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Outil d'auto-formation

FROMIC

S'informer sur les écosystèmes microbiens et les méthodes omiques

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Interpréter des résultats

Appliquer les méthodes omiques à des cas concrets

AIDE

Les écosystèmes microbiens

Les méthodes omiques

PLAN

S'informer sur les écosystèmes microbiens

AIDE

Comparaisons entre les méthodes omiques et les méthodes pasteuriennes ?

Quelles informations apportent les méthodes pasteuriennes ?

Quelles informations apportent les méthodes omiques ?

Les méthodes omiques

Les méthodes pasteuriennes

Les microorganismes

La vie d'une cellule

Quelles informations apportent-elles ?

Quelles approches ?Quels principes ?

Les méthodes omiques

Méthodes omiques

Les microorganismes

Schéma intéractif récapitulatif

La vie d'une cellule

méthodes pasteuriennes

Méthodes omiques

Les microorganismes

ARN

ADN

Cellules Procaryotes et Eucaryotes

méthodes pasteuriennes

Synthèse de protéines

Ribosomes

Définition d'une cellule

La vie d'une cellule

méthodes pasteuriennes

La vie d'une cellule

Méthodes omiques

Les microorganismes

Méthodes omiques

La vie d'une cellulle

Les microorganismes

Les méthodes pasteuriennes

Les microorganismes

Les méthodes omiques

Méthodes pasteuriennes

La vie d'une cellule

Métabolomique

Protéomique

Transcriptomique

Génomique

Génétique

Je veux identifier un microorganisme spécifique ou isolé

Quels composés ont été produits ?

Quelles protéines ont été produites ?

Comparaison entre les méthodes

Que pourrait-il faire ?

Qui est-il ?

informations méthodes pasteuriennes

Je souhaite suivre la production ou la dégradation de produits d'intérêt (acides, arômes...)

Où est-il ?

Je souhaite connaître les protéines produites par ce microorganisme

Je souhaite savoir si un microorganisme est actif et les fonctions qu'il a mis en oeuvre

Que fait-il ?

Je souhaite déterminer les fonctions potentielles d'un microorganisme

Je souhaite détecter la présence d'un microorganisme dans différents échantillons

Je souhaite identifier un microorganisme que j'ai isolé

Que pourraient-ils faire ?

Qui sont-ils ?

Quels composés / métabolites produisent-ils ?

Que font-ils ?

Quelles protéines produitent-ils ?

Comparaison entre les méthodes

informations méthodes pasteuriennes

Je souhaite suivre la production ou la dégradation de produits d’intérêt (acides, arômes…)

Je souhaite connaître les protéines produites par les microorganismes

Je souhaite connaître les microorganismes actifs et les fonctions mises en oeuvre

Je souhaite déterminer les fonctions potentielles des microorganismes présents (vivants ou morts)

Je souhaite identifier les microorganismes présents

Métatranscriptomique

Métabolomique

Métaprotéomique

Métagénomique

Métagénétique

Je veux identifier les microorganismes d'un échantillon

Comparaison entre les méthodes

informations méthodes omiques

Quelles informations apportent les méthodes pasteuriennes ?

informations méthodes omiques

informations méthodes pasteuriennes

Inconvénients

Avantages

Complémentarité entre méthodes omiques et méthodes pasteuriennes

Avantages et inconvénients des méthodes omiques sur les méthodes pasteuriennes

Méthodes omiques

1. Je veux reprendre les basesde la microbiologie laitière

Les méthodes omiques

3. Je veux comprendre quelle méthode utiliser pour répondre à ma question

2. Je veux comprendre les méthodes qui permettent d'étudier les communautés

3.2 Choisir la méthode la plus adaptée

3.1 Quelles informations apportent les méthodes pasteuriennes et le métabarcoding ?

2.2 Les méthodes omiques

2.1 Les méthodes pasteuriennes

1.2 Les microorganismes

1.1 La vie d'une cellule

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Les méthodes omiques

1. Je veux reprendre les bases de la microbiologie laitière / 1.1 La vie d'une cellule

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1. Je veux reprendre les bases de la microbiologie laitière / 1.2 Les microorganismes

Les méthodes omiques

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2. Etudier les communautés microbiennes / 2.1 Les méthodes pasteuriennes

Les méthodes omiques

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2. Etudier les communautés microbiennes / 2.2 Les méthodes omiques

Les méthodes omiques

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3. Quelle méthode utiliser ? / 3.1 Quelles informations apportent les méthodes pasteuriennes, omiques ?

Les méthodes omiques

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3. Quelle méthode utiliser ? / 3.2 Choisir la méthode la plus adaptée à ma question

Les méthodes omiques

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2. Etudier les communautés microbiennes / 2.2 Les méthodes omiques

Les méthodes omiques

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2. Etudier les communautés microbiennes / 2.2 Les méthodes omiques

Les méthodes omiques

De l'exploitation à la fabrication du fromage

Les enjeux d'un écosystème microbien

Qu'est ce qu'un écosystème microbien ?

Les écosystèmes microbiens

les Enjeux d'un écosystème microbien

de l'exploitation à la fabrication du fromage

Schéma intéractif récapitulatif

qU'EST CE QU'UN écosystème microbien ?

Fabrication du fromage et évolution des microorganismes au cours des différentes étapes

Du stockage du lait à la transformation en fromage

Comment se construit l'écosystème du lait jusqu'au fromage affiné ?

En savoir plus sur Les écosystèmes microbiens

Quels sont les microorganismes présents dans le lait ?

D'où proviennent ces microorganismes ?

Composants du lait

Définition Ecosystème

les Enjeux d'un écosystème microbien

• Salage
• Affinage

• Moulage
• Egouttage

• Coagulation
• Decaillage
• Chauffage

Ensemencement en ferments

de l'exploitation à la fabrication du fromage

Qu'est-ce qu'un écosystème microbien ?

de l'exploitation à la fabrication du fromage

Auraient des bénéfices santé

Entretien et conservation de la biodiversité microbienne

Contribuent à la diversité sensorielle

Participent à la protection vis à vis des pathogènes

Rôles et intérêts

des écosystèmes microbiens

Rôle et intérêts

Les microflores à l'échelle de l'exploitation

Qu'est-ce qu'un écosystème microbien ?

Les enjeux d'un ecosystème microbien

Pratiques et réservoirs en fabrication

Quels rôles ont les écosystèmes microbiens sur la fabrication des produits lait et fromage ?

DE L'EXPLOITATION À LA FABRICATION DU FROMAGE

PLAN

À toutes les étapes de votre projet, on vous accompagne !

Je consulte le guide méthodologique

Je réalise des analyses en laboratoire

Je réalise des analyses statistiques

Je fais partie d'une filière fromagère

Appliquer les méthodes omiques à des cas concrets

AIDE

Je construis et je mets en place un essai de A à Z

Je construis et mets en place un essai de a À Z

Je gère mes données

Je prépare ma sortie terrain

Je définis le cadre de l'essai

JE prépare ma sortie terrain

je gère mes données

je gère mes données

je définis le cadre de l'essai

je définis le cadre de l'essai

Je prépare ma sortie terrain

Interpréter des résultats

Je veux comprendre un graphique

Je veux savoir quelle représentation sera la plus pertinente selon ma question

PLAN

À toutes les étapes de votre projet, on vous accompagne !

AIDE

Je veux savoir quelle représentation sera la plus pertinente selon ma question

Chapitre 2: Je caractérise la biodiversité de mes échantillons

Chapitre 3: J'étudie la dynamique de l'écosystème de mes échantillons lors du procédé de fabrication

Chapitre 4: Je compare les échantillons

Chapitre 5: Je comprends les interactions entre des facteurs externes et mon écosystème

Chapitre 6: Où visualiser toutes mes données et leurs interprétation ?

Chapitre 1: Les résultats que je reçois

Explications graphique

Explications graphique

Explications graphique

chapitre 6 : où visualiser mes résultats ?

chapitre 5 : intéractions facteurs externes et éco-système

Chapitre 1 : Les tableaux de données

Chapitre 4 : je compare les échantillons

chapitre 3 : DYNAMIQUE DE L'ÉCO-SYST-ME LORS DE LA FABRICATION

Chapitre 2 : je caractérise la biodiversité de mes échantillons

Les données que l’on reçoit sont constituées de trois tableaux que l’on appelle la table d’OTU ou l’OTU- table, la table de Taxonomie et la Data-table.OTU = Unité taxonomique Opérationnelle = un micro-organisme identifié dans un échantillon, affilié à une espèce ou une sous-espèce = une ligne du tableau

En savoir plus

En savoir plus

Préconisations

Avec quel type de données peut-elle être utilisée ?

A quoi ça sert ?

chapitre 6 : où visualiser mes résultats ?

chapitre 5 : intéractions facteurs externes et éco-système

Chapitre 4 : je compare les échantillons

chapitre 3 : DYNAMIQUE DE L'ÉCO-SYST-ME LORS DE LA FABRICATION

Chapitre 1 : les résultats que je reçois

chapitre 6 : où visualiser mes résultats ?

chapitre 5 : intéractions facteurs externes et éco-système

Chapitre 4 : je compare les échantillons

Chapitre 2 : je caractérise la biodiversité de mes échantillons

Chapitre 1 : les résultats que je reçois

chapitre 6 : où visualiser mes résultats ?

chapitre 5 : intéractions facteurs externes et éco-système

Chapitre 2 : je caractérise la biodiversité de mes échantillons

chapitre 3 : DYNAMIQUE DE L'ÉCO-SYST-ME LORS DE LA FABRICATION

Chapitre 1 : les résultats que je reçois

chapitre 6 : où visualiser mes résultats ?

Chapitre 4 : je compare les échantillons

Chapitre 2 : je caractérise la biodiversité de mes échantillons

chapitre 3 : DYNAMIQUE DE L'ÉCO-SYST-ME LORS DE LA FABRICATION

Chapitre 1 : les résultats que je reçois

chapitre 5 : intéractions facteurs externes et éco-système

Chapitre 4 : je compare les échantillons

Chapitre 2 : je caractérise la biodiversité de mes échantillons

chapitre 3 : DYNAMIQUE DE L'ÉCO-SYST-ME LORS DE LA FABRICATION

Chapitre 1 : les résultats que je reçois

exemple

Quelles sont les données qui peuvent être visualisées ?

APPLICATION SHINY

OUTILS DE VISUALISATION DES RÉSULTATS :

Comment ça fonctionne ?

Chapitre 6 : Où visualiser toutes mes données et leurs interprétations ?

A qui puis-je m’adresser pour y avoir accès ?

Qu’est que c’est ?

Tableau de données

Heatmap

NMDS

Dynamique des abondances relatives au cours du processus

Dynamique de biodiversité

Barplot

Suivi d'un taxon

Boxplot

Je veux comprendre un graphique

PERMANOVA

PERMANOVA

ANCOM_BC

FAMD

NMDS avec ellipse

Présence/abscence

Network 2D/3D

Coefficient de corrélation

Je veux comprendre un graphique

ACP

Qui finance nos travaux ?

Qu'est-ce que Fromic ?

Pour en savoir plus : historique et liste des contributeurs

a propos

Qui sommes-nous ?

CARTOGRAPHIE DES COMPETENCES

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Voir le menu, filtrer par étape

Accompagnement projet

Analyses méthodes omiques

Hébergement des données

Mise en forme des résultats et communication des résultats auprès des professionnels

Traitement des données

Prélèvements et données associées

Accompagnement scientifique

Analyses classiques et préparation des échantillons

Qui peut m'appuyer À chaque etape ?

Consulter les versions antérieures

Ce guide a été rédigé dans le cadre du projet CASDAR Adamos (2019-2023).

Ce guide a pour objectif de transmettre des conseils et recommandations aux experts amenés à utiliser les méthodes omiques dans le cadre des filières fromagères. Ce travail d'harmonisation des pratiques a été réalisé au cours du projet Adamos.

Guide méthodologique

Version 2 - 21 novembre 2024

Version 1 - 26 avril 2023

Guide méthodologique

Les projets

Appliquer les méthodes omiques à des cas concretsJe construis et je mets en place un essai de A à ZJe définis le cadre de l'essai1. Définir l'objectif / la question2. Lister les informations nécessaires pour répondre à la question3. Préciser la méthodologie3.A. Choisir le type d'essai3.B. Choisir des méthodes d'analyses appropriées3.C. Définir le plan d'échantillonage3.D. Choisir la méthodologie de prélèvement4. Rédiger un protocoleJe prépare ma sortie terrain5. Réaliser les prélèvements 6. Collecter les métadonnées7. Transporter et stocker les échantillons8. Envoyer les échantillons pour analyseJe gère mes données9. Créer une base de données10. Analyser les données11. Interpréter les résultats (lien vers partie spécifique)Je consulte le guide méthodologique (experts)Interpréter des résultats Je veux savoir quelle représentation sera la plus pertinente selon ma question1. Les résultats que je reçois2. Je caractérise la biodiversité de mes échantillons3. J'étudie la dynamique de l'écosystème de mes échantillons lors du procédé de fabrication4. Je compare les échantillons5. Je comprends les interactions entre des facteurs externes et mon écosystème6. Où visualiser toutes mes données et leurs interprétation ? Je veux comprendre un graphique

Pages transversales AccueilMenuA proposAide Cartographie de compétences Plan de Fromic S'informer sur les écosystèmes microbiens et les méthodes omiques Les méthodes omiquesQuelles approches, quels principe ? La vie d'une celluleinfographieLes microorganismesLes méthodes pasteuriennesLes méthodes omiquesQuelles informations apportent-elles ? Quelles informations apportent les méthodes omiques ? Quelles informations apportent les méthodes pasteuriennes ?Comparaison entre les méthodes omiques et les méthodes pasteuriennes ? Les écosystèmes microbiensQu'est-ce qu'un écosystème microbien ? infographieLes enjeux d'un écosystème microbien De l'exploitation à la fabrication du fromageQuels rôles les écosystèmes microbiens sur la fabrication et les produits lait et fromage ? Réservoirs de microflores à l'échelle de l'exploitation Pratiques et réservoirs en fabrication

PLAN DE FROMIC

L'outil Fromic a bénéficié de financements du Ministère de l'agriculture et de l'alimentation (projet CASDAR Adamos) et des conseils départementaux de Savoie et Haute-Savoie (Plan filière lait cru), que nous remercions pour leur soutien.

Fromic est un outil numérique d’autoformation créé pour les filières fromagères, sur la thématique des microbiotes (de la prairie au fromage) et des méthodes omiques. Il a pour objectif de faciliter l’utilisation des méthodes omiques par les filières, de les sensibiliser aux enjeux des écosystèmes microbiens et d’accompagner l’autoformation des acteurs (filières, conseillers, étudiants…) sur ces thématiques. L’outil est divisé en plusieurs parties, selon les objectifs des utilisateurs : s’informer sur les méthodes omiques, s’informer sur les écosystèmes microbiens, se former à l’application des méthodes omiques (mise en place d’un essai) et se former à l’interprétation des graphiques.

ContactsCoordination de la construction de l'outil pour le RMT FFVT :

• Blandine Polturat, CERAQ : blandine.polturat@ceraq.fr
• Cécile Charles, ENILV : experimentation@enilv.fr

La gestion de l'outil Fromic est assurée par le Réseau Mixte Technologique "Filières Fromagères valorisant leurs terroirs". L'objectif de ce réseau est d’accompagner, par la R&D, les filières fromagères valorisant leur terroir dans les changements auxquels elles doivent faire face : les évolutions tant sociétales que règlementaires, les innovations technologiques ou encore le dérèglement climatique. Le RMT favorise l’échange et l’émergence de projets entre les acteurs de la recherche et du développement et les filières fromagères de terroir. Il permet ainsi de mettre en débat, de faire-valoir et de cultiver les fondamentaux sur lesquels ces filières s’appuient et fondent leur différenciation. Ses travaux portent notamment sur l'étude des microflores des laits et des fromages, la gestion de la ressource herbagère, les savoir-faire traditionnels et la durabilité des filières.