MBC-7-M4-R2

Genómica

Ensamblado de genomas procariotes y eucariotes

Tomada de Tatusova et al., 2016​

Ensamblado de genomas procariotes: Los genomas de los 10 principales clados

Tomada de Liao et al., 2015​

Estadísticas de softwares para ensamblar algunos genomas de procariotes

Tomada de Liao et al., 2015​

MyPro: Programa automatizado para ensamblado de genomas procariotes

https://docs.patricbrc.org/tutorial/genome_assembly/assembly2.html

Servidor web para ensamblado de genomas procariotes: PATRIC

https://docs.patricbrc.org/quickstart_video.html

Diseño de ensamblado de genomas eucariotes​

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_euk/process/

Tomada de Jung et al., 2020​

Pipeline global para ensamblado de genoma eucariote

​ Jung, H., Ventura, T., Chung, J. S., Kim, W. J., Nam, B. H., Kong, H. J., Kim, Y. O., Jeon, M. S., & Eyun, S. I. (2020). Twelve quick steps for genome assembly and annotation in the classroom. PLoS computational biology, 16(11), e1008325. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008325

Liao, Y. C., Lin, H. H., Sabharwal, A., Haase, E. M., & Scannapieco, F. A. (2015). MyPro: A seamless pipeline for automated prokaryotic genome assembly and annotation. Journal of microbiological methods, 113, 72–74. https://doi.org/10.1016/j.mimet.2015.04.006

Tatusova, T., DiCuccio, M., Badretdin, A., Chetvernin, V., Nawrocki, E. P., Zaslavsky, L., Lomsadze, A., Pruitt, K. D., Borodovsky, M., & Ostell, J. (2016). NCBI prokaryotic genome annotation pipeline. Nucleic acids research, 44(14), 6614–6624. https://doi.org/10.1093/nar/gkw569

Referencias​