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S'informer sur les écosystèmes microbiens
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Les écosystèmes microbiens
Les méthodes omiques
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Quelles approches ?Quels principes ?
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Les microorganismes
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Les méthodes pasteuriennes
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Les méthodes omiques
La vie d'une cellule
Les microorganismes
méthodes pasteuriennes
Méthodes omiques
Schéma intéractif récapitulatif
La vie d'une cellule
Définition d'une cellule
Cellules Procaryotes et Eucaryotes
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ADN
Les microorganismes
Ribosomes
Synthèse de protéines
méthodes pasteuriennes
Méthodes omiques
Les microorganismes
La vie d'une cellule
méthodes pasteuriennes
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Les méthodes pasteuriennes
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Les microorganismes
Méthodes omiques
Les méthodes omiques
La vie d'une cellule
Les microorganismes
Méthodes pasteuriennes
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Je souhaite détecter la présence d'un microorganisme dans différents échantillons
Où est-il ?
Qui est-il ?
Je souhaite déterminer les fonctions potentielles d'un microorganisme
Que pourrait-il faire ?
Génomique
Génétique
Je souhaite suivre la production ou la dégradation de produits d'intérêt (acides, arômes...)
Quels composés ont été produits ?
Je souhaite connaître les protéines produites par ce microorganisme
Quelles protéines ont été produites ?
Que fait-il ?
Je souhaite savoir si un microorganisme est actif et les fonctions qu'il a mis en oeuvre
informations méthodes pasteuriennes
Comparaison entre les méthodes
Transcriptomique
Métabolomique
Protéomique
Je veux identifier les microorganismes d'un échantillon
Je souhaite identifier les microorganismes présents
Qui sont-ils ?
Je souhaite connaître les microorganismes actifs et les fonctions mises en oeuvre
Que font-ils ?
Je souhaite déterminer les fonctions potentielles des microorganismes présents (vivants ou morts)
Que pourraient-ils faire ?
Métagénétique
Métagénomique
Métatranscriptomique
informations méthodes pasteuriennes
Je souhaite suivre la production ou la dégradation de produits d’intérêt (acides, arômes…)
Quels composés / métabolites produisent-ils ?
Je souhaite connaître les protéines produites par les microorganismes
Quelles protéines produitent-ils ?
Comparaison entre les méthodes
Métaprotéomique
Métabolomique
Quelles informations apportent les méthodes pasteuriennes ?
informations méthodes omiques
Comparaison entre les méthodes
Méthodes omiques
Avantages et inconvénients des méthodes omiques sur les méthodes pasteuriennes
Inconvénients
Avantages
informations méthodes omiques
Complémentarité entre méthodes omiques et méthodes pasteuriennes
informations méthodes pasteuriennes
Les méthodes omiques
1. Je veux reprendre les basesde la microbiologie laitière
1.1 La vie d'une cellule
1.2 Les microorganismes
2.1 Les méthodes pasteuriennes
2. Je veux comprendre les méthodes qui permettent d'étudier les communautés
2.2 Les méthodes omiques
3.1 Quelles informations apportent les méthodes pasteuriennes et le métabarcoding ?
3. Je veux comprendre quelle méthode utiliser pour répondre à ma question
3.2 Choisir la méthode la plus adaptée
1. Je veux reprendre les bases de la microbiologie laitière / 1.1 La vie d'une cellule
Les méthodes omiques
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1. Je veux reprendre les bases de la microbiologie laitière / 1.2 Les microorganismes
Les méthodes omiques
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2. Etudier les communautés microbiennes / 2.1 Les méthodes pasteuriennes
Les méthodes omiques
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2. Etudier les communautés microbiennes / 2.2 Les méthodes omiques
Les méthodes omiques
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3. Quelle méthode utiliser ? / 3.1 Quelles informations apportent les méthodes pasteuriennes, omiques ?
Les méthodes omiques
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3. Quelle méthode utiliser ? / 3.2 Choisir la méthode la plus adaptée à ma question
Les méthodes omiques
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2. Etudier les communautés microbiennes / 2.2 Les méthodes omiques
Les méthodes omiques
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2. Etudier les communautés microbiennes / 2.2 Les méthodes omiques
Les méthodes omiques
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Les écosystèmes microbiens
Qu'est ce qu'un écosystème microbien ?
Les enjeux d'un écosystème microbien
De l'exploitation à la fabrication du fromage
qU'EST CE QU'UN écosystème microbien ?
les Enjeux d'un écosystème microbien
de l'exploitation à la fabrication du fromage
Schéma intéractif récapitulatif
En savoir plus sur Les écosystèmes microbiens
Composants du lait
Définition Ecosystème
Comment se construit l'écosystème du lait jusqu'au fromage affiné ?
Quels sont les microorganismes présents dans le lait ?
D'où proviennent ces microorganismes ?
Du stockage du lait à la transformation en fromage
Fabrication du fromage et évolution des microorganismes au cours des différentes étapes
les Enjeux d'un écosystème microbien
- Coagulation
- Decaillage
- Chauffage
Ensemencement en ferments
de l'exploitation à la fabrication du fromage
Rôle et intérêts
des écosystèmes microbiens
Entretien et conservation de la biodiversité microbienne
Auraient des bénéfices santé
Rôles et intérêts
Contribuent à la diversité sensorielle
Participent à la protection vis à vis des pathogènes
Qu'est-ce qu'un écosystème microbien ?
de l'exploitation à la fabrication du fromage
DE L'EXPLOITATION À LA FABRICATION DU FROMAGE
Quels rôles ont les écosystèmes microbiens sur la fabrication des produits lait et fromage ?
Pratiques et réservoirs en fabrication
Qu'est-ce qu'un écosystème microbien ?
Les enjeux d'un ecosystème microbien
Les microflores à l'échelle de l'exploitation
Appliquer les méthodes omiques à des cas concrets
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Je construis et je mets en place un essai de A à Z
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Je réalise des analyses en laboratoire
Je réalise des analyses statistiques
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Je construis et mets en place un essai de a À Z
Je définis le cadre de l'essai
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Je gère mes données
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Chapitre 1: Les résultats que je reçois
Chapitre 2: Je caractérise la biodiversité de mes échantillons
Chapitre 3: J'étudie la dynamique de l'écosystème de mes échantillons lors du procédé de fabrication
Chapitre 4: Je compare les échantillons
Chapitre 5: Je comprends les interactions entre des facteurs externes et mon écosystème
Chapitre 6: Où visualiser toutes mes données et leurs interprétation ?
Chapitre 1 : Les tableaux de données
Explications graphique
Les données que l’on reçoit sont constituées de trois tableaux que l’on appelle la table d’OTU ou l’OTU- table, la table de Taxonomie et la Data-table.OTU = Unité taxonomique Opérationnelle = un micro-organisme identifié dans un échantillon, affilié à une espèce ou une sous-espèce = une ligne du tableau
Explications graphique
Chapitre 2 : je caractérise la biodiversité de mes échantillons
chapitre 3 : DYNAMIQUE DE L'ÉCO-SYST-ME LORS DE LA FABRICATION
Explications graphique
Chapitre 4 : je compare les échantillons
chapitre 5 : intéractions facteurs externes et éco-système
Avec quel type de données peut-elle être utilisée ?
chapitre 6 : où visualiser mes résultats ?
Préconisations
A quoi ça sert ?
En savoir plus
En savoir plus
Chapitre 1 : les résultats que je reçois
chapitre 3 : DYNAMIQUE DE L'ÉCO-SYST-ME LORS DE LA FABRICATION
Chapitre 4 : je compare les échantillons
chapitre 5 : intéractions facteurs externes et éco-système
chapitre 6 : où visualiser mes résultats ?
Chapitre 1 : les résultats que je reçois
Chapitre 2 : je caractérise la biodiversité de mes échantillons
Chapitre 4 : je compare les échantillons
chapitre 5 : intéractions facteurs externes et éco-système
chapitre 6 : où visualiser mes résultats ?
Chapitre 1 : les résultats que je reçois
Chapitre 2 : je caractérise la biodiversité de mes échantillons
chapitre 3 : DYNAMIQUE DE L'ÉCO-SYST-ME LORS DE LA FABRICATION
chapitre 5 : intéractions facteurs externes et éco-système
chapitre 6 : où visualiser mes résultats ?
Chapitre 1 : les résultats que je reçois
Chapitre 2 : je caractérise la biodiversité de mes échantillons
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Chapitre 4 : je compare les échantillons
chapitre 6 : où visualiser mes résultats ?
Chapitre 6 : Où visualiser toutes mes données et leurs interprétations ?
OUTILS DE VISUALISATION DES RÉSULTATS :
APPLICATION SHINY
Chapitre 1 : les résultats que je reçois
Quelles sont les données qui peuvent être visualisées ?
Qu’est que c’est ?
Chapitre 2 : je caractérise la biodiversité de mes échantillons
chapitre 3 : DYNAMIQUE DE L'ÉCO-SYST-ME LORS DE LA FABRICATION
A qui puis-je m’adresser pour y avoir accès ?
Chapitre 4 : je compare les échantillons
Comment ça fonctionne ?
chapitre 5 : intéractions facteurs externes et éco-système
exemple
Je veux comprendre un graphique
Dynamique de biodiversité
Tableau de données
Boxplot
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Suivi d'un taxon
Dynamique des abondances relatives au cours du processus
NMDS
Heatmap
Je veux comprendre un graphique
NMDS avec ellipse
Network 2D/3D
ACP
Présence/abscence
ANCOM_BC
PERMANOVA
FAMD
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Guide méthodologique
Ce guide a pour objectif de transmettre des conseils et recommandations aux experts amenés à utiliser les méthodes omiques dans le cadre des filières fromagères. Ce travail d'harmonisation des pratiques a été réalisé au cours du projet Adamos.
Ce guide a été rédigé dans le cadre du projet CASDAR Adamos (2019-2023).
Consulter les versions antérieures
Guide méthodologique
Version 1 - 26 avril 2023
Version 2 - 21 novembre 2024
Les projets
PLAN DE FROMIC
Appliquer les méthodes omiques à des cas concretsJe construis et je mets en place un essai de A à ZJe définis le cadre de l'essai1. Définir l'objectif / la question2. Lister les informations nécessaires pour répondre à la question3. Préciser la méthodologie3.A. Choisir le type d'essai3.B. Choisir des méthodes d'analyses appropriées3.C. Définir le plan d'échantillonage3.D. Choisir la méthodologie de prélèvement4. Rédiger un protocoleJe prépare ma sortie terrain5. Réaliser les prélèvements 6. Collecter les métadonnées7. Transporter et stocker les échantillons8. Envoyer les échantillons pour analyseJe gère mes données9. Créer une base de données10. Analyser les données11. Interpréter les résultats (lien vers partie spécifique)Je consulte le guide méthodologique (experts)Interpréter des résultats Je veux savoir quelle représentation sera la plus pertinente selon ma question1. Les résultats que je reçois2. Je caractérise la biodiversité de mes échantillons3. J'étudie la dynamique de l'écosystème de mes échantillons lors du procédé de fabrication4. Je compare les échantillons5. Je comprends les interactions entre des facteurs externes et mon écosystème6. Où visualiser toutes mes données et leurs interprétation ? Je veux comprendre un graphique
Pages transversales AccueilMenuA proposAide Cartographie de compétences Plan de Fromic S'informer sur les écosystèmes microbiens et les méthodes omiques Les méthodes omiquesQuelles approches, quels principe ? La vie d'une celluleinfographieLes microorganismesLes méthodes pasteuriennesLes méthodes omiquesQuelles informations apportent-elles ? Quelles informations apportent les méthodes omiques ? Quelles informations apportent les méthodes pasteuriennes ?Comparaison entre les méthodes omiques et les méthodes pasteuriennes ? Les écosystèmes microbiensQu'est-ce qu'un écosystème microbien ? infographieLes enjeux d'un écosystème microbien De l'exploitation à la fabrication du fromageQuels rôles les écosystèmes microbiens sur la fabrication et les produits lait et fromage ? Réservoirs de microflores à l'échelle de l'exploitation Pratiques et réservoirs en fabrication
L'outil Fromic a bénéficié de financements du Ministère de l'agriculture et de l'alimentation (projet CASDAR Adamos) et des conseils départementaux de Savoie et Haute-Savoie (Plan filière lait cru), que nous remercions pour leur soutien.
Fromic est un outil numérique d’autoformation créé pour les filières fromagères, sur la thématique des microbiotes (de la prairie au fromage) et des méthodes omiques. Il a pour objectif de faciliter l’utilisation des méthodes omiques par les filières, de les sensibiliser aux enjeux des écosystèmes microbiens et d’accompagner l’autoformation des acteurs (filières, conseillers, étudiants…) sur ces thématiques. L’outil est divisé en plusieurs parties, selon les objectifs des utilisateurs : s’informer sur les méthodes omiques, s’informer sur les écosystèmes microbiens, se former à l’application des méthodes omiques (mise en place d’un essai) et se former à l’interprétation des graphiques.
La gestion de l'outil Fromic est assurée par le Réseau Mixte Technologique "Filières Fromagères valorisant leurs terroirs".
L'objectif de ce réseau est d’accompagner, par la R&D, les filières fromagères valorisant leur terroir dans les changements auxquels elles doivent faire face : les évolutions tant sociétales que règlementaires, les innovations technologiques ou encore le dérèglement climatique. Le RMT favorise l’échange et l’émergence de projets entre les acteurs de la recherche et du développement et les filières fromagères de terroir. Il permet ainsi de mettre en débat, de faire-valoir et de cultiver les fondamentaux sur lesquels ces filières s’appuient et fondent leur différenciation. Ses travaux portent notamment sur l'étude des microflores des laits et des fromages, la gestion de la ressource herbagère, les savoir-faire traditionnels et la durabilité des filières.
ContactsCoordination de la construction de l'outil pour le RMT FFVT :
- Blandine Polturat, CERAQ : blandine.polturat@ceraq.fr
- Cécile Charles, ENILV : experimentation@enilv.fr
Fromic
fromic.rmt
Created on August 16, 2021
Fromic est un outil numérique d’autoformation qui a pour objectif de faciliter l’utilisation des méthodes omiques par les filières fromagères de terroir et de sensibiliser les acteurs des filières (responsables, conseillers, étudiants…) aux enjeux des écosystèmes microbiens.
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Les méthodes omiques
Les écosystèmes microbiens
Les méthodes omiques
Quelles informations apportent-elles ?
Quelles approches ?Quels principes ?
La vie d'une cellule
Quelles informations apportent les méthodes omiques ?
Les microorganismes
Quelles informations apportent les méthodes pasteuriennes ?
Les méthodes pasteuriennes
Comparaisons entre les méthodes omiques et les méthodes pasteuriennes ?
Les méthodes omiques
La vie d'une cellule
Les microorganismes
méthodes pasteuriennes
Méthodes omiques
Schéma intéractif récapitulatif
La vie d'une cellule
Définition d'une cellule
Cellules Procaryotes et Eucaryotes
ARN
ADN
Les microorganismes
Ribosomes
Synthèse de protéines
méthodes pasteuriennes
Méthodes omiques
Les microorganismes
La vie d'une cellule
méthodes pasteuriennes
Méthodes omiques
Les méthodes pasteuriennes
La vie d'une cellulle
Les microorganismes
Méthodes omiques
Les méthodes omiques
La vie d'une cellule
Les microorganismes
Méthodes pasteuriennes
Je veux identifier un microorganisme spécifique ou isolé
Je souhaite identifier un microorganisme que j'ai isolé
Je souhaite détecter la présence d'un microorganisme dans différents échantillons
Où est-il ?
Qui est-il ?
Je souhaite déterminer les fonctions potentielles d'un microorganisme
Que pourrait-il faire ?
Génomique
Génétique
Je souhaite suivre la production ou la dégradation de produits d'intérêt (acides, arômes...)
Quels composés ont été produits ?
Je souhaite connaître les protéines produites par ce microorganisme
Quelles protéines ont été produites ?
Que fait-il ?
Je souhaite savoir si un microorganisme est actif et les fonctions qu'il a mis en oeuvre
informations méthodes pasteuriennes
Comparaison entre les méthodes
Transcriptomique
Métabolomique
Protéomique
Je veux identifier les microorganismes d'un échantillon
Je souhaite identifier les microorganismes présents
Qui sont-ils ?
Je souhaite connaître les microorganismes actifs et les fonctions mises en oeuvre
Que font-ils ?
Je souhaite déterminer les fonctions potentielles des microorganismes présents (vivants ou morts)
Que pourraient-ils faire ?
Métagénétique
Métagénomique
Métatranscriptomique
informations méthodes pasteuriennes
Je souhaite suivre la production ou la dégradation de produits d’intérêt (acides, arômes…)
Quels composés / métabolites produisent-ils ?
Je souhaite connaître les protéines produites par les microorganismes
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Comparaison entre les méthodes
Métaprotéomique
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Quelles informations apportent les méthodes pasteuriennes ?
informations méthodes omiques
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Méthodes omiques
Avantages et inconvénients des méthodes omiques sur les méthodes pasteuriennes
Inconvénients
Avantages
informations méthodes omiques
Complémentarité entre méthodes omiques et méthodes pasteuriennes
informations méthodes pasteuriennes
Les méthodes omiques
1. Je veux reprendre les basesde la microbiologie laitière
1.1 La vie d'une cellule
1.2 Les microorganismes
2.1 Les méthodes pasteuriennes
2. Je veux comprendre les méthodes qui permettent d'étudier les communautés
2.2 Les méthodes omiques
3.1 Quelles informations apportent les méthodes pasteuriennes et le métabarcoding ?
3. Je veux comprendre quelle méthode utiliser pour répondre à ma question
3.2 Choisir la méthode la plus adaptée
1. Je veux reprendre les bases de la microbiologie laitière / 1.1 La vie d'une cellule
Les méthodes omiques
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1. Je veux reprendre les bases de la microbiologie laitière / 1.2 Les microorganismes
Les méthodes omiques
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2. Etudier les communautés microbiennes / 2.1 Les méthodes pasteuriennes
Les méthodes omiques
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2. Etudier les communautés microbiennes / 2.2 Les méthodes omiques
Les méthodes omiques
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3. Quelle méthode utiliser ? / 3.1 Quelles informations apportent les méthodes pasteuriennes, omiques ?
Les méthodes omiques
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3. Quelle méthode utiliser ? / 3.2 Choisir la méthode la plus adaptée à ma question
Les méthodes omiques
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Les méthodes omiques
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Les écosystèmes microbiens
Qu'est ce qu'un écosystème microbien ?
Les enjeux d'un écosystème microbien
De l'exploitation à la fabrication du fromage
qU'EST CE QU'UN écosystème microbien ?
les Enjeux d'un écosystème microbien
de l'exploitation à la fabrication du fromage
Schéma intéractif récapitulatif
En savoir plus sur Les écosystèmes microbiens
Composants du lait
Définition Ecosystème
Comment se construit l'écosystème du lait jusqu'au fromage affiné ?
Quels sont les microorganismes présents dans le lait ?
D'où proviennent ces microorganismes ?
Du stockage du lait à la transformation en fromage
Fabrication du fromage et évolution des microorganismes au cours des différentes étapes
les Enjeux d'un écosystème microbien
Ensemencement en ferments
de l'exploitation à la fabrication du fromage
Rôle et intérêts
des écosystèmes microbiens
Entretien et conservation de la biodiversité microbienne
Auraient des bénéfices santé
Rôles et intérêts
Contribuent à la diversité sensorielle
Participent à la protection vis à vis des pathogènes
Qu'est-ce qu'un écosystème microbien ?
de l'exploitation à la fabrication du fromage
DE L'EXPLOITATION À LA FABRICATION DU FROMAGE
Quels rôles ont les écosystèmes microbiens sur la fabrication des produits lait et fromage ?
Pratiques et réservoirs en fabrication
Qu'est-ce qu'un écosystème microbien ?
Les enjeux d'un ecosystème microbien
Les microflores à l'échelle de l'exploitation
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PLAN
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Je fais partie d'une filière fromagère
Je construis et je mets en place un essai de A à Z
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Je réalise des analyses en laboratoire
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PLAN
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Je veux savoir quelle représentation sera la plus pertinente selon ma question
Je veux comprendre un graphique
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Je veux savoir quelle représentation sera la plus pertinente selon ma question
Chapitre 1: Les résultats que je reçois
Chapitre 2: Je caractérise la biodiversité de mes échantillons
Chapitre 3: J'étudie la dynamique de l'écosystème de mes échantillons lors du procédé de fabrication
Chapitre 4: Je compare les échantillons
Chapitre 5: Je comprends les interactions entre des facteurs externes et mon écosystème
Chapitre 6: Où visualiser toutes mes données et leurs interprétation ?
Chapitre 1 : Les tableaux de données
Explications graphique
Les données que l’on reçoit sont constituées de trois tableaux que l’on appelle la table d’OTU ou l’OTU- table, la table de Taxonomie et la Data-table.OTU = Unité taxonomique Opérationnelle = un micro-organisme identifié dans un échantillon, affilié à une espèce ou une sous-espèce = une ligne du tableau
Explications graphique
Chapitre 2 : je caractérise la biodiversité de mes échantillons
chapitre 3 : DYNAMIQUE DE L'ÉCO-SYST-ME LORS DE LA FABRICATION
Explications graphique
Chapitre 4 : je compare les échantillons
chapitre 5 : intéractions facteurs externes et éco-système
Avec quel type de données peut-elle être utilisée ?
chapitre 6 : où visualiser mes résultats ?
Préconisations
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Chapitre 1 : les résultats que je reçois
chapitre 3 : DYNAMIQUE DE L'ÉCO-SYST-ME LORS DE LA FABRICATION
Chapitre 4 : je compare les échantillons
chapitre 5 : intéractions facteurs externes et éco-système
chapitre 6 : où visualiser mes résultats ?
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Chapitre 2 : je caractérise la biodiversité de mes échantillons
Chapitre 4 : je compare les échantillons
chapitre 5 : intéractions facteurs externes et éco-système
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Chapitre 1 : les résultats que je reçois
Chapitre 2 : je caractérise la biodiversité de mes échantillons
chapitre 3 : DYNAMIQUE DE L'ÉCO-SYST-ME LORS DE LA FABRICATION
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Chapitre 2 : je caractérise la biodiversité de mes échantillons
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Chapitre 4 : je compare les échantillons
chapitre 6 : où visualiser mes résultats ?
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Chapitre 1 : les résultats que je reçois
Quelles sont les données qui peuvent être visualisées ?
Qu’est que c’est ?
Chapitre 2 : je caractérise la biodiversité de mes échantillons
chapitre 3 : DYNAMIQUE DE L'ÉCO-SYST-ME LORS DE LA FABRICATION
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Comment ça fonctionne ?
chapitre 5 : intéractions facteurs externes et éco-système
exemple
Je veux comprendre un graphique
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Tableau de données
Boxplot
Barplot
Suivi d'un taxon
Dynamique des abondances relatives au cours du processus
NMDS
Heatmap
Je veux comprendre un graphique
NMDS avec ellipse
Network 2D/3D
ACP
Présence/abscence
ANCOM_BC
PERMANOVA
FAMD
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Ce guide a pour objectif de transmettre des conseils et recommandations aux experts amenés à utiliser les méthodes omiques dans le cadre des filières fromagères. Ce travail d'harmonisation des pratiques a été réalisé au cours du projet Adamos.
Ce guide a été rédigé dans le cadre du projet CASDAR Adamos (2019-2023).
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Version 2 - 21 novembre 2024
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PLAN DE FROMIC
Appliquer les méthodes omiques à des cas concretsJe construis et je mets en place un essai de A à ZJe définis le cadre de l'essai1. Définir l'objectif / la question2. Lister les informations nécessaires pour répondre à la question3. Préciser la méthodologie3.A. Choisir le type d'essai3.B. Choisir des méthodes d'analyses appropriées3.C. Définir le plan d'échantillonage3.D. Choisir la méthodologie de prélèvement4. Rédiger un protocoleJe prépare ma sortie terrain5. Réaliser les prélèvements 6. Collecter les métadonnées7. Transporter et stocker les échantillons8. Envoyer les échantillons pour analyseJe gère mes données9. Créer une base de données10. Analyser les données11. Interpréter les résultats (lien vers partie spécifique)Je consulte le guide méthodologique (experts)Interpréter des résultats Je veux savoir quelle représentation sera la plus pertinente selon ma question1. Les résultats que je reçois2. Je caractérise la biodiversité de mes échantillons3. J'étudie la dynamique de l'écosystème de mes échantillons lors du procédé de fabrication4. Je compare les échantillons5. Je comprends les interactions entre des facteurs externes et mon écosystème6. Où visualiser toutes mes données et leurs interprétation ? Je veux comprendre un graphique
Pages transversales AccueilMenuA proposAide Cartographie de compétences Plan de Fromic S'informer sur les écosystèmes microbiens et les méthodes omiques Les méthodes omiquesQuelles approches, quels principe ? La vie d'une celluleinfographieLes microorganismesLes méthodes pasteuriennesLes méthodes omiquesQuelles informations apportent-elles ? Quelles informations apportent les méthodes omiques ? Quelles informations apportent les méthodes pasteuriennes ?Comparaison entre les méthodes omiques et les méthodes pasteuriennes ? Les écosystèmes microbiensQu'est-ce qu'un écosystème microbien ? infographieLes enjeux d'un écosystème microbien De l'exploitation à la fabrication du fromageQuels rôles les écosystèmes microbiens sur la fabrication et les produits lait et fromage ? Réservoirs de microflores à l'échelle de l'exploitation Pratiques et réservoirs en fabrication
L'outil Fromic a bénéficié de financements du Ministère de l'agriculture et de l'alimentation (projet CASDAR Adamos) et des conseils départementaux de Savoie et Haute-Savoie (Plan filière lait cru), que nous remercions pour leur soutien.
Fromic est un outil numérique d’autoformation créé pour les filières fromagères, sur la thématique des microbiotes (de la prairie au fromage) et des méthodes omiques. Il a pour objectif de faciliter l’utilisation des méthodes omiques par les filières, de les sensibiliser aux enjeux des écosystèmes microbiens et d’accompagner l’autoformation des acteurs (filières, conseillers, étudiants…) sur ces thématiques. L’outil est divisé en plusieurs parties, selon les objectifs des utilisateurs : s’informer sur les méthodes omiques, s’informer sur les écosystèmes microbiens, se former à l’application des méthodes omiques (mise en place d’un essai) et se former à l’interprétation des graphiques.
La gestion de l'outil Fromic est assurée par le Réseau Mixte Technologique "Filières Fromagères valorisant leurs terroirs". L'objectif de ce réseau est d’accompagner, par la R&D, les filières fromagères valorisant leur terroir dans les changements auxquels elles doivent faire face : les évolutions tant sociétales que règlementaires, les innovations technologiques ou encore le dérèglement climatique. Le RMT favorise l’échange et l’émergence de projets entre les acteurs de la recherche et du développement et les filières fromagères de terroir. Il permet ainsi de mettre en débat, de faire-valoir et de cultiver les fondamentaux sur lesquels ces filières s’appuient et fondent leur différenciation. Ses travaux portent notamment sur l'étude des microflores des laits et des fromages, la gestion de la ressource herbagère, les savoir-faire traditionnels et la durabilité des filières.
ContactsCoordination de la construction de l'outil pour le RMT FFVT :