelles

Activité 1: Variabilité des individus au sein d'une espèce

Start

D'après le travail de Stéphane Varaire

Chez les coccinelles arlequin, plus de 200 motifs différents sur les élytres (ailes dures qui recouvrent le corps) ont été décrits. Il n'en existe qu'un chez les coccinelles à sept points.

Coccinelles arlequin

Coccinelle à sept points

On appelle diversité intraspécifique les différences (visibles ou non) qui existent entre les individus d'une même espèce.

Problématique : On cherche ici à expliquer la variabilité des individus au sein d’une espèce et à en déterminer l’origine.

LABO

Consigne : à partir des documents et des observations réalisées pendant la séance, vous répondrez aux questions sur votre fiche d'activité. Chaque réponse devra être justifiée par les expériences et/ou les observations réalisées dans le laboratoire virtuel.

La notion d'espèce

Dictonnaire de génétique

Séquencer l'ADN

Localiser et inactiver des gènes

Faire des croisements

Retour à l'intro

Avec des méthodes statistiques, il est possible de connaitre la région approximative d'un chromosome responsable d'un certain caractère (ici les motifs des élytres de la coccinelle).

Connaitre la région responsable du motif des élytres

Retour au labo

Avec des méthodes statistiques, il est possible de connaitre la région approximative d'un chromosome responsable d'un certain caractère (ici les motifs des élytres de la coccinelle).

Connaitre la région responsable du motif des élytres

Introduction here

Nous avons identifié une région bien précise du chromosome 4 de la coccinelle arlequin, dont les variations de séquences sont corrélées avec les variations de coloration. Cette région s’étend sur trois gènes : le gène aor, le gène pnr et le gène itr Pour pouvoir trancher entre ces trois gènes, il y a possibilité d’inactiver chaque gène et d’observer les effets sur les caractéristiques de la coccinelle. Lorsqu’on inactive un gène, il n’assure plus son rôle. Le caractère qu’il code est donc modifié.

Inactiver le gène aor

Notez vos résutats !

Inactiver le gène pnr

Inactiver le gène itr

Retour au labo

Expérience d'inactivation du gène aor

Red-nspots

Black-nspots

Black-4spots

Black-2spots

Gène aor actif(expérience témoin)

Gène aor inactif

Red-nspots

Black-nspots

Black-4spots

Black-2spots

Refaire une expérience d'inactivation

Retour au labo

Expérience d'inactivation du gène pnr

Black-nspots

Red-nspots

Black-4spots

Black-2spots

Gène pnr actif(expérience témoin)

Gène pnr inactif

Black-nspots

Red-nspots

Black-4spots

Black-2spots

Refaire une expérience d'inactivation

Refaire une expérience d'inactivation

Retour au labo

Expérience d'inactivation du gène itr

Red-nspots

Black-nspots

Black-4spots

Black-2spots

Gène itr actif(expérience témoin)

Gène itr inactif

Black-nspots

Red-nspots

Black-4spots

Black-2spots

Refaire une expérience d'inactivation

Retour au labo

Bienvenue dans votre séquenceur ADN utiliser le clavier de l'inage

Entrez le chiffre correspondant au chromosome concerné par le séquencage.

Retour au labo

Bienvenue dans votre séquenceur ADN

Maintenant, indiquez le nom du gène (trois lettres) que vous voulez séquencer

___

Recommencer le séquencage

Retour au labo

Bienvenue dans votre séquenceur ADN

Maintenant, indiquez le nom du gène (trois lettres) que vous voulez séquencer

x__

Recommencer le séquencage

Retour au labo

Bienvenue dans votre séquenceur ADN

Maintenant, indiquez le nom du gène (trois lettres) que vous voulez séquencer

xx_

Recommencer le séquencage

Retour au labo

Bienvenue dans votre séquenceur ADN

Maintenant, indiquez le nom du gène (trois lettres) que vous voulez séquencer

___

Recommencer le séquencage

Retour au labo

Bienvenue dans votre séquenceur ADN

Maintenant, indiquez le nom du gène (trois lettres) que vous voulez séquencer

x__

Recommencer le séquencage

Retour au labo

Bienvenue dans votre séquenceur ADN

Maintenant, indiquez le nom du gène (trois lettres) que vous voulez séquencer

xx_

Recommencer le séquencage

Retour au labo

La séquence d'ADN demandée a bien été séquencée.Il existe 4 versions (allèles) de ce gène pnr ("pannier"): hsp : allèle trouvé chez Black-4spots hA : allèle trouvé chez Black-nspots hC : allèle trouvé chez Black-2spots h : allèle trouvé chez Red-nspots Pour visualiser ces séquences, lancez le logiciel Geniegen2 .

PROTOCOLE GENIEGEN2

Recommencer le séquencage

Retour au labo

Bienvenue dans votre séquenceur ADN

ERREUR : ce n'est pas le bon gène

Recommencer le séquencage

Retour au labo

Bienvenue dans votre séquenceur ADN

ERREUR : ce n'est pas le bon chromosome

Recommencer le séquencage

Retour au labo

Sélectionnez les coccinelles que vous voulez croiser...

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

Notez vos résutats !

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Sélectionnez les coccinelles que vous voulez croiser...

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

Notez vos résutats !

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Retour au labo

Sélectionnez une deuxième coccinelle...

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

Pas de croisement possible

Sélectionnez une deuxième coccinelle...

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

Pas de croisement possible

Sélectionnez une deuxième coccinelle...

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

Pas de croisement possible

Sélectionnez une deuxième coccinelle...

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

Pas de croisement possible

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

Pas de croisement possible

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

Pas de croisement possible

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

Pas de croisement possible

Sélectionnez une deuxième coccinelle...

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

Pas de croisement possible

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

ArlequinBlack-nspots

ArlequinBlack-2spots

ArlequinBlack-4spots

ArlequinRed-nspots

Coccinella septempunctata

Autre croisement

Retour au labo

Le gène "pannier"

• Protocole de comparaison de séquences avec Géniegen2

a) Sur internet, ouvrir Geniegen2b) ouvrir la « banque de séquences » c) taper "coccinelle" puis cliquer sur le téléchargement "séquences du gène Pannier de la coccinelle Arlequin » d) puis "Charger ces séquences". Sélectionner les 5 séquences à comparer. e) comparer les séquences en choisissant "Actions" puis "Aligner les séquences" f) Faire défiler le curseur vers la droite pour voir les différences (de manière générale). g) Dans le menu "Affichage", choisir "Tableau de comparaison" pour afficher la matrice de ressemblances des séquences.

Notez vos résutats !

• Histoire évolutive des coccinelles

Retour au labo

Retour au labo