Portfolio ROBERT-MACIOCIA Justine TP2B

Portfolio

BUT Biologie & Santé parcours Biologie médicale et biotechnologie

Robert-Maciocia Justine 1ère année

Esto es un párrafo listo para contener creatividad, experiencias e historias geniales.

Semestre 1

Semestre 3

Ma présentation

Semestre 2

Semestre 4

Compétences

1) Analyser

Niveau 1

2) Expérimenter

Niveau 1

Niveau 1

3) Mener

Niveau 1

4) Réaliser

Compétence 1 Analyser : niveau 1 – Réaliser des analyses élémentaires

Tableaux d'auto-évaluation :

1=non maîtrisé 2= partiellement maîtrisé3 = maîtrisé

1) Contexte du travail réalisé

Dans le cas de la Saé 1.1, cela m’a préparé dans le milieu professionnel à effectuer certaines tâches en laboratoires pour répertorier le maximum d’informations sur une bactérie précise ou encore effectuer des titrages de produits dans certains laboratoires. De plus cela m’a permis d’acquérir les techniques nécessaires afin d’étudier la survie d’une bactérie en fonction du milieu dans lequel elle évolue (trace n°1). Donc cela peut également préparer à étudier une nouvelle bactérie qui est détectée au niveau sanitaire pour anticiper des potentiels contaminations à partir des études menée sur la bactérie. Lors de cette SAE j’ai eu pour objectifs d’étudier la résistance de la bactérie Bacillus Cereus dans un milieu plus ou moins salé ainsi que d’établir un protocole en chimie pour doser la salinité d’un milieu gélosé ou non plus ou moins riche en NaCl. De ce fait les deux matières, microbiologie et chimie, étaient reliées afin de répondre à ces objectifs.Pour réaliser cette étude j’étais en binôme avec Baptiste RAFFIN, on a alors effectué des travaux de recherche pendant plusieurs semaines pour préparer au mieux nos TP notamment en établissant des protocoles adaptés en chimie et en microbiologie. Pour appliquer notre théorie on a utilisé le matériel adapté fournis par nos professeurs référant (AC). Puis à la fin de toutes nos réalisations, nos résultats d’études ont été transmis sous forme d’un compte rendu de TP pour la partie chimie et sous forme de cahier de laboratoire pour la partie microbiologie.

2) Démarche mise en place

2.2/ Elaboration du protocole : Pour la partie chimie j’ai choisis un format de protocole classique de TP de chimie (trace n°2) puisque lors des précédents TP de titrage toutes les indications étaient clairement expliquées ainsi que la démarche ce qui permet plus de facilité à réaliser le TP dans de bonnes conditions. Pour la partie microbiologie j’ai choisi une forme de protocole en schéma (trace n°3) pour faciliter la compréhension des manipulations à effectuer puisque cela nécessite beaucoup de précision. J’ai pris en considération les contraintes imposés en présentant nos résultats sous forme de compte rendu puis pour les dosages en chimie on avait une limite de dosage imposée avec certaines quantités de produits réduites. Puis j’ai pris en compte les BPL lors des TP de chimie en jetant dans des bidons prévus à cet effet les produits ne pouvant être jeter dans l’évier pour un respect de l’environnement (CE). On les a pris en compte en TP de microbiologie en veillant à toujours travailler en milieu stérile. Ces démarches sont essentielles pour préserver l’environnement et éviter toute pollution chimique ou bactériologique. On a rencontré des difficulté lors du TP de chimie pour doser une solution salé car l’utilisation de la fluorescéine (AC) n’était pas très connue et prévoir quelle quantité il fallait en mettre pour avoir une réaction était compliqué puisque peu importe la quantité il n’y avait pas de réaction flagrante donc nos résultats ne sont pas implacables.

2.1/ Recherches bibliographiques: Nous avons recherché un protocole pour trouver une manière d’effectuer un dosage de la salinité d’un milieu ainsi qu’un article à propos de la résistance au sel de Bacillus Cereus. On a alors fait de nombreuses recherches sur PubMed pour avoir des sources fiables et scientifiquement justes. Pour les sélectionner on a prêté attention au vocabulaire scientifique utilisé dans les articles ainsi qu’aux méthodes utilisées pour réaliser les expérimentations en fonction de nos connaissances acquises au début d’année suite aux cours concernant les matières utilisées pour cette Saé afin d’authentifier la qualité de nos recherches. Cette démarche a en effet été efficace puisqu’on a trouvé des articles pertinents et de qualité qui nous convenait et étaient en accords avec nos cours.

2) Démarche mise en place

2.3/ Rédaction et mise en page : Les schémas réalisés permettent de mieux visualiser les manipulations qui ont été faite et d’appuyer notre démarche. De plus on a choisi d’intégrer des annexes dans le cahier de laboratoire en microbiologie afin de présenter les valeurs mesurées lors des différents TP (trace n°4)et de visualiser ce que nous avons pu observer pendant les manipulations. Nos livrables pour la chimie et la microbiologie ont été confectionnés de la sorte avec couverture, introduction, développement et conclusion afin que le cheminement de nos démarches scientifiques pour répondre à notre problématique de départ soient compréhensibles par le lecteur. L’ensemble n’a pas tout à fait constitué un document professionnel de qualité puisque dans notre cahier de laboratoire en microbiologie il manquait une courbe à imprimer ainsi qu’un sommaire et dans le compte rendu de chimie plus de précisions sur les difficultés du dosage.

3) Bilan

L’objectif fixé est globalement atteint puisqu’on a trouvé que Bacillus Cereus semble fortement résistant aux milieux riche en sel et il est possible de doser la salinité d’un milieu dans lequel on étudie une croissance bactérienne via la fluorescéine. Cependant il faut approfondir les recherches sur l’utilisation de la fluorescéine pour avoir des résultats plus significatifs et réaliser davantage de calculs pour comparer deux temps de génération d’une croissance d’une certaine bactérie (CE). Cette SAE m’a permis de prendre de l’expérience et de l’assurance lors des pratiques en laboratoires ainsi qu’à me rendre compte qu’il y a toujours des imprévus donc qu’il faut savoir s’adapter à tout imprévu. Cette expérience va être prolongé au vu des prochains TP de microbiologie qui vont avoir lieu au S2.pour continuer à améliorer mes techniques de pratiques pour des manipulations de meilleur qualités.

Compétence 2 Expérimenter : niveau 1 – Observer la variation d’un phénomène biologique

1) Contexte du travail réalisé

La SAE 1.2 m'a formé professionnellement à effectuer les analyses nécessaires afin d’étudier le fonctionnement de certains tissus ainsi que leur structure. Ces connaissances acquises peuvent permettre d’étudier ou de révéler des pathologies chez certains individus donc peuvent être applicable dans le domaine médical comme dans le domaine de la recherche. Lors de cette SAE j'ai alors eu pour objectif d’étudier la place d’une cellule au sein d’un organe et d’un organisme en utilisant des méthodes adaptées. En se plaçant dans ce questionnement nous avons eu le choix d’étudier les cellules de différents organes imposés : le foie, la rate et le rein. Pour réaliser cette étude j’étais en binôme avec Flavie Thouvenin avec laquelle nous avons effectué des recherches pour établir un protocole afin de réaliser une coupe histologique lors de plusieurs séances de TP et au moyen de matériel qui pouvait être utilisé sans risque pour nous. A la fin de nos études et manipulations on a établit un dossier technique qui explique en détail le protocole à suivre pour notre manipulation avec des exemples d’autres moyens pour effectuer une coupe histologique puis on a fait une soutenance oral afin d'expliquer le rôle et les fonctions de l’organe que l’on a choisi.

2) Démarche mise en place

2.3/Rédaction et mise en page : J’ai intégré le schéma d’un lobule typique du foie (trace n°4) afin de comparer avec ce que nous avons pu observer au microscope optique lors du dernier TP puis j’ai mis en annexe des photos de ce que nous avons observé pour que le lecteur constate directement la comparaison du schéma à l’image réelle (trace n°5). On a alors pu reconnaitre diverses éléments caractéristiques des cellules du foie. Le livrable final a été réalisé sous forme de PowerPoint afin d’accompagner notre soutenance oral et il est organisé en présentant l’organe ciblé, la méthode pour réaliser la coupe histologique puis l’observation permettant de faire le lien entre l’organe et ses cellules. Cet ordre de présentation permet un cheminement clair vers la réponse à la problématique de base et m’a permis d’expliquer nettement au professeur mon travail. L’ensemble n’a pas exactement constitué un document professionnel de qualité puisque sur le diaporama il manquait une légende pour les photos sur lesquelles il fallait préciser le grossissement puis il faudrait pour la prochaine fois que je mette en dernière diapo les sources utilisées dans mes recherches.

2) Démarche mise en place

2.2/ Elaboration du protocole : J’ai alors élaboré un protocole en expliquant chaque étape par ordre successif en appliquant une mise en forme intro, développement et conclusion tout en expliquant clairement la démarche et le déroulement des manipulations. J’ai pris en compte les contraintes imposés comme le choix de l’organe en choisissant le foie pour réaliser une coupe histologique. On a pris en compte les BPL lors de nos TP concernant cette SAE en faisant des essais avec le microtome (trace n°1) ou encore lors de la coloration (trace n°2) en jetant dans des bidons prévus à cet effet les produits chimiques utilisés. De plus notre plan de travail était organisé pour éviter tout accident et pour fluidifier la manipulation puis j’ai identifié ma lame (trace n°3) pour ne pas la perdre parmi les autres. Ces démarches sont essentielles pour garantir des résultats de qualité et qui respectent l’environnement malgré l’utilisation de produits toxiques. J’ai eu des difficultés à réaliser la coupe de l’organe du foie au microtome car il s’agissait de prendre en main un appareil que je n’avais jamais utilisé et ses réglages sont extrêmement sensibles ce qui rendait délicat la prise en main.

2.1/ Recherches bibliographiques : Afin d’établir un protocole pour réaliser une coupe histologique j’ai fait plusieurs recherches sur diverses sites scientifiques pour comparer le différentes techniques et recueillir le plus d’information sur l’organe que j’ai choisis. J’ai prêté attention au vocabulaire employé et aux sources des sites pour m’assurer qu’ils sont fiables ainsi que en m’aidant des connaissances acquises en cours. Cette démarche a été plutôt efficace puisque les recherches trouvées ont été utiles afin d’établir un protocole clair.

3)Bilan

L’objectif de cet SAE a bien été atteint puisque j’ai pu observer la place d’une cellule au sein de l’organe du foie, j’ai compris que ce sont des cellules spécialisées propres aux fonctions du foie. De plus j’ai utilisé un matériel spécifique à ce genre de manipulation comme le microtome donc l’objectif de départ est totalement atteint. Les ajustements à réaliser serait lors de mes recherches, à mieux m’informer pour l’utilisation d’appareils spécifiques à une manipulation particulière afin d’être plus précise et plus efficace. Cette expérience m’a alors appris à établir un protocole entier pour étudier des cellules spécifiques dans le corps humain et donc établir un diagnostic en fonction de ce qui a été observé au microscope optique. Cela peut s’avérer utile dans les laboratoires de recherches si je dois étudier des cellules spécifiques à un organe je connais le mode opératoire pour réaliser cela.

Ma présentation

Bonjour, je suis Justine Robert-Maciocia titulaire d'un baccalauréat générale spé Mathématiques et SVT. Je suis en première année de BUT Biologie Médicale et Biotechnologies à l'IUT Nancy-Brabois. Je réalise cette formation dans le but d'exercer le métier de technicien de laboratoire ou technicien de laboratoire dans la police technique scientifique.

Compétence 3 Mener : niveau 1 – Mener des études dans un contexte de fonctionnement cellulaire et physiologique normal

Tableaux d'auto-évaluation :

1) Contexte du travail réalisé

La SAE 2.3 a pour objectif de nous former en tant que technicien de laboratoire de recherches en laboratoire médical ou de contrôle afin de mettre en place une culture de cellules eucaryotes pour proposer un modèle d’études à la mise en place de procédures expérimentales ultérieures. L’objectif de cette SAE est alors de mettre en place des cultures de cellules eucaryotes in vitro afin de mener des études à l’échelle de la cellule en biologie de la santé.Pour réaliser cette étude j’ai travaillé en binôme pour les recherches bibliographiques, en trinôme en TP de culture cellulaire Vero puis seul en TP caryotypes. On a alors pu se documenter sur les réactifs utilisés lors des deux différents TP afin de se préparer au mieux aux manipulations. A la fin de nos manipulations nous avons rendu un livrable sous forme de compte rendu illustré par des schémas puis nous avons eu un mini partiel à la fin du TP caryotype pour faire un point sur nos connaissances acquises.

2) Démarche mise en place

2.2/Elaboration du protocole : J’ai alors élaboré un protocole de trypsination des cellules Vero en flasque T25 pour identifier les points délicats des manipulations avec les résultats attendus (trace n°2). J’ai pris en compte les contraintes imposées par nos professeurs comme l’utilisation de cellules Vero pour le TP culture cellulaire ainsi que les volumes de réactifs imposés pour les trypsiner puis pour le TP caryotype l’échantillon de sang de l’EFS était fournis par les enseignants également. J’ai respecté les BPL en travaillant sous PSM puis dans un laboratoire de type 2 avec les équipements adaptés afin de travailler dans un environnement stérile. De plus un certain rythme est imposé en labo de type 2 puisqu’il faut prévoir 15min pour mettre en route les PSM et les éteindre afin qu’il y est toujours un plan de travail stérile. Puis pour le TP caryotype j’ai fait attention à bien travailler à l’aide de gant comme nous avons manipulé du sang humain pour éviter toute contaminations. J’ai eu du mal au début à manipuler sous PSM puisque il faut prendre l’habitude des bons gestes mais grâce aux TP répétition cela s’est arrangé puis j’ai rencontré des difficultés à trouver les chromosomes sur ma lame lors du TP caryotype (trace n°3).

2.1/Recherches bibliographiques : Afin de se renseigner au maximum sur la provenance de nos cellules et les caractéristiques de leurs milieux j’ai effectué des recherches sur les sites où ces dernières sont vendus comme le site de l’ATCC (trace n°1) et de l’EACC. De plus une fiche technique avec les informations de mise en culture est mise en ligne donc je m’en suis servis afin de comprendre l’intérêt de nos manipulations et d’assurer une certaine vigilance.

2) Démarche mise en place

2.3/Rédaction et mise en page : J’ai alors réalisé une fiche de trypsination de cellules Vero en flasque T25 (trace n°4) en comprenant une grille d’auto-critique afin de faire des remarques constructives via mes manipulations puis j’ai intégré des schémas explicatifs des geste à faire via BioRender et en ajoutant les points délicats et les résultats attendus. Cet ordre permet de faire le lien entre mon expérience personnel et ce qui est attendu pour un résultat optimal. Ceci a alors constitué le livrable de fin en format Word concernant la partie culture cellulaire et constitue globalement un document professionnel de qualité puisque chaque étape de trypsination est détaillé. Pour la partie caryotype j’ai fait un petit partiel qui retrace les différentes étapes du TP afin de vérifier que j’ai compris la manipulation.

3) Bilan

L’objectif de cet SAE a été atteint puisque j’ai appris à manipuler dans un laboratoire de type 2 avec l’équipement de protection adapté ainsi qu’à apprendre les gestes spécifiques à la mise en culture de cellules. Par exemple l’utilisation d’un Pipet-Boy est maintenant acquise puis j’ai appris à organiser mon plan de travail sous le PSM pour éviter de contaminer mes cellules et potentiellement les tuer. Alors j’ai appris le nécessaire afin de cultiver des cellules en laboratoire de recherches ou médical. L’observation des cellules au MICP (trace n°5) que j’ai cultivé m’a appris également à reconnaître si elles sont assez décollées pour être cultivées et si elles sont en bonne santé. Tout cela peut alors se révéler utile lors d’emplois dans les laboratoires de recherches où a lieu des cultures de cellules afin d’étudier des pathologies.

Compétence 4 Réaliser : niveau 1 – Mettre en œuvre les examens les plus courants en laboratoire de biologie médical

Tableaux d'auto-évaluation :

1) Contexte du travail réalisé

La SAE 2.5 permet de nous former en tant que technicien de laboratoire ayant pour but d’effectuer des analyses biologiques pour établir un diagnostic sur un patient. L’acquisition de ces connaissances peut permettre d’expliquer une pathologie chez certains individus touchés par des symptômes caractérisant une infection urinaire. Ainsi les compétences acquises sont applicables dans le cadre de laboratoires médicaux. L’objectif de cette SAE est alors de se placer en tant que technicien de laboratoire médical afin de mettre en œuvre l’ensemble des examens nécessaires à réalisation du diagnostic d'une infection urinaire à l’aide d’un ECBU ( Examen Cytobactériologique des Urines). Pour la réalisation de ces études j’étais seule et pour cela j’ai préparé des recherches sur les différents milieux de cultures existant pour identifier une bactérie lors d’une infection urinaire avec le matériel mis à notre disposition et en travaillant sous PSM pour garantir une stérilité constante des manipulations. A la fin de chaque TP j’ai écrit ce que j’ai effectué comme manipulations ainsi que leur but dans la procédure d’analyse. Puis au cours de la dernière séance de TP j’ai complété mes écrits avec les résultats du jour puis j’ai rendu un compte rendu final regroupant toutes les séances.

2) Démarche mise en place :

2.2/ Elaboration du protocole : L’enseignante nous a expliqué les tests à effectuer pour la deuxième séance mais j’ai dû choisir l’ordre dans lequel je réalisais les tests pour que l’enchaînement de test soit logique et efficace. J’ai alors décidé de faire la coloration de Gram en premier puis le test oxydase, l’antibiogramme (trace n°2), la galerie API 20E (trace n°3) et enfin l’ensemencement des milieux MEVAG et VF. J’ai alors pris en compte les contraintes imposées comme le numéro d’échantillon qui m’a été attribué. De plus j’ai pris en compte les BPL puisque j’ai manipulé sous PSM en veillant à ne rien contaminer et en allumant les hotte PSM 15min avant manipulation pour recycler l’air puis en faisant de même à la fin du TP. De plus j’ai jeté mes milieux après lectures et analyses dans les bacs Sharp Safe adaptés à cet effet. Ces démarches sont essentielles pour éviter une contamination de la souche bactérienne que j’étudie ou une contamination des individus qui m’entourent ou encore moi-même puisqu’on a travaillé avec des souches pathogènes.

2.1/ Recherches bibliographiques : Afin de préparer au mieux mes interprétations de résultats culturaux j’ai fais de nombreuses recherches sur l’interprétation des différents milieux de culture avec leur propriétés sélectives comme avec la gélose au sang ou encore la gélose UriSelect 4 (trace n°1). J’ai prêté attention aux mécanismes d’action des milieux pour comprendre comment m’orienter vers une certaine famille de bactérie et établir un diagnostic de qualité.

2) Démarche mise en place

2.3/ Rédaction et mise en page : J’ai alors élaboré un compte rendu complet présentant le cheminement qui m’a mené à la détection d’une espèce particulière de bactérie, présente dans l’échantillon d’urine, qui était ici Proteus Vulgaris (trace n°4). Ceci a pu être confirmé grâce à la lecture de la galerie API 20E par un logiciel (trace n°5) permettant de juger la qualité de notre galerie et nous dire la bactérie détectée. Le livrable était ici sous format papier à rendre en main propre à l’enseignante et est organisé dans l’ordre où ont été lus les résultats des milieux culturaux permettant de comprendre la conclusion finale et définitive de la bactérie trouvée. Le compte rendu contient également l’explication des caractéristiques des milieux pour montrer que j’ai compris la réaction qui a lieu afin de sélectionner un type de bactérie.

3) Bilan

L’objectif de cette SAE a en effet été atteint puisque j’ai réussi à trouver une infection urinaire chez un patient ainsi que la bactérie responsable de cette infection. Par ce fait je saurais préconiser une famille d’antibiotiques capables d’éliminer la bactérie présente dans l’organisme de l’individu atteint. De plus j’ai utilisé du matériel propre à ces analyses comme des antibiotiques pour l’antibiogramme ou encore les milieux spécifiques aux analyses d’infections urinaires donc l’objectif est totalement atteint. Cette expérience m’a alors appris à gagner en rapidité pendant que je manipule et en autonomie puisque il s’agit d’une organisation faite par soi-même. Cela est très professionnalisant et s’avère utile dans les laboratoires d’analyses médicales pour résoudre des problèmes de santé liés à une infection par une ou plusieurs bactéries.