TAREA P3S1: LAB TRANSCRIPTÓMICA

Tarea 1 P3S1

RNA

Naomi Paniagua, Luis Fernando León, Sergio Marco Espinosa & Isabella Rico

Dra. Abril Saint Martin

Índice

Tipos de RNA dentro del RNA total

Tabla comparativa

Espectrofotometría

Absorbancia de RNA

RNA y el cociente 260/230

RNA y el cociente 260/280

Referencias

Tipos de RNA

El RNA total es el equivalente a todas las moléculase de RNA que se pueden encontrar dentro de una célula (Grigoryev, 2022). El RNA total incluye:

miRNA

RNAr

RNAt

RNAm

Son moléculas de RNA pequeñas no codificantes que regulan la expresión génica

Es el RNA que se puede encontrar en los ribosomas y tienen como fin formar ribosomas entre otros

Son los transportadores de aminoácidos durante la síntesis de proteínas.

Es el mensajero y molde genético para la síntesis de proteínas por medio de la traducción

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Cuadro comparativo

Localización

Codificante

Función

Estructura

RNA

Longitud

Depende del tamaño de la secuencia de DNA que es transcrita

RNAm

Del núcelo al citoplasma (ribosomas)

Codifica proteínas a partir de codones

Monocatenario

RNAt

Transporta los aminoácidos para sintetizar proteínas

75-90 nucleótidos

Hoja de trébol

Citoplasma

RNAr

Forma ribosomas y promueve la traducción

1800-5000 nucleótidos

Complejo con proteínas

Ribosomas

miRNA

21-23 nucleótidos

Regula la expresión génica

Monocatenario

Citoplasma

Espectrofotometría

¿Qué es la espectrofotometría?

La espectrofotometría es un método de análisis óptico para la investigación biológica. El instrumento utilizado para esta recibe el nombre de espectrofotómetro, el cual es un instrumento con la función de comparar la radiación transmitida por una solución que contiene una cantidad desconocida de soluto con la de una cantidad conocida de la misma sustancia. Cabe resaltar que todas las sustancias son capaces de absorber energía radiante, sin importar las características de estas.

(Sandoval Rodríguez & Martínez & de la Mora D, 2013)

+ Usos en RNA

Espectrofotometría y RNA

Una vez leyendo sobre el tema, sabemos que la base de la espectrofotometría es que cualquier solución que contiene moléculas en suspensión permite que un haz de luz la atraviese en proporción inversa al número de moléculas que contiene, en este caso los nucleótidos de RNA muestran una absorción máxima a 260 nm (UV); por lo tanto, los espectrofotómetros son el dispositivo más utilizado para determinar la concentración de ácidos nucleicos en solución. En la celda del espectrofotómetro, un haz de luz atraviesa la solución de ácido nucleico y, después de atravesar la muestra, un fotodetector mide la intensidad de la luz absorbida. Cuanta más luz absorbe la muestra (absorbancia), mayor es la concentración de ácidos nucleicos.

(Sandoval Rodríguez & Martínez & de la Mora D, 2013)

Absorbancia del RNA

¿Por qué el RNA absorbe a una longitud de onda de 260nm?

La máxima absorbancia de luz UV de los ácidos nucléicos ocurre a una longitud de onda de 260 nm. Pero como queremos determinar la cuantificación de RNA y no de DNA, se tiene que tomar en consideración que el RNA tiene un valor de OD o de concentración equivalente a 40 La concentraciónn de 40 es única para el RNA, por lo que nos ayudará a determinar que sóloestmos evaluando RNA- Por OD nos referimos a la densidad óptica (unidad de absorbancia en una determinada longitud de onda por unidad de distancia). A través de varios estudio se pudo determinar que el RNA absorbe a una longitud de onda de 260 nm gracias a su estructura de resonancia de las bases purinas y pirimidinas. Las bases purinas y pirimidinas tienen dobles enlaces conjugados que cuentan con un pico de absorción específico a 260 nm

(Sandoval Rodríguez & Martínez & de la Mora D, 2013)

Ultraviolet Spectrophotometry. (s. f.)

Pureza del RNA

¿Qué información nos da sobre la pureza del RNA el cociente 260/230?

La absorción de radiación UV a 230 nm indica que la muestra está contaminada con iones de fenolato o tiocianato, péptidos, compuestos aromáticos u otras sustancias. Para muestras de RNA puro, se espera que el índice 260/230 esté entre 2.0 y 2.2, las muestras con un índice más bajo indican la presencia de contaminantes que absorben a 230 nm

Okay! Entonces en resumen nos dice si hubo una contaminación con fenol y sales

260/280 and 260/230 Ratios. (2019)

Pureza del RNA

¿Qué información nos da sobre la pureza del RNA el cociente 260/280?

Dado que las proteínas absorben luz a una longitud de onda de 280 nm, se utiliza un índice de absorción de 260/280 nm para evaluar la pureza del RNA frente a la contaminación por proteínas. Para el ARN, la proporción óptima es 2.0. La presencia de proteínas reduce esta relación, por lo que, si la relación 260/280 está por debajo de 2.0, la cantidad de proteína en la muestra es alta y es posible un nuevo proceso de extracción.

Okay! Entonces en resumen nos dice si hubo una contaminación con proteínas

260/280 and 260/230 Ratios. (2019)

REFERENCIAS

¡MuchasGracias!

• Grigoryev, Y. (2022, 11 febrero). Total RNA Extraction: 3 Easy Methods for Getting High-Purity RNA. Bitesize Bio. https://bitesizebio.com/13529/total-rna-extraction-protocol/
• Cheriyedath, S. M. (2021, 25 mayo). Types of RNA: mRNA, rRNA and tRNA. News-Medical.net. https://www.news-medical.net/life-sciences/-Types-of-RNA-mRNA-rRNA-and-tRNA.aspx
• Enríquez M, & Partida J (2016). Ácidos nucleicos. Montes A, & Rodríguez A, & Borunda J(Eds.), Biología Molecular. Fundamentos y aplicaciones en las ciencias de la salud, 2e. McGraw Hill. https://accessmedicina.mhmedical.com/content.aspx?bookid=1803&sectionid=124154993
• Weil, P. A. (2018). Nucleic acid structure & function. V. W. Rodwell, D. A. Bender, K. M. Botham, P. J. Kennelly & P. A. Weil (Eds.), Harper’s illustrated biochemistry, 31e. New York, NY: McGraw-Hill Education. accessmedicine.mhmedical.com/content.aspx?aid=1160190679
• Sandoval Rodríguez A, & Martínez Rizo A, & de la Mora D (2013). Extracción de ácidos nucleicos. Salazar Montes A, & Sandoval Rodríguez A, & Armendáriz Borunda J(Eds.), Biología molecular. Fundamentos y aplicaciones en las ciencias de la salud. McGraw Hill. https://accessmedicina.mhmedical.com/content.aspx?bookid=1473&sectionid=102743658
• Ultraviolet Spectrophotometry. (s. f.). Science direct. https://www.sciencedirect.com/topics/biochemistry-genetics-and-molecular-biology/ultraviolet-spectrophotometry#:~:text=The%20principle%20of%20the%20UV,7.2).
• 260/280 and 260/230 Ratios. (2019). Thermo Scientific. https://dna.uga.edu/wp-content/uploads/sites/51/2019/02/Note-on-the-260_280-and-260_230-Ratios.pdf