PCR Anidada y Primers

PCR ANIDADA Y PRIMERS

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PRIMERS

¿Qué son?

Son moléculas cortas de una sola hebra de ADN (15-40 bp). Son manufacturados comercialmente y pueden diseñarse para complementarse con cualquier secuencia de ADN. Los primers son secuencias específicas, y se ligarán a una secuencia deseada de ADN. Mientras más largos sean los primers, mayor su especificidad y selectividad (15 → 40 bp). La ADN polimerasa requiere primers para iniciar la replicación.

Características de un buen primer

• Una temperatura de fusión (Tm) en el rango de 52 ºC a 65 ºC
• Que no tiendan a formar dímeros
• Que no formen horquillas(>3 bp)
• Que no se liguen a sitios secundarios.
• Baja afinidad específica en el extremo 3' ( un bajo contenido de GC content para evitar exceso de afinidad no complementaria)

Estructura Interna

Si los primers son complementarios entre sí, y se hibridan entre ellos en lugar de hibridarze con el DNA muestra, la eficiencia de la PCR se verá afectada drásticamente.

PCR anidada

Se trata de una variante de la PCR básica que utiliza dos pares de cebadores. En un primer paso, se realiza la amplificación de una región del genoma, para después concretar más la región mediante una segunda amplificación más específica. Esta PCR se utiliza para amplificar fragmentos muy específicos del genoma.

Este tipo de PCR tiene la ventaja de brindar alta sensibilidad y especificidad. La especificidad aumenta porque como es amplificación de un amplicón obtenido previamente, los cebadores sólo van a hibridar en un sitio dentro de la molécula y el resultado será una única banda. Así, evitamos posibles hibridaciones inespecíficas de los cebadores. La desventaja de esta técnica es que no nos permite cuantificar la muestra.

FUENTES DE CONSULTA

• Laura, C., & María, A. (2017, 9 diciembre). Nuevas tendencias en el diagnóstico de enfermedades virales en los animales. SciELO. http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S0253-570X2018000300007&lng=es&nrm=iso

• González, R. M. (2020, 1 abril). PCR: qué es y qué aplicaciones tiene - El blog de. Genotipia. https://genotipia.com/pcr/

• Jiménez, Á. (2014, 1 junio). Estandarización de una PCR anidada para la identificación de Lawsonia intracellularis en porcinos Spei Domus. SpeiDomus. https://revistas.ucc.edu.co/index.php/sp/article/view/887

• http://www.aulavirtual-exactas.dyndns.org/claroline/backends/download.php?url=L0Z1bmRhbWVudG9zX3Rl83JpY29zX2RlX2xhX3JlYWNjafNuLnBkZg%3D%3D&cidReset=true&cidReq=BIOINFO

• https://es.slideshare.net/sottam/diseo-primers

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