Want to create interactive content? It’s easy in Genially!

Get started free

MBC-7-M5-R2

CEV PUCE

Created on July 27, 2021

Start designing with a free template

Discover more than 1500 professional designs like these:

Audio tutorial

Pechakucha Presentation

Desktop Workspace

Decades Presentation

Psychology Presentation

Medical Dna Presentation

Geometric Project Presentation

Explore all templates

Transcript

Genómica

Anotación de genomas eucariotes y procariotes

Anotación de genes no codificantes​

Pipeline global de anotación de genomas de Procariotes

Anotación de genes codificantes

Anotación Funcional de genes

Standars mínimos de anotación de genomas procariotes

  • Anotación de RNA estructural: 5S, 16S, 23S.​
  • Anotación de tRNA: al menos una copia para cada aminoácido.​
  • Cociente de la división del conteo de Genes codificantes entre el tamaño del genoma igual a 1.​
  • Sin características parciales.

Anormalidades que destaca la anotación de procariotes

  • Cociente anormal de genes: Tiende a 1 , cuando se sale de este rango hasta 0.5 o bien, 1.5 se consideran rangos anormales.​
  • Contaminación cruzada.​
  • Ensamblado fragmentado: L50 arriba de 500 y N50 debajo de 5000.​
  • Baja cuenta de genes.​
  • Proteínas fragmentadas.​
  • Fallo de RefSeq al anotar.

¿Cómo anotar un genoma procariote más rápido?:La respuesta es DFAST

Genomas eucariotes anotados en NCBI​

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_euk/​

Ejemplo de Resumen de anotación de genoma eucariote

##Genome-Annotation-Data-START##​ Annotation Provider :: NCBI​ Annotation Status :: Full annotation​ Annotation Name :: Pongo abelii Annotation Release 103​ Annotation Version :: 103​ Annotation Pipeline :: NCBI eukaryotic genome annotation pipeline​ Annotation Software Version :: 8.0​ Annotation Method :: Best-placed RefSeq; Gnomon​ Features Annotated :: Gene; mRNA; CDS; ncRNA​ ##Genome-Annotation-Data-END##

Pipeline de anotación de genoma eucariote ​

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_euk/process/

Referencias​

Tanizawa, Y., Fujisawa, T., & Nakamura, Y. (2018). DFAST: a flexible prokaryotic genome annotation pipeline for faster genome publication. Bioinformatics (Oxford, England), 34(6), 1037–1039. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx713