Infografía Transcriptoma

TRANSCRIPTOMA

PONTIFICIA UNIVERSIDAD CATÓLICA DEL ECUADOR BIOINFORMÁTICA

¿Qué es un transcriptoma?

Un transcriptoma es una colección de todas las lecturas de genes presentes en una célula. La trasncriptómica se encarga de estudiar el ARN.

Desarrollo del análisis en serie de la expresión génica (SAGE). Uno de los primeros métodos trasncriptómicos

Uso del método Sanger para secuenciar transcritos individuales

1970

1990

1995

2008

1980

Publicación de 2 transcriptomas humanos, con transcritos que cubrían 16.000 genes

A finales de los 70 se recogieron bibliotecas de ARNm de la polilla de la seda

Primera vez que se emplea la palabra "transcriptoma"

Características

Importancia

Base de datos

Análisis

NCBIGen Bank

De secuencias y de estructuras mediante algoritmos

Papeles fundamentales del ARN en la célula

Métodos de obtención

Microarrays

• Reemplazó los enfoques de un solo gen.
• Permitieron el incremento de aplicaciones transcriptómicas.
• Herramienta de uso común en la investigación
• No abordan fácilmente varios aspectos clave.

RNA- seq

1. Extraer y purificar el ARN inicial2. Convertir el ARN a cADN y unir los adaptadores3. Secuenciar el cADN en una plataforma de secuenciación4. Analizar las lecturas obtenidas

Método Sanger

• Método muy costoso y complejo.
• SAGE proporciono avances usando Sanger.
• No genera una representación completa del transcriptoma

Segunda Generación

VS

Tercera generación

• Reads largos

• No se necesita procesos de enriquecimiento o amplificación de la librería por PCR.
• Preparación simple de las muestras
• Secuenciación de una sola molécula
• Cobertura baja
• Secuenciación selectiva
• Altos costos

• Produce reads cortos
• Necesita procesos de amplificación que introduce errores y cesgo
• Involucra varios pasos enzimáticos -
• Secuenciación de varias moléculas
• Errores sistemáticos

• Gran cantidad de cobertura
• Menor precio
• Baja tasa de error

Aplicaciones

• Perfiles de expresión génica
• Detectar y descubrir ARNnc, SNP's, isoformas, splicing alterantivo, etc.

• Cuantificar y mapear transcritos. Descubrir nuevos tipos de células.
• Identificción de rearreglos del genoma que resultan en eventos de transcripción aberrantes (perfiles mutacionales).

• Anotación del genoma para entender diferenciación ,destino celular y control epigenético de la expresión de genes.
• .Identificar cambios en la expresión génica bajo diferentes condiciones biológicas o de diferentes tejidos o tipos de células.

Referencias

Chang, I. Guairacaja, J. Moreira, I. Sandoval, L. Salinas, S.