Les maladies à transmission directe

Activité n° 2 : Des maladies infectieuses à transmission directe :

Consigne du TP:

tableau à compléter

Me Ragné.

On parle du mode de transmission direct lorsque le pathogène est transmis par contact étroit entre un sujet infecté et un hôte réceptif (tuberculose, sida, syphilis, covid-19, la peste pulmonaire)

Sommaire

1. Le SIDA. 2. La tuberculose 3. Le Sars-Cov-2. 4. La Peste pulmonaire

1: Le SIDA

LE VIRUS DE L' IMMUNOCOMPÉTENCE HUMAINE

Le Vih dans le monde

Source: Belin2de 2019.

La découverte du Vih

Source: Hatier 2de 2019.

Source: Belin 2de 2019.

De l'infection par le VIH au sida, une évolution lente.

Source: Bordas 2de 2019.

Des moyens de lutte individuels et collectifs

2 : La tuberculose

Bacille de koch

La tuberculose est une maladie infectieuse causée par la bactérie Mycobacterium tuberculosis, contagieuse, avec des signes cliniques variables. Elle arrive en tête des causes de mortalité d'origine infectieuse à l'échelle mondiale, devant le sida.

Robert koch

Source: Magnard 2de 2019.

Source: Magnard 2de 2019.

Comment prévenir la tuberculose ?

La meilleure prévention de la tuberculose consiste à empêcher sa transmission, donc à diagnostiquer puis isoler les malades contagieux (qui constituent les seules sources de transmission) pour les soigner efficacement. Il est également certain que de bonnes conditions de vie, d’hygiène, d’alimentation et de logement diminuent considérablement le risque de contracter cette maladie. On sait de plus que la chimio prophylaxie (traitement préventif) des infections latentes (ITL) récentes ou chez des personnes vulnérables, permet également de diminuer l’apparition de tuberculose-maladie par réactivation d’une infection ancienne/antérieure. Le vaccin BCG Le vaccin par le BCG (bacille de Calmette et Guérin) est destiné à protéger contre la tuberculose, par l’injection dans le derme d’une forme atténuée (non pathogène) de mycobactérie. Le BCG a pour principal effet de protéger les nourrissons et les jeunes enfants des formes graves de la tuberculose précoce : méningites tuberculeuses et tuberculoses disséminées. Il confère également aux enfants une certaine protection contre la tuberculose maladie (et l’infection tuberculeuse). En ce qui concerne les adultes, ses effets protecteurs ne sont pas bien établis. Le BCG est donc actuellement recommandé pour tous les enfants ayant probabilité élevée d’exposition à la tuberculose.

3 : Le SARS-COV-2

En décembre 2019, plusieurs cas de pneumonies sont signalés dans la ville de Wuhan, dans la province du Hubei, en Chine. Elles sont causées par un virus encore jamais observé. Les autorités sanitaires chinoises confirment, le 7 janvier 2020, la découverte d’un nouveau virus appartenant à la vaste famille des coronavirus. Initialement baptisé 2019-nCoV (pour nouveau coronavirus de 2019), il se retrouve quelques semaines plus tard officiellement renommé SARS-Cov-2.

Covid-19 dans le monde Le 21/03/2020 Aujourd'hui Avril 2021

C’est quoi un coronavirus ? Les coronavirus (CoV) tiennent leur dénomination de leur capsule en forme de couronne (de petites protubérances, les spicules, se fixent aux cellules humaines entraînant l’entrée du virus dans ces dernières). Il s’agit d’une immense famille de virus, possédant un génome à ARN extrêmement long (plusieurs milliers de nucléotides). Certains infectent différents animaux mais on ne connaissait que six d’entre eux capables d’infecter l'Homme. Ils sont habituellement bénins, à l'origine de rhumes qui guérissent spontanément, mais il arrive qu'ils acquièrent de nouvelles propriétés leur conférant un pouvoir de nuisance bien plus important, voire mortel. En effet, deux épidémies mortelles sont déjà survenues au 21e siècle, impliquant des coronavirus émergents, hébergés par des animaux et soudain transmis à l’homme : le SRAS-CoV et le MERS-CoV. Tableau comparatif de deux épidémies à coronavirus Credit : AFP, modifié Le virus SARS-CoV fut responsables de l'épidémie de syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en 2003 et eut pour conséquences la mort d’un peu plus de 650 personnes en Chine et à Honk-Kong. En 2012, c’est le syndrome respiratoire au Moyen-Orient (MERS) qui sera responsable d’une épidémie ayant causé jusqu’à présent la mort d’environ 800 personnes.

En comparant les séquences génomiques d’échantillons viraux de différents malades infectés par SARS-CoV-2, on a observé un taux d’identité de 99,98 %, ce qui montrait que cette souche virale avait émergé très récemment chez l’humain. On a par ailleurs rapidement découvert que ce génome était à 96 % identique à celui d’un virus de chauve-souris (RaTG13) collecté en 2013 à partir de fèces de l’animal et dont les séquences ne sont connues que depuis le mois de mars 2020. Nous avons par ailleurs remarqué qu’une séquence de ce génome était totalement identique à un fragment de 370 nucléotides séquencé dès 2016 à partir d’échantillons collectés en 2013 dans une mine de la province du Yunnan, où trois mineurs avaient succombé à une pneumonie sévère. SARS-CoV-2 ne descend pas de souches humaines connues et n’a acquis que récemment la capacité de sortir de son réservoir animal naturel. En outre, en analysant les séquences des autres coronavirus humains connus, on ne relève que 79 % d’identité génétique entre SARS-CoV-1 et SARS-CoV-2, et seulement 50 % en ce qui concerne MERS-CoV. Pour faire bref, le SARS-CoV-2 est génétiquement plus proche de souches virales qui ne se transmettaient jusqu’alors qu’entre chauves-souris. Il ne descend pas de souches humaines connues et n’a acquis que récemment la capacité de sortir de son réservoir animal naturel qui est probablement la chauve-souris.

Le micro-organisme: le SARS-COV-2Nom: SARS-Cov-2 (coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère type 2).Provenance: Wuhan (Chine)Agent responsable d'une nouvelle maladie infectieuse respiratoire appelée COVID-19 (pour CoronaVIrus Disease)Durée d'incubation: en moyenne 5 jours, avec des extrêmes de 2 à 12 jours.Symptômes: maux de tête, douleurs musculaires, fatigue puis fièvre et signes respiratoires (douleurs thoraciques, gêne respiratoire), pneumonie.

La maladie respiratoire infectieuse engendrée par ce virus est désignée par le terme Covid- 19, pour Coronavirus Disease 2019. Le SARS-CoV-2 désigne, lui, l’agent pathogène, qui se transmet entre les humains.

Schéma représentant la structure du SARS-CoV-2

SARS-Cov-2 et Covid-19 ? On peut voir sur la photo ci-contre la couronne caractéristique de cette famille de virus chez le SARS-Cov- 2, le nouveau virus, apparu en Chine dans la ville de Wuhan (province du Hubei), fin décembre 2019.

Micrographie électronique à transmission de particules du virus SRAS-CoV-2, isolées d'un patient. Image capturée et colorée au centre de recherche intégré (IRF) du NIAID à Fort Detrick, Maryland Crédit : NIAID

La couronne du virus a depuis été analysée et modélisée. L'analyse moléculaire des protéines de surface du virus mettrait en évidence “une affinité pour les cellules humaines dix à vingt fois supérieure" à celle du SARS-CoV de 2003, selon un rapport publié dans Science par des chercheurs australiens.

Modélisation du SARS-CoV-2 (2019-nCov), à l'origine de l'épidémie de Covid-19, qui fait apparaître les pointes à la surface du virus. Il s'agit des protéines de surface du virus qui lui permettent, ou pas, de pénétrer les cellules d'un organisme pour s'y répliquer.CDC/Alissa Eckert/MS/Dan Higgins/MAM

4 : La peste pulmonaire:

Epidémiologie Près de 50 000 cas humains de peste ont été déclarés à l’Organisation mondiale de la santé (OMS) entre 1990 et 2020 par 26 pays d’Afrique, Asie et Amérique. L’Afrique subsaharienne est actuellement la partie du monde la plus touchée, avec la République Démocratique du Congo, l’Ouganda et surtout Madagascar qui est le pays qui recense le plus de cas humains de peste au monde (entre 250 et 500 cas par an). En Asie, les foyers les plus actifs sont en Chine. En 2020, des cas ont été recensés également en Mongolie. Sur le continent américain, le principal foyer se trouve au Pérou mais les Etats-Unis ne sont pas épargnés : des cas autochtones de peste humaine sont rapportés chaque année sur la côte ouest dans ce pays. Aucun cas de peste n’a été signalé récemment en Océanie ou en Europe. En France, les derniers cas survenus datent de 1945 en Corse. Une des caractéristiques des épidémies de peste est leur capacité à "s’éteindre" pendant plusieurs années avant de réapparaître brutalement sous forme épidémique. En Inde, une épidémie de peste pulmonaire a éclaté en 1994, alors que l’on croyait la maladie éradiquée depuis presque 30 ans. Presque simultanément, des cas de peste bubonique (128 cas) ont été enregistrés au Mozambique après plus de 15 ans de silence, et se sont propagés au Zimbabwe et au Malawi tout proches. Presque au même moment, une épidémie est survenue au Pérou (1031 cas en 1993-1994). Malgré leur apparition rapprochée, il n’existe probablement pas de lien épidémiologique entre les épidémies asiatiques, américaines et africaines.

Qu’est-ce que la peste ? La peste est une infection bactérienne aiguë causée par le bacille Yersinia pestis. Il s’agit avant tout d’une zoonose, touchant principalement des rongeurs, sauvages ou péridomestiques (rats). La maladie est transmise de rongeur à rongeur par piqûre d’une puce vectrice. L’infection humaine ne représente qu’un épiphénomène de ces enzooties. Lorsqu’un être humain est piqué par une puce de rongeur infecté, il développe un syndrome infectieux sévère accompagné d’une adénopathie volumineuse et exquisément douloureuse dans le territoire de drainage du point de piqûre de la puce. Cette adénopathie est appelée bubon. Une peste bubonique non traitée est fatale, généralement en moins d’une semaine, dans 40 % à 70 % des cas. Une complication possible de la peste bubonique est le développement d’une pneumopathie pesteuse, ou peste pulmonaire. Cette maladie d’évolution foudroyante (moins de 3 jours), constamment mortelle en absence d’un traitement précoce, est directement contagieuse d’homme à homme par le biais des gouttelettes respiratoires émises lors de la toux.

Diagnostic Diagnostic bactériologique classique L’isolement du bacille pesteux et sa caractérisation à partir d’échantillons cliniques (ponctions de bubon, hémocultures, expectorations ou prélèvements post-mortem) apportent un diagnostic de certitude mais tardif (environ une semaine). Diagnostic rapide La précocité du diagnostic étant cruciale pour la prise en charge des patients et la mise en oeuvre de mesures prophylactiques pour l’entourage, un diagnostic rapide est nécessaire. Des tests diagnostiques par PCR ont été développés depuis quelques années, mais leur utilisation dans les conditions de terrain n’est pas réalisable. Un test d’immunodétection sur bandelettes a récemment été mis au point [7]. Ce test est rapide (moins de 10 minutes), sensible, spécifique, et peut être effectué directement au lit du malade par les agents de santé, ce qui représente un progrès majeur dans le diagnostic précoce de la maladie en zones d’endémies pesteuses.

Après contamination, les microorganismes se mutliplient au sein de l'organisme: c'est l'infection. Ces risques peuvent être limités par la pratique de l'asepsie et par l'utilisation de produits antiseptiques.

L’antisepsie est donc définie comme l’ensemble des méthodes qui permettent de détruire les microbes sur la peau ou dans une plaie.

L'asepsie s'obtient par un ensemble de mesures destinées à éviter l'introduction de microbes dans l'organisme : désinfection, stérilisation, lavage des mains, ...

Contamination et infection

La majorité des cas initialement décrits concernait des personnes ayant fréquenté un marché d’animaux vivants. L’hypothèse d’une zoonose (maladie transmise par les animaux) a donc été privilégiée. La maladie s’est ensuite propagée aux soignants de l’hôpital de Wuhan, puis plus globalement, confirmant la transmission par voie respiratoire et contact étroit avec un malade, à moins d’un mètre (postillons, toux, éternuements).Une fois infecté, la contagiosité semble débuter avec l’apparition des symptômes, voire quelques jours avant pour certains sujets. Elle serait plus importante chez les personnes symptomatiques, notamment quand elles toussent (projection de gouttelettes de salive et de mucus).Au vu des données disponibles, la survie des coronavirus dans le milieu extérieur n’est que de quelques heures sur des surfaces inertes sèches. Les mesures d’hygiène standard (lavage des mains, nettoyage de surfaces) sont efficaces. On estime qu’en l’absence de mesures de contrôle et de prévention, chaque patient infecte entre 2 et 3 personnes.Une fois que le virus a traversé les muqueuses et se retrouvent dans les poumons il va se fixer aux cellules pulmonaires. La publication du génome a conduit à plusieurs expériences de modélisation de la protéine Spike (S), présumée jouer un rôle dans la liaison du virus au récepteur cellulaire.