MBC-7-M7-R2

Genómica​

Análisis de sintenia y filoma

EMPEZAR

Análisis de sintenia entre los cromosomas de humano y ratón​

Sintenia​

Exisen dos definiciones utilizadas para sintenia en la actualidad:​ ​ En genética clásica describe la co-localización física de loci en el mismo cromosoma.​ En biología se refiere a la conservación de bloques en orden entre dos sets de cromosomas que están siendo comparados.

Sinha et al., 2007​

Conservación de sintenia por bloques​

Microsintenia entre cromosomas de melon y pepino. Las líneas de colores muestran la sintenia entre bloquesconservados de melon y pepino.

González et al., 2010​

Análisis de microsintenia​

La microsintenia es una o más regiones derivadas de un mismo ancestro común. Además, la microsintenia puede proveir de diferentes organismos o del mismo genoma (Duplicación).

Microsintenia de dos regiones del genoma de Arabidopsis thaliana

Un bloque microsinténico se refiere a dos regiones que se conservan, generalmente genes. ​

https://genomevolution.org/wiki/index.php/Synteny

GEvo: herramienta para buscar regiones genómicas de interés con microsintenia ​

Sintenia entre genomas: Tipos de gráficos​

Estos son los diferentes tipos de gráficos como se pueden visualizar los patrones de sintenia entre dos genomas:​ ​ Gráfico dual de sintenia​ Gráfico tipo circos​ Dot plot (gráfico de puntos)​ Gráfico de barras (cromosomas)

Wang et al., 2012​

Secuenciación de lecturas largas y la posibilidad de análisis de sintenia entre genomas: SyRI​

Goel et al., 2019​

Phylome: Rastreo de historia evolutivo de familias génicas

Phylome del gen TP63 de la proteína tumoral p63 en humano​

http://phylomedb.org/search_phylome​

Referencias​

Wang, Y., Tang, H., Debarry, J. D., Tan, X., Li, J., Wang, X., Lee, T. H., Jin, H., Marler, B., Guo, H., Kissinger, J. C., & Paterson, A. H. (2012). MCScanX: a toolkit for detection and evolutionary analysis of gene synteny and collinearity. Nucleic acids research, 40(7), e49. https://doi.org/10.1093/nar/gkr1293​ Goel, M., Sun, H., Jiao, W. B., & Schneeberger, K. (2019). SyRI: finding genomic rearrangements and local sequence differences from whole-genome assemblies. Genome biology, 20(1), 277. https://doi.org/10.1186/s13059-019-1911-0

Sinha, A. U., & Meller, J. (2007). Cinteny: flexible analysis and visualization of synteny and genome rearrangements in multiple organisms. BMC bioinformatics, 8, 82. https://doi.org/10.1186/1471-2105-8-82​ González, V. M., Benjak, A., Hénaff, E. M., Mir, G., Casacuberta, J. M., Garcia-Mas, J., & Puigdomènech, P. (2010). Sequencing of 6.7 Mb of the melon genome using a BAC pooling strategy. BMC plant biology, 10, 246. https://doi.org/10.1186/1471-2229-10-246