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Biología Computacional

Biología computacional vs. Bioinformática

Biología computacional y bioinformática

La biología computacional y la bioinformática son campos interdisciplinarios que desarrollan y aplican métodos computacionales para analizar grandes colecciones de datos biológicos, como secuencias genéticas, poblaciones celulares o muestras de proteínas, para hacer nuevas predicciones o descubrir nueva biología. Los métodos computacionales utilizados incluyen métodos analíticos, modelado matemático y simulación.

Biología computacional y bioinformática

Los dos campos están estrechamente vinculados, ya que los sistemas de “bioinformática” suelen ser necesarios para proporcionar datos a los sistemas de “biología computacional” que crean modelos, y los resultados de esos modelos a menudo se devuelven para su almacenamiento en bases de datos de “bioinformática”.

¿Qué es biología computacional y qué es la bioinformática?

Si usted produce inferencia sobre biología a través de métodos computacionales, entonces está haciendo biología computacional.

Si usted produce recursos informáticos útiles en el contexto de la biología, entonces está haciendo bioinformática

¿Qué es un biólogo computacional y qué es un bioinformático?

“Biologos haciendo cosas con las computadoras”​ -Lincoln Stein, CSHL​ ​ Un biólogo computacional es un biólogo que usa herramientas computacionales para lograr sus objetivos. Ej.: Aplicando un algoritmo para estudiar la biología de interés.​ ​ Un bioinformático, por otro lado, es un híbrido: Un programador con suficiente conocimiento biológico para crear nuevas herramientas y desarrollar nuevos métodos.​ ​ Las personas que desarrollan el software tienden a no ser biólogos, incluso si se quiere anteponer el término "computacional".

Biología computacional

• Datos​

Secuencias, FACS, scanners, microscopios, etc.​

• Análisis​

Software, scripting, programación, etc.​

• Almacenamiento​

Bases de datos, local, en la red, en la nube, respaldos, etc.​

• Compartiendo​

Web, internet, email, portable, en la nube, etc.

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Biología computacional​

Responde a la pregunta:​ ¿Cómo podemos aprender y usar modelos de sistemas biológicos construidos a partir de mediciones experimentales?​ ​ ¿De qué trata?​ Del como convertir una cuestión biológica en un problema computacional que puede ser resuelto usando computadoras

¿Por qué? ​ Las tecnologías de alto rendimiento producen cantidades masivas de datos, demasiado grandes para analizarlas​ mano.​ ​ ¿Cuál es la meta?​ Trabajar en problemas que pueden causar un cambio significativo en el campo de la biología.

Bioinformática​

Responde a la pregunta:​ ¿Cómo puedo almacenar, anotar, buscar y comparar información de mediciones y observaciones biológicas de manera eficiente?​ ¿De qué trata?​ De combinar el conocimiento biológico con la programación informática y el big data.​ ¿Por qué? ​ Grandes cantidades de datos, como la secuenciación del genoma. ​ ¿Cuál es la meta?​ Aprovechar mejor y más eficientemente todas las diferentes tecnologías disponibles para que puedan responder con precisión las preguntas que necesitan respuesta.

Historia de la bioinformática temprana​

DNA

1869

Johan Friedrich Miescher

Chromosomal DNA

1924

Robert Feugen

Transforming principle

1928

Franklin Griffith

DNA Transformation

1944

Oswald Avery, Maclyn McCarty / Colin MacLeod

Information Theory

1948

Claude Shannon

Chargaff´s Rule

1949

Erwin Chargaff

Doble Helix

1953

James Watson & Francis Crick

Protein sequencing

1955

Fred Sanger

Codons

1961

Sidney Brenner & Francis Crick

Genetic Code

1966

Marshall Nirenberg, Robert Holley &Har Khorana

Restriction enzyme

1970

Hamilton Snith, Johns Hopkins

MEDLINE

1971

NIH/NLM

DNA sequencing

1977

Allan Maxam & Walter Gilbert/ Frederick Sanger

Staden programs

1977

Roger Staden

Smith- Waterman

1981

Temple Smith & Michael Waterman

Gen Bank

1982

LAN/EMBL/NCBI

NCBI

1988

LAN/EMBL/NCBI

FASTA

1988

William Pearson & David Lipman

DNA Strider

1988

Christian Marck

1990

BLAST

Stephen Altschul & David Lipman, NCBI

DNA Computer

1994

Leonard Adelman

PubMed

1997

NCBI

Referencias​

Jovanovic, O. (2020). Introduction to Computational & Quantitative Biology. Department of Microbiology & Immunology. https://microbiology.columbia.edu/icqb

Ritz, A. (2021). Syllabus. Bio 131 Introduction to Computational Biology. https://www.reed.edu/biology/courses/bio131/files/syllabus.pdf ​

Computational biology and bioinformatics—Latest research and news | Nature. (2021). https://www.nature.com/subjects/computational-biology-and-bioinformatics ​

University, C. M. (2021). What is Computational Biology? - Computational Biology Department - School of Computer Science - Carnegie Mellon University. http://cbd.cmu.edu/about-us/what-is-computational-biology.html ​

https://www.reddit.com/r/bioinformatics/comments/422vtc/computational_biology_versus_bioinformatics/