P3S1

UNIVERSIDAD ANÁHUAC MÉXICO NORTE

TArea P3SI: Bioinformática-TRANSCRIPTOMIOCA Laboratorio Genómica y Proteómica

Dra. Abril Saint Martin Castellanos Equipo 5 Integrantes: Castañeda Nogueira Marypaz López Torres María Fernanda Carreto Reyna Magda Yanet Arias Durán Esteban

Índice

1. Tipos de RNA que conforman el RNA total que se extrae de tejidos o células

2. Cuadro comparativo entre los diversos RNAs

3. ¿Qué es la espectrofotometría? y ¿por qué se usa para determinar concentración de RNA?

4. ¿Por qué el RNA absorbe a una longitud de onda de 260nm?

5. ¿Qué información da sobre la pureza del RNA el cociente 260/230?

6. ¿Qué información da sobre la pureza del RNA el cociente 260/280?

1. Tipos de RNA que conforman el RNA total que se extrae de tejidos o células

El RNA total extraído de células o tejidos incluye diferentes tipos de RNA, cada uno con funciones y características únicas. Los tres tipos principales de RNA son: mRNA (mensajero), rRNA (ribosomal) y tRNA (de transferencia). El mRNA es el RNA que codifica la información genética en proteínas y es el resultado de la transcripción del ADN. El rRNA forma parte de los ribosomas, las organelas celulares responsables de la síntesis de proteínas. El tRNA transporta aminoácidos específicos a los ribosomas para ser incorporados en la proteína que se está sintetizando. Además de estos tres tipos principales de RNA, también existen otros tipos de RNA que cumplen funciones importantes en la regulación de la expresión génica y la modificación del RNA, como los snRNA (pequeños RNAs nucleares), los snoRNA (pequeños RNAs nucleolares), los miRNA (microRNAs). Cada uno de estos tipos de RNA tiene una longitud y estructura diferente, y cumple funciones específicas en la célula.

Figura 1. Esquema de los tipos de RNA que conforman el RNA total extraído de células o tejidos.

1. News-medical.net. [citado el 26 de marzo de 2023]. Disponible en: https://www.news-medical.net/life-sciences/RNA-Types-and-Their-Functions.aspx

2. Cuadro comparativo entre los diversos RNAs

2. Cuadro comparativo entre los diversos RNAs

Figura 2. Cuadro comparativo de los diversos tipos de RNAs.

1. (N.d.). Studocu.com. Retrieved March 27, 2023, from https://www.studocu.com/es-mx/document/universidad-salesiana/biologia-molecular/rnas-no-codificantes/12464427 2. Análisis del RNA: Estudio de la expresión génica. (n.d.). Revistanefrologia.com. Retrieved March 27, 2023, from https://www.revistanefrologia.com/es-pdf-X0211699594006120 3. ¿Conoces los tipos de ARN que existen? (2021, November 19). ADNTRO; ADNTRO Genetics. https://adntro.com/es/blog/curiosidades-geneticas/tipos-arn/ 4. ¿Qué es el ARN? Estructuras, tipos y funciones en la célula. (2022, August 1). Genotipia. https://genotipia.com/que-es-el-arn/ 5. ARN mensajero (ARNm). (n.d.). Genome.gov. Retrieved March 27, 2023, from https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/ARN-mensajero 6. (N.d.-b). Org.Mx. Retrieved March 27, 2023, from https://www.scielo.org.mx/pdf/gamo/v18n2/1665-9201-gamo-18-2-102.pdf

3. ¿Qué es la espectrofotometría? ¿Por qué se usa para determinar concentración de RNA?

Procedimiento que posibilita la medición de la cantidad de luz que absorbe una sustancia teniendo en cuenta una cierta longitud de onda.La espectroscopia UV-Visible estudia el fenómeno de adsorción de la radiación UV-Visible de moléculas orgánicas e inorgánicas. -La región visible, a la que es sensible el ojo humano, se localiza entre los 380 y 780 nm-La absorción de la radiación ultravioleta o visible por moléculas, ya sean orgánicas o inorgánicas, generalmente se produce por la excitación de los electrones de enlace, por lo tanto, la longitud de onda de los máximos de absorción se puede relacionar con los enlaces de las especies absorbentes. Por lo tanto, por estas razones, es que se puede medir la concentración de RNA.

+ info

Minerva Téllez O, O., Domínguez, D., González, C., & Vega, A. (2020). CONOCIMIENTO DE TÉCNICAS ANALÍTICAS PARTE I: FUNDAMENTOS DE ESPECTROFOTOMETRÍA. En Facultad de Química UNAM. Recuperado 21 de marzo de 2023, de https://amyd.quimica.unam.mx/pluginfile.php/5764/mod_resource/content/1/P7.%20CONOCIMIENTO%20DE%20T%C3%89CNICAS%20ANAL%C3%8DTICAS.pdf

4. ¿Por qué el RNA absorbe a una longitud de onda de 260nm?

En el caso del ARN la relación de absorbancias A260/280 con un valor entre 2.0-2.2 se considera indicativa de un ARN de pureza óptima. Valores A260/280 > 1.7 se corresponden a una muestra de ARN con una pureza aceptable. Un ratio A260/280 < 1.7 seria indicativo de contaminación por la presencia de compuestos aromáticos.

“Programa de control de calidad de ácidos nucleicos. Banco Nacional de ADN Carlos III (Universidad de Salamanca). www.bancoadn.org”

5. ¿Qué información da sobre la pureza del RNA el cociente 260/230?

Este cociente se utiliza para saber la contaminación de agentes orgánicos durante el proceso de preparación de nuestra muestra. Estos contaminantes pueden intervenir de manera negativa en la aplicación de nuestra muestra

¿Cuáles son los contaminantes?

¿Cuál es el cociente y el ratio?

¿Qué es puro y qué no?

Muestra sin contaminar, debe tener un ratio mayor a 1.8, pero lo ideal es que se encuentre cerca de 2.0. Muestra contaminada, presentará un ratio menor a 1.8

El phenol, Algunas sales, carbohidratos, etc. Nuestra muestra se puede contaminar en el proceso de extracción, purificación o precipitación.

260/230 → Longitud de onda1.8/2 →Absorción de la luz Uv

1. Biology Lectures. (2022). Nanodrop Ratios Explained | 260/280 ratio DNA | 260/280 ratio RNA | 260/230 Ratio | Qunatification | [YouTube Video]. In YouTube. https://www.youtube.com/watch?v=6i6PKyGIY3w ‌

2. the bumbling biochemist. (2023). Nucleic acid UV absorption & purity ratios (260/280 and 260/230) [YouTube Video]. In YouTube. https://www.youtube.com/watch?v=URFZgWd5m4k ‌

6. ¿Qué información da sobre la pureza del RNA el cociente 260/280?

El cociente 260/280 es una relación que se utiliza para evaluar la pureza del RNA extraído de una muestra. Se refiere a la relación entre la absorbancia del RNA a una longitud de onda de 260 nm y la absorbancia a una longitud de onda de 280 nm. La absorción a 260 nm se debe principalmente a los grupos aromáticos de las bases de ácido nucleico, mientras que la absorción a 280 nm se debe a los residuos de triptófano y tirosina en las proteínas.

¿Qué es puro?

¿Es eficiente?

Es importante tener en cuenta que el valor del cociente 260/280 puede verse afectado por muchos factores, como la fuente del RNA, el método de extracción y purificación, y las condiciones de almacenamiento. Por lo tanto, se recomienda utilizar el cociente 260/280 como una guía general y realizar controles de calidad adicionales para asegurarse de que la muestra de RNA sea adecuada para su uso en experimentos posteriores.

Cociente debe estar entre 1.8 y 2.1, esto indica que la muestra de RNA está relativamente libre de contaminantes. -Inferior a 1.8 significa contaminación con proteínas -Superior a 2.1 significa contaminación con otros compuestos

1. Thermofisher.com. [citado el 26 de marzo de 2023]. Disponible en: https://www.thermofisher.com/cl/en/home/references/ambion-tech-support/rna-isolation/tech-notes/understanding-rna-quality.html