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Created on May 19, 2021
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Transcript
Algoritmos de la Biología Computacional
Antes, durante, y después de ensamblar.
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Tecnologías de secuenciación
¿Qué son los datos de secuencia?: Fasta.
HEADER
SEQUENCE
¿Qué son los datos de secuencia?: Fastq.
1 read 4 lines
FASTA + QUALITY SCORES = fastq
¿Qué son los datos de secuencia?: Fastq.
HEADER
1 read 4 lines
FASTA + QUALITY SCORES = fastq
¿Qué son los datos de secuencia?: Fastq.
SEQUENCE
1 read 4 lines
FASTA + QUALITY SCORES = fastq
¿Qué son los datos de secuencia?: Fastq.
Name field (optional)
1 read 4 lines
FASTA + QUALITY SCORES = fastq
¿Qué son los datos de secuencia?: Fastq.
Quality scores
1 read 4 lines
FASTA + QUALITY SCORES = fastq
¿Qué son los datos de secuencia?: Single end and paired end.
¿Qué es el ensamblaje de secuencias?
El ensamblaje o assembly es el proceso mediante el cual short reads se unen para formar tramos continuos más largos de ADN llamados contigs. El ensamblaje puede ser “reference based assembly”, es decir, estar basado en referencias (cuando se dispone de un genoma de referencia de un organismo estrechamente relacionado) o ser “de novo” (desde cero).
Flujo de ensamblaje general
Flujo del ensamblaje de novo
Referencias
Bertelli, C., & Greub, G. (2013). Rapid bacterial genome sequencing: Methods and applications in clinical microbiology. Clinical Microbiology and Infection, 19(9), 803–813. https://doi.org/10.1111/1469-0691.12217
Leekitcharoenphon, P. (2019, February). WGS data and assembly. 23259 - Whole genome analysis in diagnostic microbiology, DTU. https://kurser.dtu.dk/course/23259
Gladman, S. (2017). Introduction to de novo genome assembly for Illumina reads—Bioinformatics Documentation. https://www.melbournebioinformatics.org.au/tutorials/tutorials/assembly/assembly-protocol/
Dominguez Del Angel, V., Hjerde, E., Sterck, L., Capella-Gutierrez, S., Notredame, C., Vinnere Pettersson, O., Amselem, J., Bouri, L., Bocs, S., Klopp, C., Gibrat, J.-F., Vlasova, A., Leskosek, B. L., Soler, L., Binzer-Panchal, M., & Lantz, H. (2018). Ten steps to get started in Genome Assembly and Annotation. F1000Research, 7. https://doi.org/10.12688/f1000research.13598.1